filters/clitkGuerreroVentilationGenericFilter.cxx

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  15  * @file   clitkGuerreroVentilationGenericFilter.cxx
  16  * @author Joël Schaerer
  17  * @date   20 April 2009
  18
  19  * @brief
  20  -------------------------------------------------------------------*/
  21
  22 #include <sstream>
  23 #include <vector>
  24 #include "clitkGuerreroVentilationGenericFilter.h"
  25 #include <itkBinaryGuerreroFilter.h>
  26 #include <itkImageDuplicator.h>
  27 #include <itkExtractImageFilter.h>
  28
  29 //--------------------------------------------------------------------
  30 clitk::GuerreroVentilationGenericFilter::GuerreroVentilationGenericFilter()
  31   :ImageToImageGenericFilter<Self>("GuerreroVentilationGenericFilter") {
  32   blood_mass_factor=1.;
  33   InitializeImageType<2>();
  34   InitializeImageType<3>();
  35 }
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37
  38 //--------------------------------------------------------------------
  39 template<unsigned int Dim>
  40 void clitk::GuerreroVentilationGenericFilter::InitializeImageType() {
  41   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  42 }
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47 template<class ImageType>
  48 void clitk::GuerreroVentilationGenericFilter::UpdateWithInputImageType() {
  49
  50     // Input should be 2
  51     assert(mInputFilenames.size() == 2);
  52
  53     // Reading input
  54     typedef ImageType InputImageType;
  55     typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  56     typename InputImageType::Pointer ref = this->template GetInput<InputImageType>(1);
  57
  58     typedef itk::Image<float,InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  59     //    typename ImageType::Pointer input = clitk::readImage<ImageType>(mInputFilenames[0], mIOVerbose);
  60     //typename ImageType::Pointer ref = clitk::readImage<ImageType>(mInputFilenames[1], mIOVerbose);
  61
  62     typedef itk::BinaryGuerreroFilter<ImageType,ImageType,OutputImageType> GFilterType;
  63     typename GFilterType::Pointer filter = GFilterType::New();
  64     filter->SetInput1(ref);
  65     filter->SetInput2(input);
  66     filter->SetBloodCorrectionFactor(blood_mass_factor);
  67     filter->SetUseCorrectFormula(use_correct_formula);
  68     filter->Update();
  69
  70     this->SetNextOutput<OutputImageType>(filter->GetOutput());
  71     //clitk::writeImage<OutputImageType>(filter->GetOutput(), mOutputFilename, mIOVerbose);
  72     //std::cout << "Warning: removed " << filter->GetFunctor().aberant_voxels << " aberant voxels from the ventilation image"
  73         //<< std::endl;
  74 }