filters/clitkGuerreroVentilationGenericFilter.cxx

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  15  * @file   clitkGuerreroVentilationGenericFilter.cxx
  16  * @author Joël Schaerer
  17  * @date   20 April 2009
  18
  19  * @brief
  20  -------------------------------------------------------------------*/
  21
  22 #include <sstream>
  23 #include "clitkGuerreroVentilationGenericFilter.h"
  24 #include <itkBinaryGuerreroFilter.h>
  25 #include <itkImageDuplicator.h>
  26 #include <itkExtractImageFilter.h>
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 clitk::GuerreroVentilationGenericFilter::GuerreroVentilationGenericFilter()
  30   :ImageToImageGenericFilter<Self>("GuerreroVentilationGenericFilter") {
  31   blood_mass_factor=1.;
  32   InitializeImageType<2>();
  33   InitializeImageType<3>();
  34 }
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 template<unsigned int Dim>
  39 void clitk::GuerreroVentilationGenericFilter::InitializeImageType() {
  40   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  41 }
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43
  44
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46 template<class ImageType>
  47 void clitk::GuerreroVentilationGenericFilter::UpdateWithInputImageType() {
  48
  49     // Input should be 2
  50     assert(mInputFilenames.size() == 2);
  51
  52     // Reading input
  53     typedef ImageType InputImageType;
  54     typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  55     typename InputImageType::Pointer ref = this->template GetInput<InputImageType>(1);
  56
  57     typedef itk::Image<float,InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  58     //    typename ImageType::Pointer input = clitk::readImage<ImageType>(mInputFilenames[0], mIOVerbose);
  59     //typename ImageType::Pointer ref = clitk::readImage<ImageType>(mInputFilenames[1], mIOVerbose);
  60
  61     typedef itk::BinaryGuerreroFilter<ImageType,ImageType,OutputImageType> GFilterType;
  62     typename GFilterType::Pointer filter = GFilterType::New();
  63     filter->SetInput1(ref);
  64     filter->SetInput2(input);
  65     filter->SetBloodCorrectionFactor(blood_mass_factor);
  66     filter->SetUseCorrectFormula(use_correct_formula);
  67     filter->Update();
  68
  69     this->SetNextOutput<OutputImageType>(filter->GetOutput());
  70     //clitk::writeImage<OutputImageType>(filter->GetOutput(), mOutputFilename, mIOVerbose);
  71     //std::cout << "Warning: removed " << filter->GetFunctor().aberant_voxels << " aberant voxels from the ventilation image"
  72         //<< std::endl;
  73 }