filters/clitkImageConvertGenericFilter.cxx

   1 #ifndef CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX
   2 #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX
   3
   4 /**
   5  -------------------------------------------------
   6  * @file   clitkImageConvertGenericFilter.cxx
   7  * @author David Sarrut <david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   8  * @date   05 May 2008 10:57:19
   9  *
  10  * @brief
  11  *
  12  *
  13  -------------------------------------------------*/
  14
  15 #include "clitkImageConvertGenericFilter.h"
  16
  17 //--------------------------------------------------------------------
  18 clitk::ImageConvertGenericFilter::ImageConvertGenericFilter():
  19   clitk::ImageToImageGenericFilter<Self>("ImageConvert") {
  20   mOutputPixelTypeName = "NotSpecified";
  21   InitializeImageType<2>();
  22   InitializeImageType<3>();
  23   InitializeImageType<4>();
  24 }
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 template<unsigned int Dim>
  30 void clitk::ImageConvertGenericFilter::InitializeImageType() {
  31   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, char);
  32   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  33   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, unsigned short);
  34   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  35   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  36   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, double);
  37 }
  38 //--------------------------------------------------------------------
  39
  40
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42 template<class InputImageType>
  43 void clitk::ImageConvertGenericFilter::UpdateWithInputImageType() {
  44
  45   // Verbose stuff
  46   if (mIOVerbose) {
  47     if (mInputFilenames.size() == 1) {
  48       std::cout << "Input image <" << mInputFilenames[0] << "> is ";
  49       itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(mInputFilenames[0]);
  50       printImageHeader(header, std::cout);
  51       std::cout << std::endl;
  52     }
  53     else {
  54       for(unsigned int i=0; i<mInputFilenames.size(); i++) {
  55         std::cout << "Input image " << i << " <" << mInputFilenames[i] << "> is ";
  56         itk::ImageIOBase::Pointer h = clitk::readImageHeader(mInputFilenames[i]);
  57         printImageHeader(h, std::cout);
  58         std::cout << std::endl;
  59       }
  60     }
  61   }
  62
  63
  64   if ((mPixelTypeName == mOutputPixelTypeName) || (mOutputPixelTypeName == "NotSpecified")) {
  65     //    typename InputImageType::Pointer input = clitk::readImage<InputImageType>(mInputFilenames);
  66     typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  67     //clitk::writeImage<InputImageType>(input, mOutputFilename, mIOVerbose);
  68     this->SetNextOutput<InputImageType>(input);
  69   }
  70   else {
  71 #define TRY_TYPE(TYPE) \
  72     if (IsSameType<TYPE>(mOutputPixelTypeName)) { UpdateWithOutputType<InputImageType, TYPE>(); return; }
  73     TRY_TYPE(char);
  74     // TRY_TYPE(signed char);
  75     TRY_TYPE(uchar);
  76     TRY_TYPE(short);
  77     TRY_TYPE(ushort);
  78     TRY_TYPE(int); // no uint ...
  79     TRY_TYPE(float);
  80     TRY_TYPE(double);
  81 #undef TRY_TYPE
  82
  83     std::string list = CreateListOfTypes<char, uchar, short, ushort, int, float, double>();
  84     std::cerr << "Error, I don't know the output type '" << mOutputPixelTypeName
  85               << "'. " << std::endl << "Known types are " << list << "." << std::endl;
  86     exit(0);
  87   }
  88 }
  89 //====================================================================
  90
  91 //====================================================================
  92 template<class InputImageType, class OutputPixelType>
  93 void clitk::ImageConvertGenericFilter::UpdateWithOutputType() {
  94   // Read
  95   typename InputImageType::Pointer input =this->template GetInput<InputImageType>(0);
  96
  97   // Typedef
  98   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  99
 100   // Warning
 101   if (std::numeric_limits<PixelType>::is_signed) {
 102     if (!std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_signed) {
 103       std::cerr << "Warning, input type is signed (" << mPixelTypeName << ") while output type is not ("
 104                 << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 105     }
 106   }
 107   if (!std::numeric_limits<PixelType>::is_integer) {
 108     if (std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_integer) {
 109       std::cerr << "Warning, input type is not integer (" << mPixelTypeName << ") while output type is ("
 110                 << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 111     }
 112   }
 113   //  DD(std::numeric_limits<PixelType>::digits10);
 114   // DD(std::numeric_limits<OutputPixelType>::digits10);
 115   if (!std::numeric_limits<PixelType>::is_integer) {
 116     if (std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_integer) {
 117       std::cerr << "Warning, input type is not integer (" << mPixelTypeName << ") while output type is ("
 118                 << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 119     }
 120   }
 121   if (std::numeric_limits<PixelType>::digits10 > std::numeric_limits<OutputPixelType>::digits10) {
 122     std::cerr << "Warning, possible loss of precision : input type is (" << mPixelTypeName << ") while output type is ("
 123                 << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 124   }
 125
 126   // Cast
 127   typedef itk::Image<OutputPixelType,InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
 128   typedef itk::CastImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
 129   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 130   filter->SetInput(input);
 131   filter->Update();
 132
 133   // Write
 134   SetNextOutput<OutputImageType>(filter->GetOutput());
 135   //clitk::writeImage<OutputImageType>(filter->GetOutput(), mOutputFilename, mIOVerbose);
 136 }
 137 //====================================================================
 138
 139
 140 #endif /* end #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX */
 141