filters/clitkImageFillRegionGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIMAGEFILLREGIONGENERICFILTER_CXX
  19 #define CLITKIMAGEFILLREGIONGENERICFILTER_CXX
  20 /**
  21  -------------------------------------------------------------------
  22  * @file   clitkImageFillRegionGenericFilter.cxx
  23  * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   23 Feb 2008
  25
  26  * @brief
  27  -------------------------------------------------------------------*/
  28
  29 #include "clitkImageFillRegionGenericFilter.h"
  30
  31 //--------------------------------------------------------------------
  32 clitk::ImageFillRegionGenericFilter::ImageFillRegionGenericFilter():
  33   clitk::ImageToImageGenericFilter<Self>("ImageFillRegion")
  34 {
  35   InitializeImageType<2>();
  36   InitializeImageType<3>();
  37   mPixelValue = 0;
  38   m_IsCentered=false;
  39   mSphericRegion=false;
  40 }
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42
  43
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45 template<unsigned int Dim>
  46 void clitk::ImageFillRegionGenericFilter::InitializeImageType()
  47 {
  48   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, char);
  49   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  50   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, unsigned short);
  51 //   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  52   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  53   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, double);
  54 }
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56
  57
  58
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60 template<class ImageType>
  61 void clitk::ImageFillRegionGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
  62 {
  63
  64   // Typedef
  65   typedef typename ImageType::PixelType PixelType;
  66   static unsigned int Dim = ImageType::ImageDimension;
  67
  68   // Spheric region
  69   if (mSphericRegion) return Update_WithDimAndPixelType_SphericRegion<ImageType::ImageDimension,PixelType>();
  70
  71   // Read input
  72   typename ImageType::Pointer input = GetInput<ImageType>(0);
  73
  74   // Get pixel value in correct type
  75   PixelType value = PixelTypeDownCast<double, PixelType>(mPixelValue);
  76
  77   // Get region
  78   typedef typename ImageType::RegionType RegionType;
  79   typedef typename ImageType::SizeType SizeType;
  80   typedef typename ImageType::IndexType IndexType;
  81   RegionType region;
  82   SizeType size;
  83   IndexType start;
  84   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) {
  85     size[i] = mSize[i];
  86     start[i] = mStart[i];
  87   }
  88   region.SetSize(size);
  89   region.SetIndex(start);
  90
  91   // Build iterator
  92   typedef itk::ImageRegionIterator<ImageType> IteratorType;
  93   IteratorType it(input, region);
  94   it.GoToBegin();
  95   while (!it.IsAtEnd()) {
  96     it.Set(value);
  97     ++it;
  98   }
  99
 100   // Write results
 101   SetNextOutput<ImageType>(input);
 102 }
 103 //--------------------------------------------------------------------
 104
 105 //--------------------------------------------------------------------
 106 template<unsigned int Dim, class PixelType>
 107 void clitk::ImageFillRegionGenericFilter::Update_WithDimAndPixelType_SphericRegion()
 108 {
 109
 110   // Read input
 111   typedef itk::Image<PixelType,Dim> ImageType;
 112   //typename ImageType::Pointer input = clitk::readImage<ImageType>(mInputFilenames[0], mIOVerbose);
 113   typename ImageType::Pointer input = GetInput<ImageType>(0);
 114
 115   // Get pixel value in correct type
 116   PixelType value = PixelTypeDownCast<double, PixelType>(mPixelValue);
 117
 118   // Centered?
 119   if(m_IsCentered) {
 120     typename ImageType::SizeType size= input->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 121     typename ImageType::SpacingType spacing= input->GetSpacing();
 122     typename ImageType::PointType origin= input->GetOrigin();
 123     mCenter.resize(Dim);
 124     for (unsigned int i=0; i<Dim; i++)
 125       mCenter[i]=origin[i]+(double)size[i]/2*spacing[i];
 126   }
 127
 128   // Build iterator
 129   typedef itk::ImageRegionIteratorWithIndex<ImageType> IteratorType;
 130   IteratorType it(input, input->GetLargestPossibleRegion());
 131   it.GoToBegin();
 132
 133   typename ImageType::PointType point;
 134   //typename itk::Vector<double, Dim> distance;
 135   typename ImageType::IndexType index;
 136   //bool inside;
 137   double distance;
 138
 139   while (!it.IsAtEnd()) {
 140     //      inside=true;
 141     index=it.GetIndex();
 142     input->TransformIndexToPhysicalPoint(index, point);
 143     distance=0.0;
 144     for(unsigned int i=0; i<Dim; i++)
 145       distance+=powf( ( (mCenter[i]-point[i])/mRadius[i] ), 2);
 146
 147     //  inside= ( (fabs(distance[i])<fabs(mRadius[i])) && inside );
 148     //    distance[i]=mCenter[i]-point[i];
 149     //    inside= ( (fabs(distance[i])<fabs(mRadius[i])) && inside );
 150     //  }
 151
 152     if (distance<1)
 153       it.Set(value);
 154     ++it;
 155   }
 156
 157   // Write results
 158   SetNextOutput<ImageType>(input);
 159 }
 160
 161 //--------------------------------------------------------------------
 162
 163
 164
 165 //--------------------------------------------------------------------
 166 void clitk::ImageFillRegionGenericFilter::SetSphericRegion(std::vector<double> &  radius,
 167     std::vector<double> & center)
 168 {
 169   mRadius.clear();
 170   mRadius.resize(radius.size());
 171   std::copy(radius.begin(), radius.end(), mRadius.begin());
 172   mCenter.clear();
 173   mCenter.resize(center.size());
 174   std::copy(center.begin(), center.end(), mCenter.begin());
 175   mSphericRegion = true;
 176   m_IsCentered=false;
 177 }
 178
 179 void clitk::ImageFillRegionGenericFilter::SetSphericRegion(std::vector<double> & radius)
 180 {
 181   mRadius.clear();
 182   mRadius.resize(radius.size());
 183   std::copy(radius.begin(), radius.end(), mRadius.begin());
 184   m_IsCentered=true;
 185   mSphericRegion = true;
 186 }
 187 //--------------------------------------------------------------------
 188
 189
 190 #endif //define CLITKIMAGEFILLREGIONGENERICFILTER_CXX