filters/clitkImageFillRegionGenericFilter.txx

   1 /*-------------------------------------------------------------------------
   2
   3   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   4   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
   5   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
   6
   7   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
   8   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
   9   PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  10
  11   -------------------------------------------------------------------------*/
  12
  13 #ifndef CLITKIMAGEFILLREGIONGENERICFILTER_TXX
  14 #define CLITKIMAGEFILLREGIONGENERICFILTER_TXX
  15
  16 /*-------------------------------------------------
  17  * @file   clitkImageFillRegionGenericFilter.txx
  18  * @author Cristina Gimenez <cristina.gs@gmail.com>
  19  * @date   9 August 2006
  20  *
  21  -------------------------------------------------*/
  22
  23 //--------------------------------------------------------------------
  24 template<unsigned int Dim>
  25 void ImageFillRegionGenericFilter::Update_WithDim() {
  26 #define TRY_TYPE(TYPE)                                                  \
  27   if (IsSameType<TYPE>(mPixelTypeName)) { Update_WithDimAndPixelType<Dim, TYPE>(); return; }
  28   // TRY_TYPE(signed char);
  29   // TRY_TYPE(uchar);
  30   TRY_TYPE(short);
  31   //TRY_TYPE(ushort);
  32   // TRY_TYPE(int);
  33   //   TRY_TYPE(unsigned int);
  34   TRY_TYPE(float);
  35   // TRY_TYPE(double);
  36 #undef TRY_TYPE
  37
  38   std::string list = CreateListOfTypes<uchar, short, ushort, int, uint, float, double>();
  39   std::cerr << "Error, I don't know the type '" << mPixelTypeName << "' for the input image '"
  40             << mInputFilenames[0] << "'." << std::endl << "Known types are " << list << std::endl;
  41   exit(0);
  42 }
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46 template<unsigned int Dim, class PixelType>
  47 void ImageFillRegionGenericFilter::Update_WithDimAndPixelType() {
  48
  49   // Spheric region
  50   if (mSphericRegion) return Update_WithDimAndPixelType_SphericRegion<Dim,PixelType>();
  51
  52   // Read input
  53   typedef itk::Image<PixelType,Dim> ImageType;
  54   typename ImageType::Pointer input = GetInput<ImageType>(0);
  55
  56   // Get pixel value in correct type
  57   PixelType value = PixelTypeDownCast<double, PixelType>(mPixelValue);
  58
  59   // Get region
  60   typedef typename ImageType::RegionType RegionType;
  61   typedef typename ImageType::SizeType SizeType;
  62   typedef typename ImageType::IndexType IndexType;
  63   RegionType region;
  64   SizeType size;
  65   IndexType start;
  66   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) {
  67     size[i] = mSize[i];
  68     start[i] = mStart[i];
  69   }
  70   region.SetSize(size);
  71   region.SetIndex(start);
  72
  73   // Build iterator
  74   typedef itk::ImageRegionIterator<ImageType> IteratorType;
  75   IteratorType it(input, region);
  76   it.GoToBegin();
  77   while (!it.IsAtEnd()) {
  78     it.Set(value);
  79     ++it;
  80   }
  81
  82   // Write results
  83   SetNextOutput<ImageType>(input);
  84 }
  85 //--------------------------------------------------------------------
  86
  87 //--------------------------------------------------------------------
  88 template<unsigned int Dim, class PixelType>
  89 void ImageFillRegionGenericFilter::Update_WithDimAndPixelType_SphericRegion() {
  90
  91   // Read input
  92   typedef itk::Image<PixelType,Dim> ImageType;
  93   //typename ImageType::Pointer input = clitk::readImage<ImageType>(mInputFilenames[0], mIOVerbose);
  94   typename ImageType::Pointer input = GetInput<ImageType>(0);
  95
  96   // Get pixel value in correct type
  97   PixelType value = PixelTypeDownCast<double, PixelType>(mPixelValue);
  98
  99   // Centered?
 100   if(m_IsCentered)
 101     {
 102       typename ImageType::SizeType size= input->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 103       typename ImageType::SpacingType spacing= input->GetSpacing();
 104       typename ImageType::PointType origin= input->GetOrigin();
 105       mCenter.resize(Dim);
 106       for (unsigned int i=0; i<Dim; i++)
 107         mCenter[i]=origin[i]+(double)size[i]/2*spacing[i];
 108     }
 109
 110   // Build iterator
 111   typedef itk::ImageRegionIteratorWithIndex<ImageType> IteratorType;
 112   IteratorType it(input, input->GetLargestPossibleRegion());
 113   it.GoToBegin();
 114
 115   typename ImageType::PointType point;
 116   //typename itk::Vector<double, Dim> distance;
 117   typename ImageType::IndexType index;
 118   //bool inside;
 119   double distance;
 120
 121   while (!it.IsAtEnd())
 122     {
 123       //      inside=true;
 124       index=it.GetIndex();
 125       input->TransformIndexToPhysicalPoint(index, point);
 126       distance=0.0;
 127       for(unsigned int i=0; i<Dim; i++)
 128         distance+=powf( ( (mCenter[i]-point[i])/mRadius[i] ), 2);
 129
 130       //  inside= ( (fabs(distance[i])<fabs(mRadius[i])) && inside );
 131       //          distance[i]=mCenter[i]-point[i];
 132       //          inside= ( (fabs(distance[i])<fabs(mRadius[i])) && inside );
 133       //        }
 134
 135       if (distance<1)
 136         it.Set(value);
 137       ++it;
 138     }
 139
 140   // Write results
 141   SetNextOutput<ImageType>(input);
 142 }
 143
 144 //--------------------------------------------------------------------
 145
 146 #endif  //#define CLITKIMAGEFILLREGIONGENERICFILTER_TXX