filters/clitkResampleImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkResampleImageWithOptionsFilter.h"
  24
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26 template<class args_info_type>
  27 clitk::ResampleImageGenericFilter<args_info_type>::ResampleImageGenericFilter():
  28   ImageToImageGenericFilter<Self>("Resample")
  29 {
  30   InitializeImageType<2>();
  31   InitializeImageType<3>();
  32   InitializeImageType<4>();
  33 }
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 template<class args_info_type>
  39 template<unsigned int Dim>
  40 void clitk::ResampleImageGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType()
  41 {
  42   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  43   //ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  44 }
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46
  47
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49 template<class args_info_type>
  50 void clitk::ResampleImageGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  51 {
  52   mArgsInfo=a;
  53   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  54   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  55   if (mArgsInfo.input_given) {
  56     SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  57   }
  58   if (mArgsInfo.output_given) {
  59     SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  60   }
  61 }
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63
  64
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68 template<class args_info_type>
  69 template<class InputImageType>
  70 void
  71 clitk::ResampleImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
  72 {
  73
  74   // Reading input
  75   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  76
  77   // Main filter
  78   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  79   typedef InputImageType OutputImageType; // to change to float is user ask it (?)
  80
  81   // Filter
  82   typedef clitk::ResampleImageWithOptionsFilter<InputImageType, OutputImageType> ResampleImageFilterType;
  83   typename ResampleImageFilterType::Pointer filter = ResampleImageFilterType::New();
  84   filter->SetInput(input);
  85
  86   // Set Verbose
  87   filter->SetVerboseOptions(mArgsInfo.verbose_flag);
  88
  89   // Set size / spacing
  90   static const unsigned int dim = OutputImageType::ImageDimension;
  91   typename OutputImageType::SpacingType spacing;
  92   typename OutputImageType::SizeType size;
  93   if (mArgsInfo.spacing_given == 1) {
  94     filter->SetOutputIsoSpacing(mArgsInfo.spacing_arg[0]);
  95   } else {
  96     if ((mArgsInfo.spacing_given != 0) && (mArgsInfo.size_given != 0)) {
  97       std::cerr << "Error: use spacing or size, not both." << std::endl;
  98       exit(0);
  99     }
 100
 101     if (!((mArgsInfo.spacing_given == 0) && (mArgsInfo.size_given == 0))) {
 102
 103       if ((mArgsInfo.spacing_given != 0) && (mArgsInfo.spacing_given != dim)) {
 104         std::cerr << "Error: spacing should have one or " << dim << " values." << std::endl;
 105         exit(0);
 106       }
 107       if ((mArgsInfo.size_given != 0) && (mArgsInfo.size_given != dim)) {
 108         std::cerr << "Error: size should have " << dim << " values." << std::endl;
 109         exit(0);
 110       }
 111       if (mArgsInfo.spacing_given)
 112         for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 113           spacing[i] = mArgsInfo.spacing_arg[i];
 114       if (mArgsInfo.size_given)
 115         for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 116           size[i] = mArgsInfo.size_arg[i];
 117       filter->SetOutputSpacing(spacing);
 118       filter->SetOutputSize(size);
 119     }
 120   }
 121
 122   // Set temporal dimension
 123   filter->SetLastDimensionIsTime(mArgsInfo.time_flag);
 124
 125   // Set Gauss
 126   filter->SetGaussianFilteringEnabled(mArgsInfo.autogauss_flag);
 127   if (mArgsInfo.gauss_given != 0) {
 128     typename ResampleImageFilterType::GaussianSigmaType g;
 129     for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
 130       g[i] = mArgsInfo.gauss_arg[i];
 131     }
 132     filter->SetGaussianSigma(g);
 133   }
 134
 135   // Set Interpolation
 136   std::string interp = std::string(mArgsInfo.interp_arg);
 137   if (interp == "nn") {
 138     filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::NearestNeighbor);
 139   } else {
 140     if (interp == "linear") {
 141       filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::Linear);
 142     } else {
 143       if (interp == "bspline") {
 144         filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::BSpline);
 145       } else {
 146         if (interp == "blut") {
 147           filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::B_LUT);
 148         } else {
 149           std::cerr << "Error. I do not know interpolation '" << mArgsInfo.interp_arg
 150                     << "'. Choose among: nn, linear, bspline, blut" << std::endl;
 151           exit(0);
 152         }
 153       }
 154     }
 155   }
 156
 157   // Set default pixel value
 158   filter->SetDefaultPixelValue(mArgsInfo.default_arg);
 159
 160   // Set thread
 161   if (mArgsInfo.thread_given) {
 162     filter->SetNumberOfThreads(mArgsInfo.thread_arg);
 163   }
 164
 165   // Go !
 166   filter->Update();
 167   typename OutputImageType::Pointer outputImage = filter->GetOutput();
 168   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 169 }
 170 //--------------------------------------------------------------------
 171
 172
 173 #endif /* end #define CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX */
 174