filters/clitkResampleImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkResampleImageWithOptionsFilter.h"
  24
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26 template<class args_info_type>
  27 clitk::ResampleImageGenericFilter<args_info_type>::ResampleImageGenericFilter():
  28   ImageToImageGenericFilter<Self>("Resample")
  29 {
  30   InitializeImageType<2>();
  31   InitializeImageType<3>();
  32   InitializeImageType<4>();
  33 }
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 template<class args_info_type>
  39 template<unsigned int Dim>
  40 void clitk::ResampleImageGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType()
  41 {
  42   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  43   //ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  44 }
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46
  47
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49 template<class args_info_type>
  50 void clitk::ResampleImageGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  51 {
  52   mArgsInfo=a;
  53   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  54   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  55   if (mArgsInfo.input_given) {
  56     SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  57   }
  58   if (mArgsInfo.output_given) {
  59     SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  60   }
  61 }
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63
  64
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68 template<class args_info_type>
  69 template<class InputImageType>
  70 void
  71 clitk::ResampleImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
  72 {
  73
  74   // Reading input
  75   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  76
  77   // Main filter
  78   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  79   typedef InputImageType OutputImageType; // to change to float is user ask it (?)
  80
  81   // Filter
  82   typedef clitk::ResampleImageWithOptionsFilter<InputImageType, OutputImageType> ResampleImageFilterType;
  83   typename ResampleImageFilterType::Pointer filter = ResampleImageFilterType::New();
  84   filter->SetInput(input);
  85
  86   // Set Verbose
  87   filter->SetVerboseOptions(mArgsInfo.verbose_flag);
  88
  89   // Set size / spacing
  90   static const unsigned int dim = OutputImageType::ImageDimension;
  91   typename OutputImageType::SpacingType spacing;
  92   typename OutputImageType::SizeType size;
  93
  94   if (mArgsInfo.like_given) {
  95     DD("like");
  96
  97   }
  98   else {
  99     if (mArgsInfo.spacing_given == 1) {
 100       filter->SetOutputIsoSpacing(mArgsInfo.spacing_arg[0]);
 101     } else {
 102       if ((mArgsInfo.spacing_given != 0) && (mArgsInfo.size_given != 0)) {
 103         std::cerr << "Error: use spacing or size, not both." << std::endl;
 104         exit(0);
 105       }
 106
 107       if (!((mArgsInfo.spacing_given == 0) && (mArgsInfo.size_given == 0))) {
 108
 109         if ((mArgsInfo.spacing_given != 0) && (mArgsInfo.spacing_given != dim)) {
 110           std::cerr << "Error: spacing should have one or " << dim << " values." << std::endl;
 111           exit(0);
 112         }
 113         if ((mArgsInfo.size_given != 0) && (mArgsInfo.size_given != dim)) {
 114           std::cerr << "Error: size should have " << dim << " values." << std::endl;
 115           exit(0);
 116         }
 117         if (mArgsInfo.spacing_given)
 118           for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 119             spacing[i] = mArgsInfo.spacing_arg[i];
 120         if (mArgsInfo.size_given)
 121           for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 122             size[i] = mArgsInfo.size_arg[i];
 123         filter->SetOutputSpacing(spacing);
 124         filter->SetOutputSize(size);
 125       }
 126     }
 127   }
 128
 129   // Set temporal dimension
 130   filter->SetLastDimensionIsTime(mArgsInfo.time_flag);
 131
 132   // Set Gauss
 133   filter->SetGaussianFilteringEnabled(mArgsInfo.autogauss_flag);
 134   if (mArgsInfo.gauss_given != 0) {
 135     typename ResampleImageFilterType::GaussianSigmaType g;
 136     for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
 137       g[i] = mArgsInfo.gauss_arg[i];
 138     }
 139     filter->SetGaussianSigma(g);
 140   }
 141
 142   // Set Interpolation
 143   std::string interp = std::string(mArgsInfo.interp_arg);
 144   if (interp == "nn") {
 145     filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::NearestNeighbor);
 146   } else {
 147     if (interp == "linear") {
 148       filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::Linear);
 149     } else {
 150       if (interp == "bspline") {
 151         filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::BSpline);
 152       } else {
 153         if (interp == "blut") {
 154           filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::B_LUT);
 155         } else {
 156           if (interp == "windowed sinc") {
 157             filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::WSINC);
 158           } else {
 159             std::cerr << "Error. I do not know interpolation '" << mArgsInfo.interp_arg
 160               << "'. Choose among: nn, linear, bspline, blut, windowed sinc" << std::endl;
 161             exit(0);
 162           }
 163         }
 164       }
 165     }
 166   }
 167
 168   // Set default pixel value
 169   filter->SetDefaultPixelValue(mArgsInfo.default_arg);
 170
 171   // Set thread
 172   if (mArgsInfo.thread_given) {
 173     filter->SetNumberOfThreads(mArgsInfo.thread_arg);
 174   }
 175
 176   // Go !
 177   filter->Update();
 178   typename OutputImageType::Pointer outputImage = filter->GetOutput();
 179   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 180 }
 181 //--------------------------------------------------------------------
 182
 183
 184 #endif /* end #define CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX */
 185