filters/clitkSplitImageGenericFilter.txx

   1 /*-------------------------------------------------------------------------
   2
   3   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   4   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
   5   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
   6
   7   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
   8   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
   9   PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  10
  11   -------------------------------------------------------------------------*/
  12
  13 #ifndef clitkSplitImageGenericFilter_TXX
  14 #define clitkSplitImageGenericFilter_TXX
  15
  16 //This is where you put the actual implementation
  17
  18 #include <sstream>
  19 #include <itkExtractImageFilter.h>
  20
  21
  22 //--------------------------------------------------------------------
  23 template<unsigned int Dimension>
  24 void clitk::SplitImageGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType, int Components) {
  25
  26   if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<<Components<<" component(s) of "<<  PixelType<<"..."<<std::endl;
  27
  28     if (Components==1)
  29       {
  30         if(PixelType == "short"){
  31           if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  32           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  33         }
  34             else if(PixelType == "unsigned_short"){
  35                if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  36                UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  37              }
  38
  39         else if (PixelType == "unsigned_char"){
  40           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  41           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  42         }
  43
  44              else if (PixelType == "char"){
  45                if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  46                UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  47              }
  48         else {
  49           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  50           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  51         }
  52       }
  53
  54     else if (Components==3)
  55       {
  56         if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and 3D float (DVF)" << std::endl;
  57         UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<float, Dimension> >();
  58       }
  59     else std::cerr<<"Number of components is "<<Components<<", not supported!"<<std::endl;
  60
  61 }
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65 template<unsigned int Dimension, class PixelType>
  66 void clitk::SplitImageGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType() {
  67
  68   // Read input
  69   typedef itk::Image<PixelType,Dimension> ImageType;
  70   typedef itk::Image<PixelType,Dimension-1> OutputImageType;
  71   typename ImageType::Pointer input = clitk::readImage<ImageType>(mInputFilenames[0], mIOVerbose);
  72   typedef itk::ExtractImageFilter<ImageType,OutputImageType> FilterType;
  73   typename FilterType::Pointer filter= FilterType::New();
  74
  75   filter->SetInput(input);
  76   typename ImageType::SizeType size=input->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
  77   size[mSplitDimension]=0;
  78   typename ImageType::RegionType extracted_region;
  79   extracted_region.SetSize(size);
  80   filter->SetExtractionRegion(extracted_region);
  81   filter->Update();
  82
  83   typename ImageType::IndexType index=input->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
  84   std::string base_filename=GetOutputFilename();
  85   unsigned int number_of_output_images=input->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[mSplitDimension];
  86   for (unsigned int i=0;i<number_of_output_images;i++)
  87   {
  88       std::ostringstream ss;
  89       ss << i;
  90       index[mSplitDimension]=i;
  91       extracted_region.SetIndex(index);
  92       filter->SetExtractionRegion(extracted_region);
  93       filter->Update();
  94       SetOutputFilename(base_filename+"_"+ss.str()+".mhd");
  95       typename OutputImageType::Pointer output=filter->GetOutput();
  96       SetNextOutput<OutputImageType>(output);
  97   }
  98 }
  99 //--------------------------------------------------------------------
 100
 101 #endif  //#define clitkSplitImageGenericFilter_TXX