gdcmFileHelper.h

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFileHelper.h,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/09/02 07:10:03 $
   7   Version:   $Revision: 1.22 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #ifndef GDCMFILEHELPER_H
  20 #define GDCMFILEHELPER_H
  21
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmBase.h"
  24 //#include <iostream>
  25
  26
  27
  28 namespace gdcm
  29 {
  30 class File;
  31 class ValEntry;
  32 class BinEntry;
  33 class SeqEntry;
  34 class PixelReadConvert;
  35 class PixelWriteConvert;
  36 class DocEntryArchive;
  37
  38 typedef void (*VOID_FUNCTION_PUINT8_PFILE_POINTER)(uint8_t *, File *);
  39
  40 //-----------------------------------------------------------------------------
  41 /**
  42  * \brief In addition to Dicom header exploration, this class is designed
  43  * for accessing the image/volume content. One can also use it to
  44  * write Dicom/ACR-NEMA/RAW files.
  45  */
  46 class GDCM_EXPORT FileHelper : public Base
  47 {
  48 public:
  49    enum FileMode
  50    {
  51       WMODE_RAW,
  52       WMODE_RGB
  53    };
  54
  55 public:
  56    FileHelper( );
  57    FileHelper( File *header );
  58    GDCM_LEGACY(FileHelper( std::string const &filename ));
  59
  60    virtual ~FileHelper();
  61
  62    void Print(std::ostream &os = std::cout, std::string const &indent = "");
  63
  64    /// Accessor to \ref File
  65    File *GetFile() { return FileInternal; }
  66
  67
  68    void SetLoadMode(int loadMode);
  69    void SetFileName(std::string const &fileName);
  70    bool Load();
  71    /// to allow user to modify pixel order (e.g. Mirror, TopDown,...)
  72    void SetUserFunction( VOID_FUNCTION_PUINT8_PFILE_POINTER userFunc )
  73                         { UserFunction = userFunc; }
  74    // File methods
  75    bool SetValEntry(std::string const &content,
  76                     uint16_t group, uint16_t elem);
  77    bool SetBinEntry(uint8_t *content, int lgth,
  78                     uint16_t group, uint16_t elem);
  79
  80    ValEntry *InsertValEntry(std::string const &content,
  81                             uint16_t group, uint16_t elem);
  82    BinEntry *InsertBinEntry(uint8_t *binArea, int lgth,
  83                             uint16_t group, uint16_t elem);
  84    SeqEntry *InsertSeqEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
  85
  86    // File helpers
  87    size_t GetImageDataSize();
  88    size_t GetImageDataRawSize();
  89
  90    uint8_t *GetImageData();
  91    uint8_t *GetImageDataRaw();
  92
  93    GDCM_LEGACY(size_t GetImageDataIntoVector(void *destination,size_t maxSize));
  94
  95    void SetImageData(uint8_t *data, size_t expectedSize);
  96
  97    // User data
  98    void SetUserData(uint8_t *data, size_t expectedSize);
  99    uint8_t *GetUserData();
 100    size_t GetUserDataSize();
 101    // RBG data (from file)
 102    uint8_t *GetRGBData();
 103    size_t GetRGBDataSize();
 104    // RAW data (from file)
 105    uint8_t *GetRawData();
 106    size_t GetRawDataSize();
 107
 108    // LUT
 109    uint8_t* GetLutRGBA();
 110    int GetLutItemNumber();
 111    int GetLutItemSize();
 112
 113    // Write mode
 114
 115    /// \brief Tells the writer we want to keep 'Grey pixels + Palettes color'
 116    ///        when possible (as opposed to convert 'Palettes color' to RGB)
 117    void SetWriteModeToRaw()           { SetWriteMode(WMODE_RAW);  }
 118    /// \brief Tells the writer we want to write RGB image when possible
 119    ///        (as opposed to 'Grey pixels + Palettes color')
 120    void SetWriteModeToRGB()           { SetWriteMode(WMODE_RGB);  }
 121    /// \brief Sets the Write Mode ( )
 122    void SetWriteMode(FileMode mode)   { WriteMode = mode;         }
 123    /// \brief Gets the Write Mode ( )
 124    FileMode GetWriteMode()            { return WriteMode;         }
 125
 126    // Write format
 127
 128    /// \brief Tells the writer we want to write as Implicit VR
 129    void SetWriteTypeToDcmImplVR()     { SetWriteType(ImplicitVR); }
 130    /// \brief Tells the writer we want to write as Explicit VR
 131    void SetWriteTypeToDcmExplVR()     { SetWriteType(ExplicitVR); }
 132    /// \brief Tells the writer we want to write as ACR-NEMA
 133    void SetWriteTypeToAcr()           { SetWriteType(ACR);        }
 134    /// \brief Tells the writer we want to write as LibIDO
 135    void SetWriteTypeToAcrLibido()     { SetWriteType(ACR_LIBIDO); }
 136    /// \brief Tells the writer which format we want to write
 137    /// (ImplicitVR, ExplicitVR, ACR, ACR_LIBIDO)
 138    void SetWriteType(FileType format) { WriteType = format;       }
 139    /// \brief Gets the format we talled the write we wanted to write
 140    ///   (ImplicitVR, ExplicitVR, ACR, ACR_LIBIDO)
 141    FileType GetWriteType()            { return WriteType;         }
 142
 143    // Write pixels of ONE image on hard drive
 144    // No test is made on processor "endianness"
 145    // The user must call his reader correctly
 146    bool WriteRawData  (std::string const &fileName);
 147    bool WriteDcmImplVR(std::string const &fileName);
 148    bool WriteDcmExplVR(std::string const &fileName);
 149    bool WriteAcr      (std::string const &fileName);
 150    bool Write         (std::string const &fileName);
 151
 152 protected:
 153    bool CheckWriteIntegrity();
 154
 155    void SetWriteToRaw();
 156    void SetWriteToRGB();
 157    void RestoreWrite();
 158
 159    void SetWriteFileTypeToACR();
 160    void SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 161    void SetWriteFileTypeToImplicitVR();
 162    void RestoreWriteFileType();
 163
 164    void SetWriteToLibido();
 165    void SetWriteToNoLibido();
 166    void RestoreWriteOfLibido();
 167
 168    ValEntry *CopyValEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
 169    BinEntry *CopyBinEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
 170                           const std::string &vr);
 171    void CheckMandatoryElements();
 172    void RestoreWriteMandatory();
 173
 174 private:
 175    void Initialize();
 176
 177    uint8_t *GetRaw();
 178
 179 // members variables:
 180    /// gdcm::File to use to load the file
 181    File *FileInternal;
 182
 183    /// \brief Whether the underlying \ref gdcm::File was loaded by
 184    ///  the constructor or passed to the constructor.
 185    ///  When false the destructor is in charge of deletion.
 186    bool SelfHeader;
 187
 188    /// Whether already parsed or not
 189    bool Parsed;
 190
 191    // Utility pixel converter
 192    /// \brief Pointer to the PixelReadConverter
 193    PixelReadConvert *PixelReadConverter;
 194    /// \brief Pointer to the PixelWriteConverter
 195    PixelWriteConvert *PixelWriteConverter;
 196
 197    // Utility header archive
 198    /// \brief Pointer to the DocEntryArchive (used while writting process)
 199    DocEntryArchive *Archive;
 200
 201    // Write variables
 202    /// \brief (WMODE_RAW, WMODE_RGB)
 203    FileMode WriteMode;
 204    /// \brief (ImplicitVR, ExplicitVR, ACR, ACR_LIBIDO)
 205    FileType WriteType;
 206    /// Pointer to a user supplied function to allow modification of pixel order
 207    /// (i.e. : Mirror, TopDown, 90°Rotation, ...)
 208    /// use as : void userSuppliedFunction(uint8_t *im, gdcm::File *f)
 209    /// NB : the "uint8_t *" type of first param is just for prototyping.
 210    /// User will Cast it according what he founds with f->GetPixelType()
 211    /// See vtkgdcmSerieViewer for an example
 212    VOID_FUNCTION_PUINT8_PFILE_POINTER UserFunction;
 213 };
 214 } // end namespace gdcm
 215
 216 //-----------------------------------------------------------------------------
 217 #endif