gdcmSerieHelper.h

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmSerieHelper.h,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/11/28 15:20:34 $
   7   Version:   $Revision: 1.31 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #ifndef GDCMSERIEHELPER_H
  20 #define GDCMSERIEHELPER_H
  21
  22 #include "gdcmCommon.h"
  23 #include "gdcmTagKey.h"
  24 #include "gdcmDebug.h"  // for LEGACY
  25 #include "gdcmCommandManager.h"
  26
  27 #include <vector>
  28 #include <iostream>
  29 #include <map>
  30
  31 namespace gdcm
  32 {
  33 class File;
  34
  35    typedef std::vector<File* > FileList;
  36
  37    /// \brief XCoherent stands for 'Extra Coherent',
  38    ///        (The name 'Coherent' would be enough but it was used before;
  39    ///        I don't want to put a bomb in the code)
  40    ///        Any 'better name' is welcome !
  41    typedef std::map<std::string, FileList *> XCoherentFileSetmap;
  42
  43    typedef bool (*BOOL_FUNCTION_PFILE_PFILE_POINTER)(File *, File *);
  44
  45 //-----------------------------------------------------------------------------
  46 /**
  47  * \brief
  48  *  This class should be used for a stack of 2D dicom images.
  49  *
  50  *   - It allows to explore (recursively or not) a directory and
  51  *   makes a set of 'Single SerieUID Filesets'
  52  *   - It allows :
  53  *   - - to sort any of the 'Single SerieUID Fileset' on the image position.
  54  *   - - to split any of the Single SerieUID Filesets (better use this name than
  55  *   'CoherentFileList' : it's NOT a std::list, files are NOT coherent ...)
  56  *    into several XCoherent Filesets
  57  *   XCoherent stands for 'Extra Coherent' (same orientation, or same position)
  58  */
  59 class GDCM_EXPORT SerieHelper  : public CommandManager
  60 {
  61    gdcmTypeMacro(SerieHelper);
  62
  63 public:
  64    /// SingleSerieUIDFileSetmap replaces the former CoherentFileListmap
  65    /// ( List were actually std::vectors, and wher no coherent at all :
  66    ///   They were only Single SeriesInstanceUID File sets)
  67    typedef std::map<std::string, FileList *> SingleSerieUIDFileSetmap;
  68
  69    typedef std::vector<File* > FileVector;
  70
  71 /// \brief Constructs a SerieHelper with a RefCounter
  72     static SerieHelper *New() {return new SerieHelper();}
  73
  74    virtual ~SerieHelper();
  75    void Print(std::ostream &os = std::cout, std::string const &indent = "" );
  76
  77    /// \todo should return bool or throw error ?
  78    void AddFileName(std::string const &filename);
  79    void AddGdcmFile(File *header);
  80
  81    void SetDirectory(std::string const &dir, bool recursive=false);
  82    bool IsCoherent(FileList *fileSet);
  83    void OrderFileList(FileList *fileSet);
  84
  85    /// \brief Gets the FIRST Single SerieUID Fileset.
  86    ///        Deprecated; kept not to break the API
  87    /// \note Caller must call OrderFileList first
  88    /// @return the (first) Single SerieUID Fileset
  89    const FileList &GetFileList()
  90                            { return *SingleSerieUIDFileSetHT.begin()->second; }
  91
  92    GDCM_LEGACY(   FileList *GetFirstCoherentFileList()  );
  93    GDCM_LEGACY(   FileList *GetNextCoherentFileList()   );
  94    GDCM_LEGACY(   FileList *GetCoherentFileList(std::string serieUID)  );
  95
  96    FileList *GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
  97    FileList *GetNextSingleSerieUIDFileSet();
  98    FileList *GetSingleSerieUIDFileSet(std::string serieUID);
  99    /// brief returns the 'Series Instance UID' Single SerieUID FileSet
 100    std::string GetCurrentSerieUIDFileSetUID()
 101                              { return  (*ItFileSetHt).first; }
 102    /// All the following allow user to restrict DICOM file to be part
 103    /// of a particular serie
 104    void AddRestriction(TagKey const &key, std::string const &value, int op);
 105
 106    /// \brief Use additional series information such as ProtocolName
 107    ///        and SeriesName to identify when a single SeriesUID contains
 108    ///        multiple 3D volumes - as can occur with perfusion and DTI imaging
 109    void SetUseSeriesDetails( bool useSeriesDetails )
 110                                    { m_UseSeriesDetails = useSeriesDetails;}
 111    bool GetUseSeriesDetails( ){ return m_UseSeriesDetails; }
 112
 113    // \brief Create a string that uniquely identifies a series.   By default
 114    //         uses the SeriesUID.   If UseSeriesDetails(true) has been called,
 115    //         then additional identifying information is used.
 116    std::string CreateUniqueSeriesIdentifier( File * inFile );
 117
 118
 119 /**
 120  * \brief Sets the LoadMode as a boolean string.
 121  *        LD_NOSEQ, LD_NOSHADOW, LD_NOSHADOWSEQ
 122  *        ... (nothing more, right now)
 123  *        WARNING : before using LD_NOSHADOW, be sure *all* your files
 124  *        contain accurate values in the 0x0000 element (if any)
 125  *        of *each* Shadow Group. The parser will fail if the size is wrong !
 126  * @param   mode Load mode to be used
 127  */
 128    void SetLoadMode (int mode) { LoadMode = mode; }
 129
 130 /// Brief User wants the files to be sorted Direct Order (default value)
 131    void SetSortOrderToDirect()  { DirectOrder = true;  }
 132
 133 /// Brief User wants the files to be sorted Reverse Order
 134    void SetSortOrderToReverse() { DirectOrder = false; }
 135
 136    /// to allow user to give is own comparison function
 137    void SetUserLessThanFunction( BOOL_FUNCTION_PFILE_PFILE_POINTER userFunc )
 138                         { UserLessThanFunction = userFunc; }
 139
 140    XCoherentFileSetmap SplitOnOrientation(FileList *fileSet);
 141    XCoherentFileSetmap SplitOnPosition(FileList *fileSet);
 142    XCoherentFileSetmap SplitOnTagValue(FileList *fileSet,
 143                                                uint16_t group, uint16_t elem);
 144 protected :
 145    SerieHelper();
 146
 147 private:
 148    void ClearAll();
 149    bool UserOrdering(FileList *fileSet);
 150    bool ImagePositionPatientOrdering(FileList *fileSet);
 151    bool ImageNumberOrdering(FileList *fileSet);
 152    bool FileNameOrdering(FileList *fileSet);
 153
 154    static bool ImageNumberLessThan(File *file1, File *file2);
 155    static bool ImageNumberGreaterThan(File *file1, File *file2);
 156    static bool FileNameLessThan(File *file1, File *file2);
 157    static bool FileNameGreaterThan(File *file1, File *file2);
 158
 159 //Attributes:
 160
 161    SingleSerieUIDFileSetmap SingleSerieUIDFileSetHT;
 162    SingleSerieUIDFileSetmap::iterator ItFileSetHt;
 163
 164    typedef std::pair<TagKey, std::string> Rule;
 165    typedef std::vector<Rule> SerieRestrictions;
 166    SerieRestrictions Restrictions;
 167
 168    // New style for (extented) Rules (Moreover old one doesn't compile)
 169    typedef struct {
 170       uint16_t group;
 171       uint16_t elem;
 172       std::string value;
 173       int op;
 174    } ExRule;
 175    typedef std::vector<ExRule> SerieExRestrictions;
 176    SerieExRestrictions ExRestrictions;
 177    bool m_UseSeriesDetails;
 178
 179    /// \brief Bit string integer (each one considered as a boolean)
 180    ///        Bit 0 : Skip Sequences,    if possible
 181    ///        Bit 1 : Skip Shadow Groups if possible
 182    ///        Probabely, some more to add
 183    int LoadMode;
 184
 185    /// \brief whether we want to sort in direct order or not (reverse order).
 186    ///        To be used by aware user only
 187    bool DirectOrder;
 188
 189    /// \brief If user knows more about his images than gdcm does,
 190    ///        he may supply his own comparison function.
 191     BOOL_FUNCTION_PFILE_PFILE_POINTER UserLessThanFunction;
 192
 193 };
 194
 195 } // end namespace gdcm
 196
 197 //-----------------------------------------------------------------------------
 198 #endif