grid/common.sh

   1
   2 set -u
   3
   4 # print error message and exit immediately
   5 programname="$(basename ${0})"
   6 function error {
   7 echo "${programname} **ERROR** $1"
   8 exit 1
   9 }
  10
  11 # ensure a valid proxy is present for at least one hour
  12 # if no proxy is found, try to create a new one
  13 # return 0 if a valid proxy is found or created
  14 # else return voms-proxy-init error code
  15 function ensure_proxy {
  16 voms-proxy-info --exists -valid 1:0 > /dev/null && return 0
  17 voms-proxy-init --voms biomed -valid 24:00 || exit 1
  18 }
  19
  20 # print prompt to ensure that the user want to continue further
  21 # the user has to answer with 'y' to continue
  22 function check_user {
  23 prompt="${1:-is that correct?}"
  24 read -p "${prompt} [y/n] " answer
  25 test "${answer}" == "y" && return 0
  26 test "${answer}" == "n" && return 1
  27 check_user "${prompt}"
  28 }
  29
  30 # checks if the lfn file exists
  31 function file_exists {
  32 lfnfile="${1:?"provide lfn to file"}"
  33 lfc-ls ${lfnfile} 2>&1 > /dev/null
  34 }
  35
  36 # upload file to grid storage element
  37 # source can be a relative or an absolute path to the source file
  38 # dest must be the lfn to the target **file** (not the directory)
  39 # if dest already exists, it prompts the user for overwritting
  40 function upload_file {
  41 sourcefile=${1:?"provide source file"}
  42 destlfn=${2:?"provide destination file lfn"}
  43 sourcefile="$(readlink -f "${sourcefile}")" # convert to absolute path
  44 test -f "${sourcefile}" || error "can't find ${sourcefile}"
  45 echo "uploading ${sourcefile} to ${destlfn}"
  46 if file_exists "${destlfn}"; then
  47         check_user "${destlfn} already exists. overwrite it?" || exit 2
  48         lcg-del -a "lfn:${destlfn}"
  49 fi
  50 echo "lets roll"
  51 lcg-cr -v -d ccsrm02.in2p3.fr -l "lfn:${destlfn}" "file:${sourcefile}"
  52 }
  53
  54
  55 # common path used
  56 lfnbase="/grid/biomed/creatis/fgate/"
  57 lfnrelease="${lfnbase}releases/"
  58 lfnworkflow="${lfnbase}workflow/"
  59 lfngasw="${lfnbase}gasw/"
  60 lfnscript="${lfnbase}bin/"
  61
  62 # define the prefix for uploaded file
  63 # default to local machine username
  64 prefix="${USER:?"USER must be set"}_"