itk/clitkAddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKADDRELATIVEPOSITIONCONSTRAINTTOLABELIMAGEFILTER_H
  20 #define CLITKADDRELATIVEPOSITIONCONSTRAINTTOLABELIMAGEFILTER_H
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkFilterBase.h"
  24
  25 // itk
  26 #include "itkPasteImageFilter.h"
  27
  28 // itk ENST
  29 #include "RelativePositionPropImageFilter.h"
  30
  31 namespace clitk {
  32
  33   //--------------------------------------------------------------------
  34   /*
  35     Let A be an initial label image.
  36     Let B be a label image with an object.
  37     Let o be an orientation relatively to the B object (for example RightTo, AntTo, InferiorTo ...)
  38
  39     This filter removes (=set background) from A all points that are
  40     not in the wanted o orientation. It uses downsampled version for
  41     faster processing, and (try to) take into account discretization
  42     problem. Uses [Bloch 1999].
  43   */
  44   //--------------------------------------------------------------------
  45
  46   template <class ImageType>
  47   class ITK_EXPORT AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter:
  48     public clitk::FilterBase,
  49     public itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>
  50   {
  51
  52   public:
  53     /** Standard class typedefs. */
  54     typedef itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>      Superclass;
  55     typedef AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter    Self;
  56     typedef itk::SmartPointer<Self>                            Pointer;
  57     typedef itk::SmartPointer<const Self>                      ConstPointer;
  58
  59     /** Method for creation through the object factory. */
  60     itkNewMacro(Self);
  61
  62     /** Run-time type information (and related methods). */
  63     itkTypeMacro(AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter, ImageToImageFilter);
  64     FILTERBASE_INIT;
  65
  66     /** Some convenient typedefs. */
  67     typedef typename ImageType::ConstPointer ImageConstPointer;
  68     typedef typename ImageType::Pointer      ImagePointer;
  69     typedef typename ImageType::RegionType   RegionType;
  70     typedef typename ImageType::PixelType    PixelType;
  71     typedef typename ImageType::SpacingType  SpacingType;
  72     typedef typename ImageType::SizeType     SizeType;
  73
  74     /** ImageDimension constants */
  75     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, ImageType::ImageDimension);
  76     typedef itk::Image<float, ImageDimension> FloatImageType;
  77
  78     /** Orientation types */
  79     typedef enum { RightTo = 0, LeftTo = 1,
  80                    AntTo = 2,   PostTo = 3,
  81                    InfTo = 4,   SupTo = 5, Angle = 6
  82     } OrientationTypeEnumeration;
  83
  84     /** Input : initial image and object */
  85     void SetInput(const ImageType * image);
  86     void SetInputObject(const ImageType * image);
  87
  88     // Options
  89     void SetOrientationType(OrientationTypeEnumeration orientation);
  90     itkGetConstMacro(OrientationType, OrientationTypeEnumeration);
  91
  92     void SetAngle1(double a);
  93     void SetAngle2(double a);
  94     itkGetConstMacro(Angle1, double);
  95     itkGetConstMacro(Angle2, double);
  96
  97     itkGetConstMacro(ResampleBeforeRelativePositionFilter, bool);
  98     itkSetMacro(ResampleBeforeRelativePositionFilter, bool);
  99     itkBooleanMacro(ResampleBeforeRelativePositionFilter);
 100
 101     itkGetConstMacro(IntermediateSpacing, double);
 102     itkSetMacro(IntermediateSpacing, double);
 103
 104     itkGetConstMacro(FuzzyThreshold, double);
 105     itkSetMacro(FuzzyThreshold, double);
 106
 107     itkGetConstMacro(BackgroundValue, PixelType);
 108     itkSetMacro(BackgroundValue, PixelType);
 109
 110     itkGetConstMacro(ObjectBackgroundValue, PixelType);
 111     itkSetMacro(ObjectBackgroundValue, PixelType);
 112
 113     itkGetConstMacro(AutoCrop, bool);
 114     itkSetMacro(AutoCrop, bool);
 115     itkBooleanMacro(AutoCrop);
 116
 117   protected:
 118     AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter();
 119     virtual ~AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter() {}
 120
 121     OrientationTypeEnumeration m_OrientationType;
 122     double m_IntermediateSpacing;
 123     double m_FuzzyThreshold;
 124     PixelType m_BackgroundValue;
 125     PixelType m_ObjectBackgroundValue;
 126     double m_Angle1;
 127     double m_Angle2;
 128     bool m_ResampleBeforeRelativePositionFilter;
 129     bool m_AutoCrop;
 130
 131     virtual void GenerateOutputInformation();
 132     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 133     virtual void GenerateData();
 134
 135     typedef itk::PasteImageFilter<ImageType,ImageType> PadFilterType;
 136     typename ImageType::Pointer working_image;
 137     typename ImageType::Pointer object_resampled;
 138     typename FloatImageType::Pointer relPos;
 139     ImagePointer input;
 140     ImagePointer object;
 141
 142   private:
 143     AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter(const Self&); //purposely not implemented
 144     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 145
 146   }; // end class
 147   //--------------------------------------------------------------------
 148
 149 } // end namespace clitk
 150 //--------------------------------------------------------------------
 151
 152 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 153 #include "clitkAddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter.txx"
 154 #endif
 155
 156 #endif