itk/clitkAddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKADDRELATIVEPOSITIONCONSTRAINTTOLABELIMAGEFILTER_H
  20 #define CLITKADDRELATIVEPOSITIONCONSTRAINTTOLABELIMAGEFILTER_H
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkFilterBase.h"
  24
  25 // itk
  26 #include <itkPasteImageFilter.h>
  27
  28 // itk ENST
  29 #include "RelativePositionPropImageFilter.h"
  30
  31 namespace clitk {
  32
  33   //--------------------------------------------------------------------
  34   /*
  35     Let A be an initial label image.
  36     Let B be a label image with an object.
  37     Let o be an orientation relatively to the B object (for example RightTo, AntTo, InferiorTo ...)
  38
  39     This filter removes (=set background) from A all points that are
  40     not in the wanted o orientation. It uses downsampled version for
  41     faster processing, and (try to) take into account discretization
  42     problem. Uses [Bloch 1999].
  43   */
  44   //--------------------------------------------------------------------
  45
  46   template <class ImageType>
  47   class ITK_EXPORT AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter:
  48     public clitk::FilterBase,
  49     public itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>
  50   {
  51
  52   public:
  53     /** Standard class typedefs. */
  54     typedef itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>      Superclass;
  55     typedef AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter    Self;
  56     typedef itk::SmartPointer<Self>                            Pointer;
  57     typedef itk::SmartPointer<const Self>                      ConstPointer;
  58
  59     /** Method for creation through the object factory. */
  60     itkNewMacro(Self);
  61
  62     /** Run-time type information (and related methods). */
  63     itkTypeMacro(AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter, ImageToImageFilter);
  64     FILTERBASE_INIT;
  65
  66     /** Some convenient typedefs. */
  67     typedef typename ImageType::ConstPointer ImageConstPointer;
  68     typedef typename ImageType::Pointer      ImagePointer;
  69     typedef typename ImageType::RegionType   RegionType;
  70     typedef typename ImageType::PixelType    PixelType;
  71     typedef typename ImageType::SpacingType  SpacingType;
  72     typedef typename ImageType::SizeType     SizeType;
  73     typedef typename ImageType::IndexType    IndexType;
  74     typedef typename ImageType::PointType    PointType;
  75
  76     /** ImageDimension constants */
  77     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, ImageType::ImageDimension);
  78     typedef itk::Image<float, ImageDimension> FloatImageType;
  79
  80     /** Orientation types */
  81     typedef enum { RightTo = 0, LeftTo = 1,
  82                    AntTo = 2,   PostTo = 3,
  83                    InfTo = 4,   SupTo = 5, Angle = 6
  84     } OrientationTypeEnumeration;
  85
  86     /** Input : initial image and object */
  87     void SetInput(const ImageType * image);
  88     void SetInputObject(const ImageType * image);
  89
  90     // Options
  91     void AddOrientationType(OrientationTypeEnumeration orientation);
  92     void AddOrientationTypeString(std::string s);
  93     void ClearOrientationType();
  94     void AddAngles(double a, double b);
  95     int GetNumberOfAngles();
  96     std::string GetOrientationTypeString(int i) { return m_OrientationTypeString[i]; }
  97     std::vector<std::string> & GetOrientationTypeString() { return m_OrientationTypeString; }
  98
  99     itkGetConstMacro(IntermediateSpacingFlag, bool);
 100     itkSetMacro(IntermediateSpacingFlag, bool);
 101     itkBooleanMacro(IntermediateSpacingFlag);
 102
 103     itkGetConstMacro(IntermediateSpacing, double);
 104     itkSetMacro(IntermediateSpacing, double);
 105
 106     itkGetConstMacro(FuzzyThreshold, double);
 107     itkSetMacro(FuzzyThreshold, double);
 108
 109     itkGetConstMacro(BackgroundValue, PixelType);
 110     itkSetMacro(BackgroundValue, PixelType);
 111
 112     itkGetConstMacro(ObjectBackgroundValue, PixelType);
 113     itkSetMacro(ObjectBackgroundValue, PixelType);
 114
 115     itkGetConstMacro(AutoCropFlag, bool);
 116     itkSetMacro(AutoCropFlag, bool);
 117     itkBooleanMacro(AutoCropFlag);
 118
 119     itkGetConstMacro(InverseOrientationFlag, bool);
 120     itkSetMacro(InverseOrientationFlag, bool);
 121     itkBooleanMacro(InverseOrientationFlag);
 122
 123     itkGetConstMacro(RemoveObjectFlag, bool);
 124     itkSetMacro(RemoveObjectFlag, bool);
 125     itkBooleanMacro(RemoveObjectFlag);
 126
 127     itkGetConstMacro(CombineWithOrFlag, bool);
 128     itkSetMacro(CombineWithOrFlag, bool);
 129     itkBooleanMacro(CombineWithOrFlag);
 130
 131     // I dont want to verify inputs information
 132     virtual void VerifyInputInformation() { }
 133
 134     // For debug
 135     void PrintOptions();
 136
 137   protected:
 138     AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter();
 139     virtual ~AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter() {}
 140
 141     std::vector<OrientationTypeEnumeration> m_OrientationType;
 142     std::vector<std::string> m_OrientationTypeString;
 143     double m_IntermediateSpacing;
 144     double m_FuzzyThreshold;
 145     PixelType m_BackgroundValue;
 146     PixelType m_ObjectBackgroundValue;
 147     std::vector<double> m_Angle1;
 148     std::vector<double> m_Angle2;
 149     bool m_IntermediateSpacingFlag;
 150     bool m_AutoCropFlag;
 151     bool m_InverseOrientationFlag;
 152     bool m_RemoveObjectFlag;
 153     bool m_CombineWithOrFlag;
 154
 155     virtual void GenerateOutputInformation();
 156     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 157     virtual void GenerateData();
 158
 159     typedef itk::PasteImageFilter<ImageType,ImageType> PasteFilterType;
 160     typename ImageType::Pointer working_image;
 161     typename ImageType::Pointer object_resampled;
 162     typename FloatImageType::Pointer relPos;
 163     ImagePointer input;
 164     ImagePointer object;
 165
 166   private:
 167     AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter(const Self&); //purposely not implemented
 168     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 169
 170   }; // end class
 171   //--------------------------------------------------------------------
 172
 173 } // end namespace clitk
 174 //--------------------------------------------------------------------
 175
 176 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 177 #include "clitkAddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter.txx"
 178 #endif
 179
 180 #endif