itk/clitkAutoCropFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKAUTOCROPFILTER_TXX
  20 #define CLITKAUTOCROPFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkCommon.h"
  24 #include "clitkSegmentationUtils.h"
  25
  26 // itk
  27 #include "itkAutoCropLabelMapFilter.h"
  28 #include "itkStatisticsLabelObject.h"
  29 #include "itkLabelImageToLabelMapFilter.h"
  30 #include "itkLabelMapToLabelImageFilter.h"
  31 #include "itkRegionOfInterestImageFilter.h"
  32 #include "itkExtractImageFilter.h"
  33
  34 namespace clitk {
  35
  36   //--------------------------------------------------------------------
  37   template <class ImageType>
  38   AutoCropFilter<ImageType>::
  39   AutoCropFilter():itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>() {
  40     this->SetNumberOfRequiredInputs(1);
  41     m_BackgroundValue  = 0;
  42   }
  43   //--------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46   //--------------------------------------------------------------------
  47   template <class ImageType>
  48   void
  49   AutoCropFilter<ImageType>::
  50   SetInput(const ImageType * image) {
  51     // Process object is not const-correct so the const casting is required.
  52     this->SetNthInput(0, const_cast<ImageType *>( image ));
  53   }
  54   //--------------------------------------------------------------------
  55
  56
  57   //--------------------------------------------------------------------
  58   template <class ImageType>
  59   void
  60   AutoCropFilter<ImageType>::
  61   SetBackgroundValue(ImagePixelType p) {
  62     m_BackgroundValue = p;
  63   }
  64   //--------------------------------------------------------------------
  65
  66
  67   //--------------------------------------------------------------------
  68   template <class ImageType>
  69   void
  70   AutoCropFilter<ImageType>::
  71   GenerateOutputInformation() {
  72
  73     // Superclass
  74     // do not call the superclass' implementation of this method since
  75     // this filter allows the input the output to be of different dimensions
  76     // Superclass::GenerateOutputInformation();
  77
  78     // Get input pointers
  79     ImageConstPointer input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  80
  81     // Get output pointer
  82     ImagePointer output = this->GetOutput(0);
  83
  84     // Convert to LabelMap
  85     static const unsigned int Dim = ImageType::ImageDimension;
  86     //    typedef unsigned long LabelType; // unsigned long needed (!!??)
  87     typedef itk::StatisticsLabelObject< LabelType, Dim > LabelObjectType;
  88     typedef itk::LabelMap< LabelObjectType > LabelMapType;
  89     typedef itk::LabelImageToLabelMapFilter<ImageType, LabelMapType> ImageToMapFilterType;
  90     typename ImageToMapFilterType::Pointer imageToLabelFilter = ImageToMapFilterType::New();
  91     imageToLabelFilter->SetBackgroundValue(m_BackgroundValue);
  92     imageToLabelFilter->SetInput(input);
  93
  94     // AutoCrop
  95     typedef itk::AutoCropLabelMapFilter<LabelMapType> AutoCropFilterType;
  96     typename AutoCropFilterType::Pointer autoCropFilter = AutoCropFilterType::New();
  97     autoCropFilter->SetInput(imageToLabelFilter->GetOutput());
  98     autoCropFilter->ReleaseDataFlagOff();
  99
 100     // Convert to LabelImage
 101     typedef itk::LabelMapToLabelImageFilter<LabelMapType, ImageType> MapToImageFilterType;
 102     typename MapToImageFilterType::Pointer labelToImageFilter = MapToImageFilterType::New();
 103     labelToImageFilter->SetInput(autoCropFilter->GetOutput());
 104
 105     // Go ! (needed)
 106     labelToImageFilter->Update();
 107     m_labeImage = labelToImageFilter->GetOutput();
 108
 109     // Update the output size
 110     m_Region = m_labeImage->GetLargestPossibleRegion();
 111     // Sometimes the index is 9223372036854775807 ???
 112     if (m_Region.GetIndex()[0] > 99999) {
 113       std::cerr << "Warning !! BUG int clitkAutoCropFilter ?" << std::endl;
 114       typename ImageType::IndexType index;
 115       index.Fill(0);
 116       m_Region.SetIndex(index);
 117       DD(m_Region);
 118     }
 119     output->SetLargestPossibleRegion(m_Region);
 120     output->SetRequestedRegion(m_Region);
 121     output->SetBufferedRegion(m_Region);
 122     output->SetRegions(m_Region);
 123   }
 124   //--------------------------------------------------------------------
 125
 126   //--------------------------------------------------------------------
 127   template <class ImageType>
 128   void
 129   AutoCropFilter<ImageType>::
 130   GenerateData() {
 131     // Get input pointers
 132     ImageConstPointer input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 133
 134     // Extract the region with RegionOfInterestImageFilter or ExtractImageFilter ?
 135     // The second is when reducing the nb of dimension (index always zero)
 136     // The first keep index
 137
 138     typedef itk::RegionOfInterestImageFilter<ImageType, ImageType> CropFilterType;
 139     //typedef itk::ExtractImageFilter<ImageType, ImageType> CropFilterType;
 140     m_labeImage->SetRequestedRegion(m_labeImage->GetLargestPossibleRegion());
 141     typename CropFilterType::Pointer cropFilter = CropFilterType::New();
 142     cropFilter->SetInput(m_labeImage);
 143     cropFilter->SetReleaseDataFlag(this->GetReleaseDataFlag());
 144
 145     cropFilter->SetRegionOfInterest(m_Region);
 146     //cropFilter->SetExtractionRegion(m_Region);
 147
 148     // Go !
 149     cropFilter->Update();
 150
 151     // Get (graft) output (SetNthOutput does not fit here because of Origin).
 152     this->GraftOutput(cropFilter->GetOutput());
 153   }
 154   //--------------------------------------------------------------------
 155
 156 }//end clitk
 157
 158 #endif //#define CLITKAUTOCROPFILTER