itk/clitkAutoCropFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKAUTOCROPFILTER_TXX
  20 #define CLITKAUTOCROPFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkCommon.h"
  24 #include "clitkSegmentationUtils.h"
  25
  26 // itk
  27 #include "itkAutoCropLabelMapFilter.h"
  28 #include "itkStatisticsLabelObject.h"
  29 #include "itkLabelImageToLabelMapFilter.h"
  30 #include "itkLabelMapToLabelImageFilter.h"
  31 #include "itkRegionOfInterestImageFilter.h"
  32
  33 namespace clitk {
  34
  35   //--------------------------------------------------------------------
  36   template <class TImageType>
  37   AutoCropFilter<TImageType>::
  38   AutoCropFilter():itk::ImageToImageFilter<TImageType, TImageType>() {
  39     this->SetNumberOfRequiredInputs(1);
  40     m_BackgroundValue  = 0;
  41   }
  42   //--------------------------------------------------------------------
  43
  44
  45   //--------------------------------------------------------------------
  46   template <class TImageType>
  47   void
  48   AutoCropFilter<TImageType>::
  49   SetInput(const TImageType * image) {
  50     // Process object is not const-correct so the const casting is required.
  51     this->SetNthInput(0, const_cast<TImageType *>( image ));
  52   }
  53   //--------------------------------------------------------------------
  54
  55
  56   //--------------------------------------------------------------------
  57   template <class TImageType>
  58   void
  59   AutoCropFilter<TImageType>::
  60   SetBackgroundValue(ImagePixelType p) {
  61     m_BackgroundValue = p;
  62   }
  63   //--------------------------------------------------------------------
  64
  65
  66   //--------------------------------------------------------------------
  67   template <class TImageType>
  68   void
  69   AutoCropFilter<TImageType>::
  70   GenerateOutputInformation() {
  71
  72     // Superclass
  73     // do not call the superclass' implementation of this method since
  74     // this filter allows the input the output to be of different dimensions
  75     // Superclass::GenerateOutputInformation();
  76
  77     // Get input pointers
  78     ImageConstPointer input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  79
  80     // Get output pointer
  81     ImagePointer output = this->GetOutput(0);
  82
  83     // Convert to LabelMap
  84     static const unsigned int Dim = ImageType::ImageDimension;
  85     //    typedef unsigned long LabelType; // unsigned long needed (!!??)
  86     typedef itk::StatisticsLabelObject< LabelType, Dim > LabelObjectType;
  87     typedef itk::LabelMap< LabelObjectType > LabelMapType;
  88     typedef itk::LabelImageToLabelMapFilter<ImageType, LabelMapType> ImageToMapFilterType;
  89     typename ImageToMapFilterType::Pointer imageToLabelFilter = ImageToMapFilterType::New();
  90     imageToLabelFilter->SetBackgroundValue(m_BackgroundValue);
  91     imageToLabelFilter->SetInput(input);
  92
  93     // AutoCrop
  94     typedef itk::AutoCropLabelMapFilter<LabelMapType> AutoCropFilterType;
  95     typename AutoCropFilterType::Pointer autoCropFilter = AutoCropFilterType::New();
  96     autoCropFilter->SetInput(imageToLabelFilter->GetOutput());
  97
  98     // Convert to LabelImage
  99     typedef itk::LabelMapToLabelImageFilter<LabelMapType, ImageType> MapToImageFilterType;
 100     typename MapToImageFilterType::Pointer labelToImageFilter = MapToImageFilterType::New();
 101     labelToImageFilter->SetInput(autoCropFilter->GetOutput());
 102
 103     // Go ! (needed)
 104     labelToImageFilter->Update();
 105     m_labeImage = labelToImageFilter->GetOutput();
 106
 107     // Update the output size
 108     m_Region = m_labeImage->GetLargestPossibleRegion();
 109     output->SetLargestPossibleRegion(m_Region);
 110     output->SetRequestedRegion(m_Region);
 111     output->SetBufferedRegion(m_Region);
 112     output->SetRegions(m_Region);
 113   }
 114   //--------------------------------------------------------------------
 115
 116   //--------------------------------------------------------------------
 117   template <class TImageType>
 118   void
 119   AutoCropFilter<TImageType>::
 120   GenerateData() {
 121     // Get input pointers
 122     ImageConstPointer input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 123
 124     // Extract the region
 125     typedef itk::RegionOfInterestImageFilter<ImageType, ImageType> CropFilterType;
 126     m_labeImage->SetRequestedRegion(m_labeImage->GetLargestPossibleRegion());
 127     typename CropFilterType::Pointer cropFilter = CropFilterType::New();
 128     cropFilter->SetInput(m_labeImage);
 129     cropFilter->SetRegionOfInterest(m_Region);
 130
 131     // Go !
 132     cropFilter->Update();
 133
 134     // Get (graft) output (SetNthOutput does not fit here because of Origin).
 135     this->GraftOutput(cropFilter->GetOutput());
 136   }
 137   //--------------------------------------------------------------------
 138
 139 }//end clitk
 140
 141 #endif //#define CLITKAUTOCROPFILTER