itk/clitkAutoCropFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKAUTOCROPFILTER_TXX
  20 #define CLITKAUTOCROPFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkCommon.h"
  24 #include "clitkSegmentationUtils.h"
  25
  26 // itk
  27 #include "itkAutoCropLabelMapFilter.h"
  28 #include "itkStatisticsLabelObject.h"
  29 #include "itkLabelImageToLabelMapFilter.h"
  30 #include "itkLabelMapToLabelImageFilter.h"
  31 #include "itkRegionOfInterestImageFilter.h"
  32 #include "itkExtractImageFilter.h"
  33
  34 namespace clitk {
  35
  36   //--------------------------------------------------------------------
  37   template <class ImageType>
  38   AutoCropFilter<ImageType>::
  39   AutoCropFilter():itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>() {
  40     this->SetNumberOfRequiredInputs(1);
  41     m_BackgroundValue  = 0;
  42     UseBorderOn();
  43   }
  44   //--------------------------------------------------------------------
  45
  46
  47   //--------------------------------------------------------------------
  48   template <class ImageType>
  49   void
  50   AutoCropFilter<ImageType>::
  51   SetInput(const ImageType * image) {
  52     // Process object is not const-correct so the const casting is required.
  53     this->SetNthInput(0, const_cast<ImageType *>( image ));
  54   }
  55   //--------------------------------------------------------------------
  56
  57
  58   //--------------------------------------------------------------------
  59   template <class ImageType>
  60   void
  61   AutoCropFilter<ImageType>::
  62   SetBackgroundValue(ImagePixelType p) {
  63     m_BackgroundValue = p;
  64   }
  65   //--------------------------------------------------------------------
  66
  67
  68   //--------------------------------------------------------------------
  69   template <class ImageType>
  70   void
  71   AutoCropFilter<ImageType>::
  72   GenerateOutputInformation() {
  73
  74     // Superclass
  75     // do not call the superclass' implementation of this method since
  76     // this filter allows the input the output to be of different dimensions
  77     // Superclass::GenerateOutputInformation();
  78
  79     // Get input pointers
  80     ImageConstPointer input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  81
  82     // Get output pointer
  83     ImagePointer output = this->GetOutput(0);
  84
  85     // Convert to LabelMap
  86     static const unsigned int Dim = ImageType::ImageDimension;
  87     //    typedef unsigned long LabelType; // unsigned long needed (!!??)
  88     typedef itk::StatisticsLabelObject< LabelType, Dim > LabelObjectType;
  89     typedef itk::LabelMap< LabelObjectType > LabelMapType;
  90     typedef itk::LabelImageToLabelMapFilter<ImageType, LabelMapType> ImageToMapFilterType;
  91     typename ImageToMapFilterType::Pointer imageToLabelFilter = ImageToMapFilterType::New();
  92     imageToLabelFilter->SetBackgroundValue(m_BackgroundValue);
  93     imageToLabelFilter->SetInput(input);
  94
  95     // AutoCrop
  96     typedef itk::AutoCropLabelMapFilter<LabelMapType> AutoCropFilterType;
  97     typename AutoCropFilterType::Pointer autoCropFilter = AutoCropFilterType::New();
  98     autoCropFilter->SetInput(imageToLabelFilter->GetOutput());
  99     //    autoCropFilter->ReleaseDataFlagOff();
 100     if (GetUseBorder()) {
 101       typename ImageType::SizeType s;
 102       for(uint i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) s[i] = 1;
 103       autoCropFilter->SetCropBorder(s);
 104     }
 105     autoCropFilter->ReleaseDataFlagOn();
 106
 107     // Convert to LabelImage
 108     typedef itk::LabelMapToLabelImageFilter<LabelMapType, ImageType> MapToImageFilterType;
 109     typename MapToImageFilterType::Pointer labelToImageFilter = MapToImageFilterType::New();
 110     labelToImageFilter->SetInput(autoCropFilter->GetOutput());
 111
 112     // Go ! (needed)
 113     labelToImageFilter->Update();
 114     m_labeImage = labelToImageFilter->GetOutput();
 115
 116     // Update the output size
 117     m_Region = m_labeImage->GetLargestPossibleRegion();
 118     // Sometimes the index is 9223372036854775807 ???
 119     if (m_Region.GetIndex()[0] > 99999) {
 120       std::cerr << "Warning !! BUG int clitkAutoCropFilter ?" << std::endl;
 121       typename ImageType::IndexType index;
 122       index.Fill(0);
 123       m_Region.SetIndex(index);
 124     }
 125
 126     // Set the region to output
 127     output->SetLargestPossibleRegion(m_Region);
 128     output->SetRequestedRegion(m_Region);
 129     output->SetBufferedRegion(m_Region);
 130     output->SetRegions(m_Region);
 131   }
 132   //--------------------------------------------------------------------
 133
 134   //--------------------------------------------------------------------
 135   template <class ImageType>
 136   void
 137   AutoCropFilter<ImageType>::
 138   GenerateData() {
 139     // Get input pointers
 140     ImageConstPointer input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 141
 142     // Extract the region with RegionOfInterestImageFilter or ExtractImageFilter ?
 143     // The second is when reducing the nb of dimension (index always zero)
 144     // The first keep index.
 145     // OLD : typedef itk::ExtractImageFilter<ImageType, ImageType> CropFilterType;
 146     // OLD : cropFilter->SetExtractionRegion(m_Region);
 147
 148     typedef itk::RegionOfInterestImageFilter<ImageType, ImageType> CropFilterType;
 149     m_labeImage->SetRequestedRegion(m_labeImage->GetLargestPossibleRegion());
 150     typename CropFilterType::Pointer cropFilter = CropFilterType::New();
 151     cropFilter->SetInput(m_labeImage);
 152     cropFilter->SetReleaseDataFlag(this->GetReleaseDataFlag());
 153     cropFilter->SetRegionOfInterest(m_Region);
 154
 155     // Go !
 156     cropFilter->Update();
 157
 158     // Get (graft) output (SetNthOutput does not fit here because of Origin).
 159     this->GraftOutput(cropFilter->GetOutput());
 160   }
 161   //--------------------------------------------------------------------
 162
 163 }//end clitk
 164
 165 #endif //#define CLITKAUTOCROPFILTER