itk/clitkAutoCropFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKAUTOCROPFILTER_TXX
  20 #define CLITKAUTOCROPFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkCommon.h"
  24
  25 // itk
  26 #include "itkAutoCropLabelMapFilter.h"
  27 #include "itkStatisticsLabelObject.h"
  28 #include "itkLabelImageToLabelMapFilter.h"
  29 #include "itkLabelMapToLabelImageFilter.h"
  30 #include "itkRegionOfInterestImageFilter.h"
  31 #include "itkExtractImageFilter.h"
  32
  33 namespace clitk {
  34
  35   //--------------------------------------------------------------------
  36   template <class ImageType>
  37   AutoCropFilter<ImageType>::
  38   AutoCropFilter():itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>() {
  39     this->SetNumberOfRequiredInputs(1);
  40     m_BackgroundValue  = 0;
  41     UseBorderOff();
  42   }
  43   //--------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46   //--------------------------------------------------------------------
  47   template <class ImageType>
  48   void
  49   AutoCropFilter<ImageType>::
  50   SetInput(const ImageType * image) {
  51     // Process object is not const-correct so the const casting is required.
  52     this->SetNthInput(0, const_cast<ImageType *>( image ));
  53   }
  54   //--------------------------------------------------------------------
  55
  56
  57   //--------------------------------------------------------------------
  58   template <class ImageType>
  59   void
  60   AutoCropFilter<ImageType>::
  61   SetBackgroundValue(ImagePixelType p) {
  62     m_BackgroundValue = p;
  63   }
  64   //--------------------------------------------------------------------
  65
  66
  67   //--------------------------------------------------------------------
  68   template <class ImageType>
  69   void
  70   AutoCropFilter<ImageType>::
  71   GenerateOutputInformation() {
  72
  73     // Superclass
  74     // do not call the superclass' implementation of this method since
  75     // this filter allows the input the output to be of different dimensions
  76     // Superclass::GenerateOutputInformation();
  77
  78     // Get input pointers
  79     ImageConstPointer input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  80
  81     // Get output pointer
  82     ImagePointer output = this->GetOutput(0);
  83
  84     // Convert to LabelMap
  85     static const unsigned int Dim = ImageType::ImageDimension;
  86     //    typedef unsigned long LabelType; // unsigned long needed (!!??)
  87     typedef itk::StatisticsLabelObject< LabelType, Dim > LabelObjectType;
  88     typedef itk::LabelMap< LabelObjectType > LabelMapType;
  89     typedef itk::LabelImageToLabelMapFilter<ImageType, LabelMapType> ImageToMapFilterType;
  90     typename ImageToMapFilterType::Pointer imageToLabelFilter = ImageToMapFilterType::New();
  91     imageToLabelFilter->SetBackgroundValue(m_BackgroundValue);
  92     imageToLabelFilter->SetInput(input);
  93
  94     // AutoCrop
  95     typedef itk::AutoCropLabelMapFilter<LabelMapType> AutoCropFilterType;
  96     typename AutoCropFilterType::Pointer autoCropFilter = AutoCropFilterType::New();
  97     autoCropFilter->SetInput(imageToLabelFilter->GetOutput());
  98     //    autoCropFilter->ReleaseDataFlagOff();
  99     if (GetUseBorder()) {
 100       DD("Crop UseBorder : not correctly implemented do not use (use PadLabelMapFilter)");
 101       // http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1AutoCropLabelMapFilter.html#a54f49fdff8d9f2d2313134109d510285
 102       exit(0);
 103       typename ImageType::SizeType s;
 104       for(uint i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) s[i] = 1;
 105       autoCropFilter->SetCropBorder(s);
 106     }
 107     autoCropFilter->ReleaseDataFlagOn();
 108
 109     // Convert to LabelImage
 110     typedef itk::LabelMapToLabelImageFilter<LabelMapType, ImageType> MapToImageFilterType;
 111     typename MapToImageFilterType::Pointer labelToImageFilter = MapToImageFilterType::New();
 112     labelToImageFilter->SetInput(autoCropFilter->GetOutput());
 113
 114     // Go ! (needed)
 115     labelToImageFilter->Update();
 116     m_labeImage = labelToImageFilter->GetOutput();
 117
 118     // Update the output size
 119     m_Region = m_labeImage->GetLargestPossibleRegion();
 120     // Sometimes the index is 9223372036854775807 ???
 121     if (m_Region.GetIndex()[0] > 99999) {
 122       std::cerr << "Warning !! BUG int clitkAutoCropFilter ?" << std::endl;
 123       typename ImageType::IndexType index;
 124       index.Fill(0);
 125       m_Region.SetIndex(index);
 126     }
 127
 128     // Set the region to output
 129     output->SetLargestPossibleRegion(m_Region);
 130     output->SetRequestedRegion(m_Region);
 131     output->SetBufferedRegion(m_Region);
 132     output->SetRegions(m_Region);
 133   }
 134   //--------------------------------------------------------------------
 135
 136   //--------------------------------------------------------------------
 137   template <class ImageType>
 138   void
 139   AutoCropFilter<ImageType>::
 140   GenerateData() {
 141     // Get input pointers
 142     ImageConstPointer input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 143
 144     // Extract the region with RegionOfInterestImageFilter or ExtractImageFilter ?
 145     // The second is when reducing the nb of dimension (index always zero)
 146     // The first keep index.
 147     // OLD : typedef itk::ExtractImageFilter<ImageType, ImageType> CropFilterType;
 148     // OLD : cropFilter->SetExtractionRegion(m_Region);
 149
 150     typedef itk::RegionOfInterestImageFilter<ImageType, ImageType> CropFilterType;
 151     m_labeImage->SetRequestedRegion(m_labeImage->GetLargestPossibleRegion());
 152     typename CropFilterType::Pointer cropFilter = CropFilterType::New();
 153     cropFilter->SetInput(m_labeImage);
 154     cropFilter->SetReleaseDataFlag(this->GetReleaseDataFlag());
 155     cropFilter->SetRegionOfInterest(m_Region);
 156
 157     // Go !
 158     cropFilter->Update();
 159
 160     // Get (graft) output (SetNthOutput does not fit here because of Origin).
 161     this->GraftOutput(cropFilter->GetOutput());
 162   }
 163   //--------------------------------------------------------------------
 164
 165 }//end clitk
 166
 167 #endif //#define CLITKAUTOCROPFILTER