itk/clitkBinaryImageToMeshFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
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   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
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  20 //--------------------------------------------------------------------
  21 template <class ImageType>
  22 clitk::BinaryImageToMeshFilter<ImageType>::
  23 BinaryImageToMeshFilter():itk::Object()
  24 {
  25   m_ThresholdValue = 0.5; // (for image with 0=background and 1=foreground)
  26 }
  27 //--------------------------------------------------------------------
  28
  29
  30 //--------------------------------------------------------------------
  31 template <class ImageType>
  32 void
  33 clitk::BinaryImageToMeshFilter<ImageType>::
  34 Update()
  35 {
  36   // Convert itk image into vtk image
  37   const ImageType * im = this->GetInput();
  38   typedef itk::ImageToVTKImageFilter<ImageType> ConvertType;
  39   typename ConvertType::Pointer convert = ConvertType::New();
  40   convert->SetInput(im);
  41   convert->Update();
  42   vtkImageData * input_vtk = convert->GetOutput();
  43
  44   // Get extend
  45   vtkSmartPointer<vtkImageClip> clipper = vtkSmartPointer<vtkImageClip>::New();
  46   clipper->SetInput(input_vtk);
  47   int* extent = input_vtk->GetExtent();
  48
  49   // Loop on slices
  50   vtkSmartPointer<vtkAppendPolyData> append = vtkSmartPointer<vtkAppendPolyData>::New();
  51   uint n = input_vtk->GetDimensions()[2];
  52   // std::vector<vtkSmartPointer<vtkPolyData> > contours;
  53   for(uint i=0; i<n; i++) {
  54     vtkSmartPointer<vtkMarchingSquares> squares = vtkSmartPointer<vtkMarchingSquares>::New();
  55     squares->SetInput(input_vtk);
  56     squares->SetImageRange(extent[0], extent[1], extent[2], extent[3], i, i);
  57     squares->SetNumberOfContours(1);
  58     squares->SetValue(0, m_ThresholdValue);
  59     squares->Update();
  60     vtkSmartPointer<vtkPolyData> m = squares->GetOutput();
  61
  62     // Strip (needed)
  63     vtkSmartPointer<vtkStripper> vs = vtkSmartPointer<vtkStripper>::New();
  64     vs->SetInput(squares->GetOutput());
  65     vs->Update();
  66     m = vs->GetOutput();
  67
  68     // Decimate
  69     if (false) { // FIXME (do not work)
  70       vtkSmartPointer<vtkDecimatePro> psurface = vtkDecimatePro::New();
  71       psurface->SetInputConnection(squares->GetOutputPort());
  72       psurface->SetTargetReduction(0.5);
  73       psurface->Update();
  74       m = psurface->GetOutput();
  75     }
  76
  77     // only add if lines>0
  78     if (m->GetNumberOfLines() > 0) {
  79       append->AddInput(m);//contours[i]);
  80     }
  81   }
  82   append->Update();
  83
  84   m_OutputMesh = vtkSmartPointer<vtkPolyData>::New();
  85   m_OutputMesh->DeepCopy(append->GetOutput());
  86 }
  87 //--------------------------------------------------------------------
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