itk/clitkBinaryImageToMeshFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19
  20 //--------------------------------------------------------------------
  21 template <class ImageType>
  22 clitk::BinaryImageToMeshFilter<ImageType>::
  23 BinaryImageToMeshFilter()//:ProcessObject()
  24 {
  25   DD("BinaryImageToMeshFilter constructor");
  26   // this->ProcessObject::SetNumberOfRequiredInputs(1);
  27   // this->ProcessObject::SetNumberOfRequiredOutputs(1);
  28
  29   // //m_OutputMesh = vtkPolyData::New();
  30
  31   // this->ProcessObject::SetNumberOfRequiredOutputs(1);
  32   // itk::DataObject::Pointer a = itk::DataObject::New();
  33   // this->ProcessObject::SetNthOutput( 0, a);
  34 }
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38 //--------------------------------------------------------------------
  39 /*template <class ImageType>
  40   void
  41   clitk::BinaryImageToMeshFilter<ImageType>::
  42   GenerateOutputInformation()
  43   {
  44   DD("GenerateOutputInformation");
  45   // ImagePointer output = this->GetOutput(0);
  46
  47   // // Set the region to output
  48   // typename ImageType::RegionType m_Region = m_LikeImage->GetLargestPossibleRegion();
  49   // typename ImageType::SizeType size = m_Region.GetSize();
  50   // size[0]++;
  51   // size[1]++;
  52   // size[2]++;
  53   // m_Region.SetSize(size);
  54   // output->SetLargestPossibleRegion(m_Region);
  55   // output->SetRequestedRegion(m_Region);
  56   // output->SetBufferedRegion(m_Region);
  57   // output->SetRegions(m_Region);
  58   // output->Allocate();
  59   }
  60 */
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62
  63
  64 // template <class ImageType>
  65 // void
  66 // clitk::BinaryImageToMeshFilter<ImageType>::
  67 // SetInput(unsigned int idx, const ImageType *input)
  68 // {
  69 //   DD(idx);
  70 //   // process object is not const-correct, the const_cast
  71 //   // is required here.
  72 //   this->ProcessObject::SetNthInput( idx,
  73 //                                     const_cast< ImageType * >( input ) );
  74 //   DD("end");
  75 // }
  76
  77 // template <class ImageType>
  78 // const ImageType *
  79 // clitk::BinaryImageToMeshFilter<ImageType>::
  80 // GetInput(unsigned int idx)
  81 // {
  82 //   DD("GetInput");
  83 //   DD(idx);
  84 //   return dynamic_cast< const ImageType * >
  85 //          ( this->ProcessObject::GetInput(idx) );
  86 // }
  87
  88
  89 //--------------------------------------------------------------------
  90 template <class ImageType>
  91 void
  92 clitk::BinaryImageToMeshFilter<ImageType>::
  93 Update()
  94 //GenerateOutputInformation()
  95 {
  96   DD("Update");
  97
  98   // Convert itk image into vtk image
  99   const ImageType * im = this->GetInput();
 100   typedef itk::ImageToVTKImageFilter<ImageType> ConvertType;
 101   typename ConvertType::Pointer convert = ConvertType::New();
 102   convert->SetInput(im);
 103   convert->Update();
 104   vtkImageData * input_vtk = convert->GetOutput();
 105
 106   // Get extend
 107   vtkSmartPointer<vtkImageClip> clipper = vtkSmartPointer<vtkImageClip>::New();
 108   clipper->SetInput(input_vtk);
 109   int* extent = input_vtk->GetExtent();
 110   DDV(extent, 6);
 111
 112   // Loop on slices
 113   vtkSmartPointer<vtkAppendPolyData> append = vtkSmartPointer<vtkAppendPolyData>::New();
 114   uint n = input_vtk->GetDimensions()[2];
 115   DD(n);
 116   std::vector<vtkSmartPointer<vtkPolyData> > contours;
 117   for(uint i=0; i<n; i++) {
 118     DD(i);
 119     // FIXME     vtkDiscreteMarchingCubes INSTEAD ?
 120     vtkSmartPointer<vtkMarchingSquares> squares = vtkSmartPointer<vtkMarchingSquares>::New();
 121     squares->SetInput(input_vtk);
 122     squares->SetImageRange(extent[0], extent[1], extent[2], extent[3], i, i);
 123     squares->SetNumberOfContours(1);
 124     squares->SetValue(0, 0.5); // FIXME background (?)
 125     squares->Update();
 126     // DD(squares->GetNumberOfContours());
 127
 128     vtkSmartPointer<vtkPolyData> m = squares->GetOutput();
 129
 130     DD(m->GetMaxCellSize());
 131     DD(m->GetNumberOfVerts());
 132     DD(m->GetNumberOfLines());
 133     DD(m->GetNumberOfPolys());
 134     DD(m->GetNumberOfStrips());
 135
 136     // Decimate
 137     if (false) { // FIXME
 138       vtkSmartPointer<vtkDecimatePro> psurface = vtkDecimatePro::New();
 139       psurface->SetInputConnection(squares->GetOutputPort());
 140       psurface->SetTargetReduction(0.5);
 141       psurface->Update();
 142       m = psurface->GetOutput();
 143     }
 144     if (true) {
 145       vtkSmartPointer<vtkStripper> vs = vtkSmartPointer<vtkStripper>::New();
 146       vs->SetInput(squares->GetOutput());
 147       vs->Update();
 148       m = vs->GetOutput();
 149     }
 150
 151     //vtkSmartPointer<vtkPolyData> m = squares->GetOutput();
 152     contours.push_back(m);
 153     DD(m->GetMaxCellSize());
 154     DD(m->GetNumberOfVerts());
 155     DD(m->GetNumberOfLines());
 156     DD(m->GetNumberOfPolys());
 157     DD(m->GetNumberOfStrips());
 158     // m->Print(std::cout);
 159
 160     // FIXME : only add if lines>0
 161     if (m->GetNumberOfLines() > 0) {
 162       append->AddInput(contours[i]);
 163     }
 164   }
 165   DD("done");
 166
 167   DD("now append");
 168   // for(unsigned int i=0; i<n; i++) {
 169   //   append->AddInput(contours[i]);
 170   // }
 171   append->Update();
 172
 173   DD(" copy");
 174   m_OutputMesh = vtkSmartPointer<vtkPolyData>::New();
 175   m_OutputMesh->DeepCopy(append->GetOutput());
 176
 177   /* // NO (3D)
 178   vtkSmartPointer<vtkContourFilter> pcontour = vtkContourFilter::New();
 179   pcontour->SetValue(0, 0.5);
 180   pcontour->SetInput(input_vtk);
 181   pcontour->Update();
 182   // vtkAlgorithmOutput *data = pcontour->GetOutputPort();
 183   // vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> skinMapper = vtkPolyDataMapper::New();
 184   // skinMapper->SetInputConnection(data); //psurface->GetOutputPort()
 185   // skinMapper->ScalarVisibilityOff();
 186   m_OutputMesh = pcontour->GetOutput();//data
 187   */
 188
 189   DD("end");
 190   int a=12;
 191   DD("erelre");
 192 }
 193 //--------------------------------------------------------------------
 194