itk/clitkCropLikeImageFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKCROPLIKEIMAGEFILTER_TXX
  20 #define CLITKCROPLIKEIMAGEFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkCommon.h"
  24
  25 // itk
  26 #include "itkRegionOfInterestImageFilter.h"
  27
  28
  29 //--------------------------------------------------------------------
  30 template <class ImageType>
  31 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  32 CropLikeImageFilter():itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>() {
  33   this->SetNumberOfRequiredInputs(1);
  34   m_LikeImage = NULL;
  35   m_LikeFilenameIsGiven = false;
  36   m_CropAlongThisDimension.resize(ImageType::ImageDimension);
  37   for(uint i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
  38     m_CropAlongThisDimension[i] = true;
  39 }
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41
  42
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44 template <class ImageType>
  45 void
  46 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  47 SetCropLikeFilename(std::string f)
  48 {
  49   m_LikeFilename = f;
  50   m_LikeFilenameIsGiven = true;
  51 }
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53
  54
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56 template <class ImageType>
  57 void
  58 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  59 SetCropLikeImage(const itk::ImageBase<ImageType::ImageDimension> * like)
  60 {
  61   m_LikeImage = like;
  62 }
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64
  65
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67 template <class ImageType>
  68 void
  69 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  70 SetCropLikeImage(const itk::ImageBase<ImageType::ImageDimension> * like, int axe)
  71 {
  72   m_LikeImage = like;
  73   for(uint i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
  74     m_CropAlongThisDimension[i] = false;
  75   m_CropAlongThisDimension[axe] = true;
  76 }
  77 //--------------------------------------------------------------------
  78
  79
  80 //--------------------------------------------------------------------
  81 template <class ImageType>
  82 void
  83 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  84 SetInput(const ImageType * image) {
  85   // Process object is not const-correct so the const casting is required.
  86   this->SetNthInput(0, const_cast<ImageType *>( image ));
  87 }
  88 //--------------------------------------------------------------------
  89
  90
  91 //--------------------------------------------------------------------
  92 template <class ImageType>
  93 void
  94 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  95 GenerateOutputInformation() {
  96   // Get input pointers
  97   ImageConstPointer input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  98
  99   // Get output pointer
 100   ImagePointer output = this->GetOutput(0);
 101
 102   // Get input info
 103   typename ImageType::SizeType likeSize;
 104   typename ImageType::IndexType likeStart;
 105   typename ImageType::PointType likeOrigin;
 106   typename ImageType::SpacingType likeSpacing;
 107   if (m_LikeImage) {
 108     likeSize = m_LikeImage->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 109     likeStart = m_LikeImage->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 110     likeOrigin = m_LikeImage->GetOrigin();
 111     likeSpacing = m_LikeImage->GetSpacing();
 112   }
 113   else {
 114     if (m_LikeFilenameIsGiven) {
 115       itk::ImageIOBase::Pointer header = readImageHeader(m_LikeFilename);
 116       for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 117         likeSize[i] = header->GetIORegion().GetSize()[i]; //GetDimensions(i);
 118         likeStart[i] = header->GetIORegion().GetIndex()[i];
 119         likeOrigin[i] = header->GetOrigin(i);
 120         likeSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
 121       }
 122     }
 123     else {
 124       clitkExceptionMacro("You should provide SetCropLikeFilename or SetCropLike to CropLikeImageFilter");
 125     }
 126   }
 127
 128   // Compute region
 129   typename ImageType::SizeType size;
 130   typename ImageType::IndexType start;
 131   for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 132     double ol;
 133     if (m_CropAlongThisDimension[i]) {
 134       size[i] = likeSize[i];
 135       ol = likeOrigin[i];
 136     }
 137     else {
 138       size[i] = input->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[i];
 139       ol = input->GetOrigin()[i];
 140     }
 141     double oi = input->GetOrigin()[i];
 142     start[i] = lrint((ol-oi)/input->GetSpacing()[i]);
 143     m_Origin[i] = likeOrigin[i];
 144     if (likeSpacing[i] != input->GetSpacing()[i]) {
 145       clitkExceptionMacro("Images must have the same spacing, but input's spacing(" << i
 146                           <<") is " << input->GetSpacing()[i] << " while like's spacing(" << i
 147                           << ") is " << likeSpacing[i] << ".");
 148     }
 149   }
 150
 151   m_Region.SetSize(size);
 152   m_Region.SetIndex(start);
 153   output->SetRegions(m_Region);
 154   output->SetSpacing(input->GetSpacing());
 155 }
 156 //--------------------------------------------------------------------
 157
 158 //--------------------------------------------------------------------
 159 template <class ImageType>
 160 void
 161 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
 162 GenerateData() {
 163   // Get input pointers
 164   ImageConstPointer input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 165
 166   typedef itk::RegionOfInterestImageFilter<ImageType, ImageType> CropFilterType;
 167   typename CropFilterType::Pointer cropFilter = CropFilterType::New();
 168   cropFilter->SetInput(input);
 169   cropFilter->SetReleaseDataFlag(this->GetReleaseDataFlag());
 170   cropFilter->SetRegionOfInterest(m_Region);
 171   cropFilter->Update();
 172
 173   // Get (graft) output (SetNthOutput does not fit here because of Origin).
 174   this->GraftOutput(cropFilter->GetOutput());
 175 }
 176 //--------------------------------------------------------------------
 177
 178
 179 #endif //#define CLITKAUTOCROPFILTER