itk/clitkCropLikeImageFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKCROPLIKEIMAGEFILTER_TXX
  20 #define CLITKCROPLIKEIMAGEFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkCommon.h"
  24 #include "clitkPasteImageFilter.h"
  25
  26 // itk
  27 //#include "itkPasteImageFilter.h"
  28
  29 //--------------------------------------------------------------------
  30 template <class ImageType>
  31 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  32 CropLikeImageFilter():itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>() {
  33   this->SetNumberOfRequiredInputs(1);
  34   m_LikeImage = NULL;
  35   m_LikeFilenameIsGiven = false;
  36   this->SetBackgroundValue(0);
  37   m_CropAlongThisDimension.resize(ImageType::ImageDimension);
  38   for(uint i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
  39     m_CropAlongThisDimension[i] = true;
  40 }
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42
  43
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45 template <class ImageType>
  46 void
  47 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  48 SetCropLikeFilename(std::string f)
  49 {
  50   m_LikeFilename = f;
  51   m_LikeFilenameIsGiven = true;
  52 }
  53 //--------------------------------------------------------------------
  54
  55
  56 //--------------------------------------------------------------------
  57 template <class ImageType>
  58 void
  59 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  60 SetCropLikeImage(const itk::ImageBase<ImageType::ImageDimension> * like)
  61 {
  62   m_LikeImage = like;
  63 }
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65
  66
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68 template <class ImageType>
  69 void
  70 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  71 SetCropLikeImage(const itk::ImageBase<ImageType::ImageDimension> * like, int axe)
  72 {
  73   m_LikeImage = like;
  74   for(uint i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
  75     m_CropAlongThisDimension[i] = false;
  76   m_CropAlongThisDimension[axe] = true;
  77 }
  78 //--------------------------------------------------------------------
  79
  80
  81 //--------------------------------------------------------------------
  82 template <class ImageType>
  83 void
  84 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  85 GenerateInputRequestedRegion() {
  86   // Needed because output region can be larger than input
  87   ImagePointer input = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  88   input->SetRequestedRegion(input->GetLargestPossibleRegion());
  89 }
  90 //--------------------------------------------------------------------
  91
  92
  93 //--------------------------------------------------------------------
  94 template <class ImageType>
  95 void
  96 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  97 GenerateOutputInformation() {
  98   // Get input pointers
  99   ImageConstPointer input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 100
 101   // Get output pointer
 102   ImagePointer output = this->GetOutput(0);
 103
 104   // Get input info
 105   typename ImageType::SizeType likeSize;
 106   typename ImageType::IndexType likeStart;
 107   typename ImageType::PointType likeOrigin;
 108   typename ImageType::SpacingType likeSpacing;
 109   if (m_LikeImage) {
 110     likeSize = m_LikeImage->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 111     likeStart = m_LikeImage->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 112     likeOrigin = m_LikeImage->GetOrigin();
 113     likeSpacing = m_LikeImage->GetSpacing();
 114     output->CopyInformation(m_LikeImage);
 115   }
 116   else {
 117     // Only load the header (allows to use 'like' with any image type)
 118     if (m_LikeFilenameIsGiven) {
 119       itk::ImageIOBase::Pointer header = readImageHeader(m_LikeFilename);
 120       for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 121         likeSize[i] = header->GetDimensions(i);
 122         likeStart[i] = 0;//header->GetIORegion().GetIndex()[i];
 123         likeOrigin[i] = header->GetOrigin(i);
 124         likeSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
 125       }
 126     }
 127     else {
 128       clitkExceptionMacro("You should provide SetCropLikeFilename or SetCropLike to CropLikeImageFilter");
 129     }
 130   }
 131
 132   // Check spacing
 133   for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 134     if (likeSpacing[i] != input->GetSpacing()[i]) {
 135       clitkExceptionMacro("Images must have the same spacing, but input's spacing(" << i
 136                           <<") is " << input->GetSpacing()[i] << " while the spacing(" << i
 137                           << ") of 'like' is " << likeSpacing[i] << ".");
 138     }
 139   }
 140
 141   // Check that we must crop along each dimension. If not, we use the
 142   // size of the input image
 143   for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 144     if (m_CropAlongThisDimension[i] == false) {
 145       likeStart[i] = input->GetLargestPossibleRegion().GetIndex()[i];
 146       likeSize[i] = input->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[i];
 147     }
 148   }
 149
 150   // Define output region
 151   m_OutputRegion.SetIndex(likeStart);
 152   m_OutputRegion.SetSize(likeSize);
 153   output->SetRegions(m_OutputRegion);
 154   output->SetRequestedRegion(m_OutputRegion);
 155   output->SetBufferedRegion(m_OutputRegion);
 156   output->SetSpacing(likeSpacing);
 157   output->SetOrigin(likeOrigin);
 158   output->Allocate(); // Needed ?
 159
 160   // get startpoint source/dest
 161   // for each dim
 162   // if source < dest -> start from dest, compute in source
 163   // if source > dest -> start from source, compute in dest
 164   m_StartDestIndex = output->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 165   m_StartSourceIndex = input->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 166   PointType m_StartPointInSource;
 167   PointType m_StartPointInDest;
 168   m_StartSourceIndex = input->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 169   input->TransformIndexToPhysicalPoint(m_StartSourceIndex, m_StartPointInSource);
 170   m_StartDestIndex = output->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 171   output->TransformIndexToPhysicalPoint(m_StartDestIndex, m_StartPointInDest);
 172   IndexType startDestInSource;
 173   IndexType startSourceInDest;
 174   input->TransformPhysicalPointToIndex(m_StartPointInDest, startDestInSource);
 175   output->TransformPhysicalPointToIndex(m_StartPointInSource, startSourceInDest);
 176   for(int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 177     if (m_StartPointInSource[i] < m_StartPointInDest[i]) {
 178       m_StartSourceIndex[i] = startDestInSource[i];
 179     }
 180     else {
 181       m_StartDestIndex[i] = startSourceInDest[i];
 182     }
 183   }
 184   m_Region.SetIndex(m_StartSourceIndex);
 185
 186   // Stop index
 187   m_StopSourceIndex = input->GetLargestPossibleRegion().GetIndex()+
 188     input->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 189   m_StopDestIndex = output->GetLargestPossibleRegion().GetIndex()+
 190     output->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 191   PointType m_StopPointInSource;
 192   PointType m_StopPointInDest;
 193   input->TransformIndexToPhysicalPoint(m_StopSourceIndex, m_StopPointInSource);
 194   output->TransformIndexToPhysicalPoint(m_StopDestIndex, m_StopPointInDest);
 195   IndexType stopDestInSource;
 196   IndexType stopSourceInDest;
 197   input->TransformPhysicalPointToIndex(m_StopPointInDest, stopDestInSource);
 198   output->TransformPhysicalPointToIndex(m_StopPointInSource, stopSourceInDest);
 199
 200   for(int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 201     if (m_StopPointInSource[i] > m_StopPointInDest[i]) {
 202       m_StopSourceIndex[i] = stopDestInSource[i];
 203     }
 204     else {
 205       m_StopDestIndex[i] = stopSourceInDest[i];
 206     }
 207   }
 208
 209   // Set size to the region we want to paste
 210   SizeType s;
 211   for(int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
 212     s[i] = m_StopSourceIndex[i]-m_StartSourceIndex[i];
 213   m_Region.SetSize(s);
 214
 215 }
 216 //--------------------------------------------------------------------
 217
 218 //--------------------------------------------------------------------
 219 template <class ImageType>
 220 void
 221 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
 222 GenerateData() {
 223   // Get input pointers
 224   ImageConstPointer input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 225
 226   // Get output pointer, fill with Background
 227   ImagePointer output = this->GetOutput(0);
 228
 229   output->FillBuffer(GetBackgroundValue());
 230
 231   // Paste image inside
 232   typedef clitk::PasteImageFilter<ImageType,ImageType> PasteFilterType;
 233   typename PasteFilterType::Pointer pasteFilter = PasteFilterType::New();
 234   //pasteFilter->ReleaseDataFlagOn(); // change nothing ?
 235   //  pasteFilter->InPlaceOn(); // makt it seg fault
 236   pasteFilter->SetSourceImage(input);
 237   pasteFilter->SetDestinationImage(output);
 238   pasteFilter->SetDestinationIndex(m_StartDestIndex);
 239   pasteFilter->SetSourceRegion(m_Region);
 240   pasteFilter->Update();
 241
 242   // Get (graft) output (SetNthOutput does not fit here because of Origin).
 243   this->GraftOutput(pasteFilter->GetOutput());
 244 }
 245 //--------------------------------------------------------------------
 246
 247
 248 #endif //#define CLITKAUTOCROPFILTER