itk/clitkCropLikeImageFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKCROPLIKEIMAGEFILTER_TXX
  20 #define CLITKCROPLIKEIMAGEFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkCommon.h"
  24
  25 // itk
  26 #include "itkPasteImageFilter.h"
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 template <class ImageType>
  30 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  31 CropLikeImageFilter():itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>() {
  32   this->SetNumberOfRequiredInputs(1);
  33   m_LikeImage = NULL;
  34   m_LikeFilenameIsGiven = false;
  35   this->SetBackgroundValue(0);
  36   m_CropAlongThisDimension.resize(ImageType::ImageDimension);
  37   for(uint i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
  38     m_CropAlongThisDimension[i] = true;
  39 }
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41
  42
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44 template <class ImageType>
  45 void
  46 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  47 SetCropLikeFilename(std::string f)
  48 {
  49   m_LikeFilename = f;
  50   m_LikeFilenameIsGiven = true;
  51 }
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53
  54
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56 template <class ImageType>
  57 void
  58 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  59 SetCropLikeImage(const itk::ImageBase<ImageType::ImageDimension> * like)
  60 {
  61   m_LikeImage = like;
  62 }
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64
  65
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67 template <class ImageType>
  68 void
  69 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  70 SetCropLikeImage(const itk::ImageBase<ImageType::ImageDimension> * like, int axe)
  71 {
  72   m_LikeImage = like;
  73   for(uint i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
  74     m_CropAlongThisDimension[i] = false;
  75   m_CropAlongThisDimension[axe] = true;
  76 }
  77 //--------------------------------------------------------------------
  78
  79
  80 //--------------------------------------------------------------------
  81 template <class ImageType>
  82 void
  83 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  84 GenerateInputRequestedRegion() {
  85   // Needed because output region can be larger than input
  86   ImagePointer input = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  87   input->SetRequestedRegion(input->GetLargestPossibleRegion());
  88 }
  89 //--------------------------------------------------------------------
  90
  91
  92 //--------------------------------------------------------------------
  93 template <class ImageType>
  94 void
  95 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  96 GenerateOutputInformation() {
  97   // Get input pointers
  98   ImageConstPointer input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  99
 100   // Get output pointer
 101   ImagePointer output = this->GetOutput(0);
 102
 103   // Get input info
 104   typename ImageType::SizeType likeSize;
 105   typename ImageType::IndexType likeStart;
 106   typename ImageType::PointType likeOrigin;
 107   typename ImageType::SpacingType likeSpacing;
 108   if (m_LikeImage) {
 109     likeSize = m_LikeImage->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 110     likeStart = m_LikeImage->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 111     likeOrigin = m_LikeImage->GetOrigin();
 112     likeSpacing = m_LikeImage->GetSpacing();
 113     output->CopyInformation(m_LikeImage);
 114   }
 115   else {
 116     // Only load the header (allows to use 'like' with any image type)
 117     if (m_LikeFilenameIsGiven) {
 118       itk::ImageIOBase::Pointer header = readImageHeader(m_LikeFilename);
 119       for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 120         likeSize[i] = header->GetDimensions(i);
 121         likeStart[i] = 0;//header->GetIORegion().GetIndex()[i];
 122         likeOrigin[i] = header->GetOrigin(i);
 123         likeSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
 124       }
 125     }
 126     else {
 127       clitkExceptionMacro("You should provide SetCropLikeFilename or SetCropLike to CropLikeImageFilter");
 128     }
 129   }
 130
 131   // Check spacing
 132   for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 133     if (likeSpacing[i] != input->GetSpacing()[i]) {
 134       clitkExceptionMacro("Images must have the same spacing, but input's spacing(" << i
 135                           <<") is " << input->GetSpacing()[i] << " while the spacing(" << i
 136                           << ") of 'like' is " << likeSpacing[i] << ".");
 137     }
 138   }
 139
 140   // Check that we must crop along each dimension. If not, we use the
 141   // size of the input image
 142   for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 143     if (m_CropAlongThisDimension[i] == false) {
 144       likeStart[i] = input->GetLargestPossibleRegion().GetIndex()[i];
 145       likeSize[i] = input->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[i];
 146     }
 147   }
 148
 149   // Define output region
 150   m_OutputRegion.SetIndex(likeStart);
 151   m_OutputRegion.SetSize(likeSize);
 152   output->SetRegions(m_OutputRegion);
 153   output->SetRequestedRegion(m_OutputRegion);
 154   output->SetBufferedRegion(m_OutputRegion);
 155   output->SetSpacing(likeSpacing);
 156   output->SetOrigin(likeOrigin);
 157   output->Allocate(); // Needed ?
 158
 159   // get startpoint source/dest
 160   // for each dim
 161   // if source < dest -> start from dest, compute in source
 162   // if source > dest -> start from source, compute in dest
 163   m_StartDestIndex = output->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 164   m_StartSourceIndex = input->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 165   PointType m_StartPointInSource;
 166   PointType m_StartPointInDest;
 167   m_StartSourceIndex = input->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 168   input->TransformIndexToPhysicalPoint(m_StartSourceIndex, m_StartPointInSource);
 169   m_StartDestIndex = output->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 170   output->TransformIndexToPhysicalPoint(m_StartDestIndex, m_StartPointInDest);
 171   IndexType startDestInSource;
 172   IndexType startSourceInDest;
 173   input->TransformPhysicalPointToIndex(m_StartPointInDest, startDestInSource);
 174   output->TransformPhysicalPointToIndex(m_StartPointInSource, startSourceInDest);
 175   for(int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 176     if (m_StartPointInSource[i] < m_StartPointInDest[i]) {
 177       m_StartSourceIndex[i] = startDestInSource[i];
 178     }
 179     else {
 180       m_StartDestIndex[i] = startSourceInDest[i];
 181     }
 182   }
 183   m_Region.SetIndex(m_StartSourceIndex);
 184
 185   // Stop index
 186   m_StopSourceIndex = input->GetLargestPossibleRegion().GetIndex()+
 187     input->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 188   m_StopDestIndex = output->GetLargestPossibleRegion().GetIndex()+
 189     output->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 190   PointType m_StopPointInSource;
 191   PointType m_StopPointInDest;
 192   input->TransformIndexToPhysicalPoint(m_StopSourceIndex, m_StopPointInSource);
 193   output->TransformIndexToPhysicalPoint(m_StopDestIndex, m_StopPointInDest);
 194   IndexType stopDestInSource;
 195   IndexType stopSourceInDest;
 196   input->TransformPhysicalPointToIndex(m_StopPointInDest, stopDestInSource);
 197   output->TransformPhysicalPointToIndex(m_StopPointInSource, stopSourceInDest);
 198
 199   for(int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 200     if (m_StopPointInSource[i] > m_StopPointInDest[i]) {
 201       m_StopSourceIndex[i] = stopDestInSource[i];
 202     }
 203     else {
 204       m_StopDestIndex[i] = stopSourceInDest[i];
 205     }
 206   }
 207
 208   // Set size to the region we want to paste
 209   SizeType s;
 210   for(int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
 211     s[i] = m_StopSourceIndex[i]-m_StartSourceIndex[i];
 212   m_Region.SetSize(s);
 213
 214 }
 215 //--------------------------------------------------------------------
 216
 217 //--------------------------------------------------------------------
 218 template <class ImageType>
 219 void
 220 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
 221 GenerateData() {
 222   // Get input pointers
 223   ImageConstPointer input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 224
 225   // Get output pointer, fill with Background
 226   ImagePointer output = this->GetOutput(0);
 227
 228   output->FillBuffer(GetBackgroundValue());
 229
 230   // Paste image inside
 231   typedef itk::PasteImageFilter<ImageType,ImageType> PasteFilterType;
 232   typename PasteFilterType::Pointer pasteFilter = PasteFilterType::New();
 233   //pasteFilter->ReleaseDataFlagOn(); // change nothing ?
 234   //  pasteFilter->InPlaceOn(); // makt it seg fault
 235   pasteFilter->SetSourceImage(input);
 236   pasteFilter->SetDestinationImage(output);
 237   pasteFilter->SetDestinationIndex(m_StartDestIndex);
 238   pasteFilter->SetSourceRegion(m_Region);
 239   pasteFilter->Update();
 240
 241   // Get (graft) output (SetNthOutput does not fit here because of Origin).
 242   this->GraftOutput(pasteFilter->GetOutput());
 243 }
 244 //--------------------------------------------------------------------
 245
 246
 247 #endif //#define CLITKAUTOCROPFILTER