itk/clitkDecomposeAndReconstructImageFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================*/
  18 #ifndef clitkDecomposeAndReconstructImageFilter_h
  19 #define clitkDecomposeAndReconstructImageFilter_h
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkDecomposeAndReconstructImageFilter.h
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
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  30
  31 // clitk include
  32 #include "clitkIO.h"
  33 #include "clitkCommon.h"
  34 #include "clitkDecomposeThroughErosionImageFilter.h"
  35 #include "clitkReconstructThroughDilationImageFilter.h"
  36
  37 //itk include
  38 #include "itkImageToImageFilter.h"
  39 #include "itkRelabelComponentImageFilter.h"
  40
  41
  42 namespace clitk
  43 {
  44
  45   template <class InputImageType, class OutputImageType>
  46   class ITK_EXPORT DecomposeAndReconstructImageFilter :
  47     public itk::ImageToImageFilter<InputImageType, OutputImageType>
  48   {
  49   public:
  50     //----------------------------------------
  51     // ITK
  52     //----------------------------------------
  53     typedef DecomposeAndReconstructImageFilter                                                 Self;
  54     typedef itk::ImageToImageFilter<InputImageType, OutputImageType>  Superclass;
  55     typedef itk::SmartPointer<Self>                                   Pointer;
  56     typedef itk::SmartPointer<const Self>                             ConstPointer;
  57
  58     // Method for creation through the object factory
  59     itkNewMacro(Self);
  60
  61     // Run-time type information (and related methods)
  62     itkTypeMacro( DecomposeAndReconstructImageFilter, ImageToImageFilter );
  63
  64     /** Dimension of the domain space. */
  65     itkStaticConstMacro(InputImageDimension, unsigned int, Superclass::InputImageDimension);
  66     itkStaticConstMacro(OutputImageDimension, unsigned int, Superclass::OutputImageDimension);
  67
  68     //----------------------------------------
  69     // Typedefs
  70     //----------------------------------------
  71     typedef typename OutputImageType::RegionType OutputImageRegionType;
  72     typedef int InternalPixelType;
  73     typedef typename InputImageType::PixelType InputPixelType;
  74     typedef typename OutputImageType::PixelType OutputPixelType;
  75     typedef typename InputImageType::SizeType SizeType;
  76
  77
  78     //----------------------------------------
  79     // Set & Get
  80     //----------------------------------------
  81     itkBooleanMacro(Verbose);
  82     itkSetMacro( Verbose, bool);
  83     itkGetConstReferenceMacro( Verbose, bool);
  84     itkBooleanMacro(FullyConnected);
  85     itkSetMacro( FullyConnected, bool);
  86     itkGetConstReferenceMacro( FullyConnected, bool);
  87     void SetRadius ( const SizeType& s){ m_Radius=s; this->Modified();}
  88     SizeType GetRadius(void){return m_Radius;}
  89     itkSetMacro( MaximumNumberOfLabels, unsigned int);
  90     itkGetConstMacro( MaximumNumberOfLabels, unsigned int);
  91     itkSetMacro( BackgroundValue, InternalPixelType);
  92     itkGetConstMacro( BackgroundValue, InternalPixelType);
  93     itkSetMacro( ForegroundValue, InternalPixelType);
  94     itkGetConstMacro( ForegroundValue, InternalPixelType);
  95     itkSetMacro( NumberOfNewLabels, unsigned int);
  96     itkGetConstMacro( NumberOfNewLabels, unsigned int);
  97     itkSetMacro( MinimumObjectSize, unsigned int);
  98     itkGetConstMacro( MinimumObjectSize, unsigned int);
  99     itkSetMacro( MinimumNumberOfIterations, unsigned int);
 100     itkGetConstMacro( MinimumNumberOfIterations, unsigned int);
 101     //     // Convenience macro's: Built-in
 102     //     itkBooleanMacro (flag); //FlagOn FlagOff
 103     //     itkGetMacro(name, type);
 104     //     itkSetMacro(name, type);
 105     //     itkSetConstMacro( name, type);
 106     //     itkGetConstMacro( name, type);
 107     //     itkSetConstReferenceMacro(name, type);
 108     //     itkGetConstReferenceMacro(name, type);
 109     //     // Convenience macro's: Smartpointers
 110     //     itkSetObjectMacro(name, type);
 111     //     itkGetObjectMacro(name, type);
 112     //     itkSetConstObjectMacro(name, type);
 113     //     itkGetConstObjectMacro(name, type);
 114     //     itkSetConstReferenceObjectMacro(name, type);
 115     //     itkSetConstReference(name, type);
 116
 117
 118   protected:
 119
 120     //----------------------------------------
 121     // Constructor & Destructor
 122     //----------------------------------------
 123     DecomposeAndReconstructImageFilter();
 124     ~DecomposeAndReconstructImageFilter() {};
 125
 126     //----------------------------------------
 127     // Update
 128     //----------------------------------------
 129     // Generate Data
 130     void GenerateData(void);
 131
 132     //     // Threaded Generate Data
 133     //     void BeforeThreadedGenerateData(void );
 134     //     void ThreadedGenerateData(const OutputImageRegionType & outputRegionForThread, int threadId );
 135     //     void AfterThreadedGenerateData(void );
 136     //     // Override defaults
 137     //     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 138     //     virtual void GenerateOutputInformation (void);
 139     //     virtual void EnlargeOutputRequestedRegion(DataObject *data);
 140     void AllocateOutputs(){;}
 141     //----------------------------------------
 142     // Data members
 143     //----------------------------------------
 144     bool m_Verbose;
 145     SizeType m_Radius;
 146     unsigned int m_NumberOfNewLabels;
 147     bool m_FullyConnected;
 148     InputPixelType m_BackgroundValue;
 149     InputPixelType m_ForegroundValue;
 150     unsigned int  m_MaximumNumberOfLabels;
 151     unsigned int m_MinimumObjectSize;
 152     unsigned int m_MinimumNumberOfIterations;
 153   };
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 156 } // end namespace clitk
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 158 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 159 #include "clitkDecomposeAndReconstructImageFilter.txx"
 160 #endif
 161
 162 #endif // #define clitkDecomposeAndReconstructImageFilter_h
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