itk/clitkExtractSliceFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTSLICEFILTER_H
  20 #define CLITKEXTRACTSLICEFILTER_H
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkFilterBase.h"
  24
  25 // itk
  26 #include "itkPasteImageFilter.h"
  27
  28 // itk ENST
  29 #include "RelativePositionPropImageFilter.h"
  30
  31 namespace clitk {
  32
  33   //--------------------------------------------------------------------
  34   /*
  35     Let A be an initial label image.
  36     Let B be a label image with an object.
  37     Let o be an orientation relatively to the B object (for example RightTo, AntTo, InferiorTo ...)
  38
  39     This filter removes (=set background) from A all points that are
  40     not in the wanted o orientation. It uses downsampled version for
  41     faster processing, and (try to) take into account discretization
  42     problem. Uses [Bloch 1999].
  43   */
  44   //--------------------------------------------------------------------
  45
  46   template <class ImageType>
  47   class ITK_EXPORT ExtractSliceFilter:
  48     public clitk::FilterBase,
  49     public itk::ImageToImageFilter<ImageType,
  50                                    typename itk::Image<typename ImageType::PixelType, ImageType::ImageDimension-1> >
  51   {
  52
  53   public:
  54     /** Some convenient typedefs. */
  55     typedef typename ImageType::ConstPointer ImageConstPointer;
  56     typedef typename ImageType::Pointer      ImagePointer;
  57     typedef typename ImageType::RegionType   RegionType;
  58     typedef typename ImageType::PixelType    PixelType;
  59     typedef typename ImageType::SpacingType  SpacingType;
  60     typedef typename ImageType::SizeType     SizeType;
  61     typedef typename ImageType::IndexType    IndexType;
  62
  63     /** ImageDimension constants */
  64     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, ImageType::ImageDimension);
  65
  66     /** Slice image type **/
  67     typedef itk::Image<PixelType, ImageDimension-1> SliceType;
  68     typedef typename SliceType::Pointer             SliceTypePointer;
  69
  70     /** Standard class typedefs. */
  71     typedef itk::ImageToImageFilter<ImageType, SliceType>   Superclass;
  72     typedef ExtractSliceFilter                              Self;
  73     typedef itk::SmartPointer<Self>                         Pointer;
  74     typedef itk::SmartPointer<const Self>                   ConstPointer;
  75
  76     /** Method for creation through the object factory. */
  77     itkNewMacro(Self);
  78
  79     /** Run-time type information (and related methods). */
  80     itkTypeMacro(ExtractSliceFilter, ImageToImageFilter);
  81     FILTERBASE_INIT;
  82
  83     /** Input : initial image and object */
  84     void SetInput(const ImageType * image);
  85
  86     // Options
  87     itkGetConstMacro(Direction, int);
  88     itkSetMacro(Direction, int);
  89
  90     // Get results
  91     void GetOutputSlices(std::vector<typename SliceType::Pointer> & o);
  92
  93   protected:
  94     ExtractSliceFilter();
  95     virtual ~ExtractSliceFilter() {}
  96
  97     int m_Direction;
  98
  99     virtual void GenerateOutputInformation();
 100     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 101     virtual void GenerateData();
 102
 103     int m_NumberOfSlices;
 104     ImagePointer input;
 105     ImagePointer object;
 106     SliceType *  output;
 107
 108     RegionType m_region;
 109     SizeType   m_size;
 110     IndexType  m_index;
 111
 112   private:
 113     ExtractSliceFilter(const Self&); //purposely not implemented
 114     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 115
 116   }; // end class
 117   //--------------------------------------------------------------------
 118
 119 } // end namespace clitk
 120 //--------------------------------------------------------------------
 121
 122 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 123 #include "clitkExtractSliceFilter.txx"
 124 #endif
 125
 126 #endif