itk/clitkExtractSliceFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 // clitk
  20 #include "clitkCommon.h"
  21
  22 // itk
  23 #include <itkExtractImageFilter.h>
  24
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26 template <class ImageType>
  27 clitk::ExtractSliceFilter<ImageType>::
  28 ExtractSliceFilter():
  29   clitk::FilterBase(),
  30   Superclass()
  31 {
  32   this->SetNumberOfRequiredInputs(1);
  33   SetDirection(2);
  34 }
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38 //--------------------------------------------------------------------
  39 template <class ImageType>
  40 void
  41 clitk::ExtractSliceFilter<ImageType>::
  42 SetInput(const ImageType * image)
  43 {
  44   // Process object is not const-correct so the const casting is required.
  45   this->SetNthInput(0, const_cast<ImageType *>(image));
  46 }
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48
  49
  50 //--------------------------------------------------------------------
  51 template <class ImageType>
  52 void
  53 clitk::ExtractSliceFilter<ImageType>::
  54 GetOutputSlices(std::vector<typename SliceType::Pointer> & o)
  55 {
  56   DD("GetOutputSlices");
  57   o.clear();
  58   for(unsigned int i=0; i<this->GetNumberOfOutputs(); i++) {
  59     o.push_back(this->GetOutput(i));
  60     // writeImage<SliceType>(this->GetOutput(i), "extractB"+clitk::toString(i)+".mhd");
  61   }
  62 }
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64
  65
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67 template <class ImageType>
  68 void
  69 clitk::ExtractSliceFilter<ImageType>::
  70 GenerateOutputInformation()
  71 {
  72   DD("GenerateOutputInformation");
  73   ImagePointer input = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  74
  75   // Create region to extract
  76   m_region = input->GetLargestPossibleRegion();
  77   m_size   = m_region.GetSize();
  78   m_index  = m_region.GetIndex();
  79   m_NumberOfSlices = m_region.GetSize()[GetDirection()];
  80   DD(m_NumberOfSlices);
  81 }
  82 //--------------------------------------------------------------------
  83
  84
  85 //--------------------------------------------------------------------
  86 template <class ImageType>
  87 void
  88 clitk::ExtractSliceFilter<ImageType>::
  89 GenerateInputRequestedRegion() {
  90   DD("GenerateInputRequestedRegion");
  91   // Call default
  92   Superclass::GenerateInputRequestedRegion();
  93   // Get input pointers and set requested region to common region
  94   ImagePointer input = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  95   input->SetRequestedRegion(input->GetLargestPossibleRegion());
  96 }
  97 //--------------------------------------------------------------------
  98
  99 //--------------------------------------------------------------------
 100 template <class ImageType>
 101 void
 102 clitk::ExtractSliceFilter<ImageType>::
 103 GenerateData() {
 104   DD("GenerateData");
 105
 106   //--------------------------------------------------------------------
 107   // Get input pointer
 108   input = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 109
 110   //--------------------------------------------------------------------
 111   // Create region to extract in 3D (and 2D = not used)
 112   m_size[GetDirection()] = 0;
 113   m_region.SetSize(m_size);
 114   int start = m_index[GetDirection()];
 115   DD(start);
 116   this->SetNumberOfOutputs(m_NumberOfSlices);
 117   /*
 118     typename SliceType::RegionType regionSlice;
 119     typename SliceType::SizeType   sizeSlice;
 120     typename SliceType::IndexType  indexSlice;
 121     int j=0;
 122     for(int i=0; i<ImageDimension; i++) {
 123     if (i != GetDirection()) {
 124     sizeSlice[j] = m_size[i];
 125     indexSlice[j] = m_index[j];
 126     j++;
 127     }
 128     }
 129     regionSlice.SetSize(sizeSlice);
 130     regionSlice.SetIndex(indexSlice);
 131     DD(regionSlice);
 132   */
 133
 134   //--------------------------------------------------------------------
 135   // loop ExtractImageFilter with region updated, push_back
 136   typedef itk::ExtractImageFilter<ImageType, SliceType> ExtractImageFilterType;
 137   typename ExtractImageFilterType::Pointer extract = ExtractImageFilterType::New();
 138   extract->SetInput(input);
 139   for(int i=0; i<m_NumberOfSlices; i++) {
 140     extract = ExtractImageFilterType::New();
 141     extract->SetInput(input);
 142     // DD(i);
 143     m_index[GetDirection()] = start + i;
 144     m_region.SetIndex(m_index);
 145     // DD(m_region);
 146     extract->SetExtractionRegion(m_region);
 147     extract->Update();
 148     // DD("set output");
 149     SetNthOutput(i, extract->GetOutput());
 150     // writeImage<SliceType>(extract->GetOutput(), "extractA"+clitk::toString(i)+".mhd");
 151   }
 152
 153   return;
 154 }
 155 //--------------------------------------------------------------------
 156