itk/clitkExtractSliceFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 // clitk
  20 #include "clitkCommon.h"
  21
  22 // itk
  23 #include <itkExtractImageFilter.h>
  24
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26 template <class ImageType>
  27 clitk::ExtractSliceFilter<ImageType>::
  28 ExtractSliceFilter():
  29   clitk::FilterBase(),
  30   Superclass()
  31 {
  32   this->SetNumberOfRequiredInputs(1);
  33   SetDirection(2);
  34 }
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38 //--------------------------------------------------------------------
  39 template <class ImageType>
  40 void
  41 clitk::ExtractSliceFilter<ImageType>::
  42 SetInput(const ImageType * image)
  43 {
  44   // Process object is not const-correct so the const casting is required.
  45   this->SetNthInput(0, const_cast<ImageType *>(image));
  46 }
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48
  49
  50 //--------------------------------------------------------------------
  51 template <class ImageType>
  52 void
  53 clitk::ExtractSliceFilter<ImageType>::
  54 GetOutputSlices(std::vector<typename SliceType::Pointer> & o)
  55 {
  56   o.clear();
  57   for(unsigned int i=0; i<this->GetNumberOfOutputs(); i++) {
  58     o.push_back(this->GetOutput(i));
  59   }
  60 }
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62
  63
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65 template <class ImageType>
  66 void
  67 clitk::ExtractSliceFilter<ImageType>::
  68 GenerateOutputInformation()
  69 {
  70   ImagePointer input = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  71
  72   // Create region to extract
  73   m_region = input->GetLargestPossibleRegion();
  74   m_size   = m_region.GetSize();
  75   m_index  = m_region.GetIndex();
  76   m_NumberOfSlices = m_region.GetSize()[GetDirection()];
  77 }
  78 //--------------------------------------------------------------------
  79
  80
  81 //--------------------------------------------------------------------
  82 template <class ImageType>
  83 void
  84 clitk::ExtractSliceFilter<ImageType>::
  85 GenerateInputRequestedRegion() {
  86   // Call default
  87   Superclass::GenerateInputRequestedRegion();
  88   // Get input pointers and set requested region to common region
  89   ImagePointer input = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  90   input->SetRequestedRegion(input->GetLargestPossibleRegion());
  91 }
  92 //--------------------------------------------------------------------
  93
  94 //--------------------------------------------------------------------
  95 template <class ImageType>
  96 void
  97 clitk::ExtractSliceFilter<ImageType>::
  98 GenerateData() {
  99   //--------------------------------------------------------------------
 100   // Get input pointer
 101   input = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 102
 103   //--------------------------------------------------------------------
 104   // Create region to extract in 3D (and 2D = not used)
 105   m_size[GetDirection()] = 0;
 106   m_region.SetSize(m_size);
 107   int start = m_index[GetDirection()];
 108 #if ITK_VERSION_MAJOR >= 4
 109   this->SetNumberOfIndexedInputs(m_NumberOfSlices);
 110 #else
 111   this->SetNumberOfOutputs(m_NumberOfSlices);
 112 #endif
 113
 114   //--------------------------------------------------------------------
 115   // loop ExtractImageFilter with region updated, push_back
 116   typedef itk::ExtractImageFilter<ImageType, SliceType> ExtractImageFilterType;
 117   typename ExtractImageFilterType::Pointer extract = ExtractImageFilterType::New();
 118   extract->SetInput(input);
 119   for(int i=0; i<m_NumberOfSlices; i++) {
 120     extract = ExtractImageFilterType::New();
 121     extract->SetInput(input);
 122     m_index[GetDirection()] = start + i;
 123     m_region.SetIndex(m_index);
 124     extract->SetExtractionRegion(m_region);
 125 #if ITK_VERSION_MAJOR == 4
 126     extract->SetDirectionCollapseToSubmatrix();
 127 #endif
 128     extract->Update();
 129     this->SetNthOutput(i, extract->GetOutput());
 130   }
 131   return;
 132 }
 133 //--------------------------------------------------------------------
 134