]> Creatis software - clitk.git/blob - itk/clitkLocallyAdaptiveBinaryThresholdImageFunction.txx
Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk
[clitk.git] / itk / clitkLocallyAdaptiveBinaryThresholdImageFunction.txx
1 /*=========================================================================
2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
3
4   Authors belong to: 
5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
8
9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
12
13   It is distributed under dual licence
14
15   - BSD        See included LICENSE.txt file
16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
17 ===========================================================================**/
18 #ifndef __clitkLocallyAdaptiveBinaryThresholdImageFunction_txx
19 #define __clitkLocallyAdaptiveBinaryThresholdImageFunction_txx
20 #include "clitkLocallyAdaptiveBinaryThresholdImageFunction.h"
21 #include "itkNumericTraits.h"
22 #include "itkConstNeighborhoodIterator.h"
23
24 namespace clitk
25 {
26
27   /**
28    * Constructor
29    */
30   template <class TInputImage, class TCoordRep>
31   LocallyAdaptiveBinaryThresholdImageFunction<TInputImage,TCoordRep>
32   ::LocallyAdaptiveBinaryThresholdImageFunction()
33   {
34     m_Radius.Fill(1);
35     m_LowerBorderIsGiven=true;
36     m_UpperBorderIsGiven=true;
37     m_MaximumSDIsGiven=true;
38     m_Multiplier=1.0;
39     m_MaximumSD=100.0;
40   }
41
42
43   /**
44    *
45    */
46   template <class TInputImage, class TCoordRep>
47   void
48   LocallyAdaptiveBinaryThresholdImageFunction<TInputImage,TCoordRep>
49   ::PrintSelf(std::ostream& os, itk::Indent indent) const
50   {
51     this->Superclass::PrintSelf(os,indent);
52
53     os << indent << "Radius: " << m_Radius << std::endl;
54   }
55
56
57   /**
58    *
59    */
60   template <class TInputImage, class TCoordRep>
61   bool
62   LocallyAdaptiveBinaryThresholdImageFunction<TInputImage,TCoordRep>
63   ::EvaluateAtIndex(const IndexType& index) const
64   {
65   
66     if( !this->GetInputImage() )
67       {
68         return ( false );
69       }
70   
71     if ( !this->IsInsideBuffer( index ) )
72       {
73         return ( false );
74       }
75
76     // Create an N-d neighborhood kernel, using a zeroflux boundary condition
77     itk::ConstNeighborhoodIterator<InputImageType>
78       it(m_Radius, this->GetInputImage(), this->GetInputImage()->GetBufferedRegion());
79
80     // Set the iterator at the desired location
81     it.SetLocation(index);
82     PixelType centerValue = it.GetPixel(0);
83     PixelType currentvalue;
84     bool isInside=true;
85
86     // Walk the neighborhood for the mean and SD
87     const unsigned int size = it.Size();
88     typename   itk::NumericTraits<PixelType>::RealType mean=0;
89     typename   itk::NumericTraits<PixelType>::RealType sd=0;
90     for (unsigned int i = 1; i < size; ++i)
91       {
92         currentvalue=it.GetPixel(i);
93         mean+=currentvalue;
94         sd+=currentvalue*currentvalue;  
95       }
96     mean/=( typename itk::NumericTraits<PixelType>::RealType) size-1.;
97     sd= sqrt( (sd /(typename itk::NumericTraits<PixelType>::RealType)size-1.) - (mean*mean) );
98
99     // Verify fixed borders
100     if (this->GetLower() > centerValue || centerValue > this->GetUpper())
101       isInside = false;
102
103     // Verify lower adaptive borders  
104     if( (m_LowerBorderIsGiven)  &&  (centerValue <  (    mean - (typename  itk::NumericTraits<PixelType>::RealType) ( m_Multiplier*sd) )  )  ) 
105       isInside = false;
106   
107     // Verify upper adaptive border
108     if ( (m_UpperBorderIsGiven)  &&  (centerValue >  (    mean + (typename  itk::NumericTraits<PixelType>::RealType) ( m_Multiplier*sd) )  )  )  
109       isInside = false;
110     
111     // Verify SD
112     if ( (m_MaximumSDIsGiven)  &&  ( sd> m_MaximumSD) )
113       isInside=false;
114       
115 //     DD(centerValue);
116 //     DD(mean);
117 //     DD(sd);
118 //     DD(isInside);
119     
120     return ( isInside );
121   }
122
123
124 } // end namespace itk
125
126 #endif