itk/clitkLocallyAdaptiveThresholdConnectedImageFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef __clitkLocallyAdaptiveThresholdConnectedImageFilter_txx
  19 #define __clitkLocallyAdaptiveThresholdConnectedImageFilter_txx
  20 #include "clitkLocallyAdaptiveThresholdConnectedImageFilter.h"
  21 #include "clitkLocallyAdaptiveBinaryThresholdImageFunction.h"
  22 #include "itkFloodFilledImageFunctionConditionalIterator.h"
  23 #include "itkProgressReporter.h"
  24
  25 namespace clitk
  26 {
  27
  28 /**
  29  * Constructor
  30  */
  31 template <class TInputImage, class TOutputImage>
  32 LocallyAdaptiveThresholdConnectedImageFilter<TInputImage, TOutputImage>
  33 ::LocallyAdaptiveThresholdConnectedImageFilter()
  34 {
  35   m_Lower = itk::NumericTraits<InputImagePixelType>::NonpositiveMin();
  36   m_Upper = itk::NumericTraits<InputImagePixelType>::max();
  37   m_LowerBorderIsGiven=true;
  38   m_UpperBorderIsGiven=true;
  39   m_MaximumSDIsGiven=true;
  40   m_Multiplier=1.0;
  41   m_ReplaceValue = itk::NumericTraits<OutputImagePixelType>::One;
  42   m_Radius.Fill(1);
  43   m_MaximumSD=100.0;
  44 }
  45
  46 template <class TInputImage, class TOutputImage>
  47 void
  48 LocallyAdaptiveThresholdConnectedImageFilter<TInputImage, TOutputImage>
  49 ::ClearSeeds()
  50 {
  51   if( this->m_Seeds.size() > 0 )
  52     {
  53     this->m_Seeds.clear();
  54     this->Modified();
  55     }
  56 }
  57
  58 template <class TInputImage, class TOutputImage>
  59 void
  60 LocallyAdaptiveThresholdConnectedImageFilter<TInputImage, TOutputImage>
  61 ::SetSeed(const IndexType & seed)
  62 {
  63   this->ClearSeeds();
  64   this->AddSeed ( seed );
  65 }
  66
  67 template <class TInputImage, class TOutputImage>
  68 void
  69 LocallyAdaptiveThresholdConnectedImageFilter<TInputImage, TOutputImage>
  70 ::AddSeed ( const IndexType & seed )
  71 {
  72   this->m_Seeds.push_back ( seed );
  73   this->Modified();
  74 }
  75
  76 /**
  77  * Standard PrintSelf method.
  78  */
  79 template <class TInputImage, class TOutputImage>
  80 void
  81 LocallyAdaptiveThresholdConnectedImageFilter<TInputImage, TOutputImage>
  82 ::PrintSelf(std::ostream& os, itk::Indent indent) const
  83 {
  84   this->Superclass::PrintSelf(os, indent);
  85   os << indent << "Upper: "
  86      << static_cast<typename itk::NumericTraits<InputImagePixelType>::PrintType>(m_UpperBorderIsGiven)
  87      << std::endl;
  88   os << indent << "Lower: "
  89      << static_cast<typename itk::NumericTraits<InputImagePixelType>::PrintType>(m_LowerBorderIsGiven)
  90      << std::endl;
  91   os << indent << "ReplaceValue: "
  92      << static_cast<double>(m_Multiplier)
  93      << std::endl;
  94   os << indent << "ReplaceValue: "
  95      << static_cast<typename itk::NumericTraits<OutputImagePixelType>::PrintType>(m_ReplaceValue)
  96      << std::endl;
  97   os << indent << "Radius: " << m_Radius << std::endl;
  98 }
  99
 100 template <class TInputImage, class TOutputImage>
 101 void
 102 LocallyAdaptiveThresholdConnectedImageFilter<TInputImage,TOutputImage>
 103 ::GenerateInputRequestedRegion()
 104 {
 105   Superclass::GenerateInputRequestedRegion();
 106   if ( this->GetInput() )
 107     {
 108     InputImagePointer image =
 109       const_cast< InputImageType * >( this->GetInput() );
 110     image->SetRequestedRegionToLargestPossibleRegion();
 111     }
 112 }
 113
 114 template <class TInputImage, class TOutputImage>
 115 void
 116 LocallyAdaptiveThresholdConnectedImageFilter<TInputImage,TOutputImage>
 117 ::EnlargeOutputRequestedRegion(itk::DataObject *output)
 118 {
 119   Superclass::EnlargeOutputRequestedRegion(output);
 120   output->SetRequestedRegionToLargestPossibleRegion();
 121 }
 122
 123 template <class TInputImage, class TOutputImage>
 124 void
 125 LocallyAdaptiveThresholdConnectedImageFilter<TInputImage,TOutputImage>
 126 ::GenerateData()
 127 {
 128   typename Superclass::InputImageConstPointer inputImage  = this->GetInput();
 129   typename Superclass::OutputImagePointer     outputImage = this->GetOutput();
 130
 131   // Zero the output
 132   outputImage->SetBufferedRegion( outputImage->GetRequestedRegion() );
 133   outputImage->Allocate();
 134   outputImage->FillBuffer ( itk::NumericTraits<OutputImagePixelType>::Zero );
 135
 136   typedef LocallyAdaptiveBinaryThresholdImageFunction<InputImageType> FunctionType;
 137   typedef itk::FloodFilledImageFunctionConditionalIterator<OutputImageType, FunctionType> IteratorType;
 138
 139   typename FunctionType::Pointer function = FunctionType::New();
 140   function->SetInputImage ( inputImage );
 141   function->SetLowerBorderIsGiven ( m_LowerBorderIsGiven );
 142   function->SetUpperBorderIsGiven ( m_UpperBorderIsGiven );
 143   function->SetMaximumSDIsGiven ( m_MaximumSDIsGiven );
 144   function->ThresholdBetween ( m_Lower, m_Upper );
 145   function->SetMultiplier ( m_Multiplier );
 146   function->SetMaximumSD ( m_MaximumSD );
 147   function->SetRadius (m_Radius);
 148
 149   IteratorType it = IteratorType ( outputImage, function, m_Seeds );
 150     itk::ProgressReporter progress( this, 0, outputImage->GetRequestedRegion().GetNumberOfPixels());
 151
 152   while( !it.IsAtEnd())
 153     {
 154     it.Set(m_ReplaceValue);
 155     ++it;
 156     progress.CompletedPixel();
 157     }
 158 }
 159
 160
 161 } // end namespace clitk
 162
 163 #endif