itk/clitkReconstructThroughDilationImageFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
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   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================*/
  18 #ifndef clitkReconstructThroughDilationImageFilter_h
  19 #define clitkReconstructThroughDilationImageFilter_h
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkReconstructThroughDilationImageFilter.h
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 // clitk include
  32 #include "clitkIO.h"
  33 #include "clitkCommon.h"
  34 #include "clitkConditionalBinaryDilateImageFilter.h"
  35
  36 //itk include
  37 #include "itkImageToImageFilter.h"
  38 #include "itkBinaryBallStructuringElement.h"
  39 #include "itkConnectedComponentImageFilter.h"
  40 #include "itkStatisticsImageFilter.h"
  41 #include "itkCastImageFilter.h"
  42 #if ITK_VERSION_MAJOR >= 4
  43   #include "itkTestingComparisonImageFilter.h"
  44 #else
  45   #include "itkDifferenceImageFilter.h"
  46 #endif
  47 #include "itkThresholdImageFilter.h"
  48
  49 namespace clitk
  50 {
  51
  52   template <class InputImageType, class OutputImageType>
  53   class ITK_EXPORT ReconstructThroughDilationImageFilter :
  54     public itk::ImageToImageFilter<InputImageType, OutputImageType>
  55   {
  56   public:
  57     //----------------------------------------
  58     // ITK
  59     //----------------------------------------
  60     typedef ReconstructThroughDilationImageFilter                                                 Self;
  61     typedef itk::ImageToImageFilter<InputImageType, OutputImageType>  Superclass;
  62     typedef itk::SmartPointer<Self>                                   Pointer;
  63     typedef itk::SmartPointer<const Self>                             ConstPointer;
  64
  65     // Method for creation through the object factory
  66     itkNewMacro(Self);
  67
  68     // Run-time type information (and related methods)
  69     itkTypeMacro( ReconstructThroughDilationImageFilter, ImageToImageFilter );
  70
  71     /** Dimension of the domain space. */
  72     itkStaticConstMacro(InputImageDimension, unsigned int, Superclass::InputImageDimension);
  73     itkStaticConstMacro(OutputImageDimension, unsigned int, Superclass::OutputImageDimension);
  74
  75     //----------------------------------------
  76     // Typedefs
  77     //----------------------------------------
  78     typedef typename OutputImageType::RegionType OutputImageRegionType;
  79     typedef int InternalPixelType;
  80     typedef typename InputImageType::PixelType InputPixelType;
  81     typedef typename OutputImageType::PixelType OutputPixelType;
  82     typedef typename InputImageType::SizeType SizeType;
  83
  84     //----------------------------------------
  85     // Set & Get
  86     //----------------------------------------
  87     itkBooleanMacro(Verbose);
  88     itkSetMacro( Verbose, bool);
  89     itkGetConstReferenceMacro( Verbose, bool);
  90     void SetRadius ( const SizeType& s){ m_Radius=s; this->Modified();}
  91     void SetRadius(const int r) { for(uint i=0; i<InputImageDimension; i++) m_Radius[i] = r; SetRadius(m_Radius); }
  92     SizeType GetRadius(void){return m_Radius;}
  93     itkSetMacro( ErosionPaddingValue, OutputPixelType);
  94     itkGetConstMacro( ErosionPaddingValue, OutputPixelType)
  95     itkSetMacro( MaximumNumberOfLabels, unsigned int);
  96     itkGetConstMacro( MaximumNumberOfLabels, unsigned int);
  97     itkSetMacro( BackgroundValue, InternalPixelType);
  98     itkGetConstMacro( BackgroundValue, InternalPixelType);
  99     itkSetMacro( ForegroundValue, InternalPixelType);
 100     itkGetConstMacro( ForegroundValue, InternalPixelType);
 101
 102   protected:
 103
 104     //----------------------------------------
 105     // Constructor & Destructor
 106     //----------------------------------------
 107     ReconstructThroughDilationImageFilter();
 108     ~ReconstructThroughDilationImageFilter() {};
 109
 110     //----------------------------------------
 111     // Update
 112     //----------------------------------------
 113     // Generate Data
 114     void GenerateData(void);
 115
 116     //     // Threaded Generate Data
 117     //     void BeforeThreadedGenerateData(void );
 118     //     void ThreadedGenerateData(const OutputImageRegionType & outputRegionForThread, int threadId );
 119     //     void AfterThreadedGenerateData(void );
 120     //     // Override defaults
 121     //     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 122     //     virtual void GenerateOutputInformation (void);
 123     //     virtual void EnlargeOutputRequestedRegion(DataObject *data);
 124     //     void AllocateOutputs();
 125     //----------------------------------------
 126     // Data members
 127     //----------------------------------------
 128     bool m_Verbose;
 129     InternalPixelType m_BackgroundValue;
 130     InternalPixelType m_ForegroundValue;
 131     unsigned int m_MaximumNumberOfLabels;
 132     OutputPixelType m_ErosionPaddingValue;
 133     SizeType m_Radius;
 134
 135   };
 136
 137
 138 } // end namespace clitk
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 140 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 141 #include "clitkReconstructThroughDilationImageFilter.txx"
 142 #endif
 143
 144 #endif // #define clitkReconstructThroughDilationImageFilter_h
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