itk/clitkReconstructWithConditionalGrayscaleDilateImageFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================*/
  18
  19 #ifndef clitkReconstructWithConditionalGrayscaleDilateImageFilter_txx
  20 #define clitkReconstructWithConditionalGrayscaleDilateImageFilter_txx
  21
  22 #include <itkGrayscaleDilateImageFilter.h>
  23
  24 namespace clitk
  25 {
  26
  27   //-------------------------------------------------------------------
  28   template<class ImageType>
  29   ReconstructWithConditionalGrayscaleDilateImageFilter<ImageType>::ReconstructWithConditionalGrayscaleDilateImageFilter()
  30   {
  31    m_Verbose=false;
  32    m_BackgroundValue=0;
  33    m_IterationNumber = 5;
  34   }
  35   //-------------------------------------------------------------------
  36
  37   //-------------------------------------------------------------------
  38   template<class ImageType>
  39   void
  40   ReconstructWithConditionalGrayscaleDilateImageFilter<ImageType>::GenerateData()
  41   {
  42     // Get input image
  43     typename ImageType::ConstPointer input = this->GetInput();
  44
  45     // Main loop
  46     typename ImageType::Pointer output;
  47     for(int r=0; r<GetIterationNumber(); r++) {
  48
  49       // Create kernel for GrayscaleDilateImageFilter
  50       typedef itk::BinaryBallStructuringElement<PixelType,ImageDimension > KernelType;
  51       KernelType k;
  52       k.SetRadius(1);
  53       k.CreateStructuringElement();
  54
  55       // Check that BG is 0, because ConditionalGrayscaleDilateImageFilter consider BG is 0
  56       if (GetBackgroundValue() !=0) {
  57         FATAL("FATAL -> BG is not 0, check ReconstructWithConditionalGrayscaleDilateImageFilter");
  58         // TODO -> replace 0 with new label, replace BG with 0 ; reverse at the end
  59       }
  60
  61       // ConditionalGrayscaleDilateImageFilter -> Dilate only BG value
  62       typedef itk::ConditionalGrayscaleDilateImageFilter<ImageType, ImageType, KernelType> FilterType;
  63       typename FilterType::Pointer m = FilterType::New();
  64       m->SetKernel(k);
  65       if (r==0) {
  66         m->SetInput(input); // First time
  67       }
  68       else m->SetInput(output);
  69       m->Update();
  70       output = m->GetOutput();
  71     }
  72
  73     //---------------------------------
  74     this->SetNthOutput(0, output);
  75   }
  76
  77 }//end clitk
  78
  79 #endif //#define clitkReconstructWithConditionalGrayscaleDilateImageFilter_txx