itk/clitkRelativePositionAnalyzerFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKRELATIVEPOSITIONANALYZERFILTER_H
  20 #define CLITKRELATIVEPOSITIONANALYZERFILTER_H
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkFilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement.h"
  24 #include "clitkFilterBase.h"
  25 #include "clitkSliceBySliceRelativePositionFilter.h"
  26
  27 // itk
  28 #include <itkImageToImageFilter.h>
  29 #include <itkLabelStatisticsImageFilter.h>
  30
  31 namespace clitk {
  32
  33   //--------------------------------------------------------------------
  34   /*
  35     Analyze the relative position of a Target (mask image) according
  36     to some Object, in a given Support. Indicate the main important
  37     position of this Target according the Object.
  38   */
  39   //--------------------------------------------------------------------
  40
  41   template <class ImageType>
  42   class RelativePositionAnalyzerFilter:
  43     public virtual FilterBase,
  44     public clitk::FilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement,
  45     public itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>
  46   {
  47
  48   public:
  49     /** Standard class typedefs. */
  50     typedef itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>      Superclass;
  51     typedef RelativePositionAnalyzerFilter<ImageType>          Self;
  52     typedef itk::SmartPointer<Self>                            Pointer;
  53     typedef itk::SmartPointer<const Self>                      ConstPointer;
  54
  55     /** Method for creation through the object factory. */
  56     itkNewMacro(Self);
  57
  58     /** Run-time type information (and related methods). */
  59     itkTypeMacro(RelativePositionAnalyzerFilter, ImageToImageFilter);
  60
  61     /** Some convenient typedefs. */
  62     typedef typename ImageType::ConstPointer ImageConstPointer;
  63     typedef typename ImageType::Pointer      ImagePointer;
  64     typedef typename ImageType::RegionType   RegionType;
  65     typedef typename ImageType::PixelType    PixelType;
  66     typedef typename ImageType::SpacingType  SpacingType;
  67     typedef typename ImageType::SizeType     SizeType;
  68     typedef typename ImageType::IndexType    IndexType;
  69     typedef typename ImageType::PointType    PointType;
  70
  71     /** ImageDimension constants */
  72     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, ImageType::ImageDimension);
  73     FILTERBASE_INIT;
  74     typedef itk::Image<float, ImageDimension> FloatImageType;
  75
  76      /** Input : initial image and object */
  77     void SetInputSupport(const ImageType * image);
  78     void SetInputObject(const ImageType * image);
  79     void SetInputTarget(const ImageType * image);
  80
  81     // Options
  82     itkGetConstMacro(BackgroundValue, PixelType);
  83     itkSetMacro(BackgroundValue, PixelType);
  84
  85     itkGetConstMacro(ForegroundValue, PixelType);
  86     itkSetMacro(ForegroundValue, PixelType);
  87
  88     // For debug
  89     void PrintOptions();
  90
  91     // I dont want to verify inputs information
  92     virtual void VerifyInputInformation() { }
  93
  94    protected:
  95     RelativePositionAnalyzerFilter();
  96     virtual ~RelativePositionAnalyzerFilter() {}
  97
  98     PixelType m_BackgroundValue;
  99     PixelType m_ForegroundValue;
 100     ImagePointer m_Support;
 101     ImagePointer m_Object;
 102     ImagePointer m_Target;
 103
 104     virtual void GenerateOutputInformation();
 105     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 106     virtual void GenerateData();
 107
 108     typename FloatImageType::Pointer
 109     ComputeFuzzyMap(ImageType * object, ImageType * target, double angle);
 110
 111     void
 112     ComputeOptimalThresholds(FloatImageType * map, ImageType * target, int bins, double tolerance,
 113                              double & threshold, double & reverseThreshold);
 114   private:
 115     RelativePositionAnalyzerFilter(const Self&); //purposely not implemented
 116     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 117
 118   }; // end class
 119   //--------------------------------------------------------------------
 120
 121 } // end namespace clitk
 122 //--------------------------------------------------------------------
 123
 124 #include "clitkRelativePositionAnalyzerFilter.txx"
 125
 126 #endif