itk/clitkSegmentationFunctions.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKSEGMENTATIONFUNCTIONS_H
  20 #define CLITKSEGMENTATIONFUNCTIONS_H
  21
  22 #include "clitkAutoCropFilter.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 namespace clitk {
  26
  27   //--------------------------------------------------------------------
  28   template<class TInternalImageType, class TMaskInternalImageType>
  29   typename TInternalImageType::Pointer
  30   SetBackground(typename TInternalImageType::ConstPointer input,
  31                 typename TMaskInternalImageType::ConstPointer mask,
  32                 typename TMaskInternalImageType::PixelType maskBG,
  33                 typename TInternalImageType::PixelType outValue);
  34   //--------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37   //--------------------------------------------------------------------
  38   template<class TInternalImageType, class TMaskInternalImageType>
  39   typename TInternalImageType::Pointer
  40   SetBackground(typename TInternalImageType::Pointer input,
  41                 typename TMaskInternalImageType::Pointer mask,
  42                 typename TMaskInternalImageType::PixelType maskBG,
  43                 typename TInternalImageType::PixelType outValue) {
  44     return SetBackground<TInternalImageType, TMaskInternalImageType>
  45       (static_cast<typename TInternalImageType::ConstPointer>(input),
  46        static_cast<typename TMaskInternalImageType::ConstPointer>(mask),
  47        maskBG, outValue);
  48   }
  49   //--------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52   //--------------------------------------------------------------------
  53   template<class TImageType>
  54   typename TImageType::Pointer
  55   Labelize(typename TImageType::Pointer input,
  56            typename TImageType::PixelType BG,
  57            bool isFullyConnected,
  58            int minimalComponentSize);
  59   //--------------------------------------------------------------------
  60
  61
  62   //--------------------------------------------------------------------
  63   template<class TImageType>
  64   typename TImageType::Pointer
  65   RemoveLabels(typename TImageType::Pointer input,
  66                typename TImageType::PixelType BG,
  67                std::vector<typename TImageType::PixelType> & labelsToRemove);
  68   //--------------------------------------------------------------------
  69
  70
  71   //--------------------------------------------------------------------
  72   template<class ImageType>
  73     typename ImageType::Pointer
  74     AutoCrop(typename ImageType::Pointer input,
  75              typename ImageType::PixelType BG) {
  76       typedef clitk::AutoCropFilter<ImageType> AutoCropFilterType;
  77       typename AutoCropFilterType::Pointer autoCropFilter = AutoCropFilterType::New();
  78       autoCropFilter->SetInput(input);
  79       autoCropFilter->Update();
  80       return autoCropFilter->GetOutput();
  81   }
  82
  83   //--------------------------------------------------------------------
  84   //--------------------------------------------------------------------
  85   template<class TImageType>
  86   typename TImageType::Pointer
  87   KeepLabels(typename TImageType::Pointer input,
  88              typename TImageType::PixelType BG,
  89              typename TImageType::PixelType FG,
  90              typename TImageType::PixelType firstKeep,
  91              typename TImageType::PixelType lastKeep,
  92              bool useLastKeep);
  93   //--------------------------------------------------------------------
  94
  95
  96   //--------------------------------------------------------------------
  97   template<class TImageType>
  98   typename TImageType::Pointer
  99   LabelizeAndSelectLabels(typename TImageType::Pointer input,
 100                           typename TImageType::PixelType BG,
 101                           typename TImageType::PixelType FG,
 102                           bool isFullyConnected,
 103                           int minimalComponentSize,
 104                           LabelizeParameters<typename TImageType::PixelType> * param);
 105 }
 106 //--------------------------------------------------------------------
 107
 108 #include "clitkSegmentationFunctions.txx"
 109 //--------------------------------------------------------------------
 110
 111 #endif