itk/clitkSliceBySliceRelativePositionFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKSLICEBYSLICERELATIVEPOSITIONFILTER_H
  20 #define CLITKSLICEBYSLICERELATIVEPOSITIONFILTER_H
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkFilterBase.h"
  24 #include "clitkAddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter.h"
  25
  26 namespace clitk {
  27
  28   //--------------------------------------------------------------------
  29   /*
  30     Perform Relative Position filtering in a slice by slice manner.
  31   */
  32   //--------------------------------------------------------------------
  33
  34   template <class ImageType>
  35   class ITK_EXPORT SliceBySliceRelativePositionFilter:
  36     public clitk::FilterBase,
  37     public itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>
  38   {
  39
  40   public:
  41     /** Standard class typedefs. */
  42     typedef itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>   Superclass;
  43     typedef SliceBySliceRelativePositionFilter              Self;
  44     typedef itk::SmartPointer<Self>                         Pointer;
  45     typedef itk::SmartPointer<const Self>                   ConstPointer;
  46
  47     /** Method for creation through the object factory. */
  48     itkNewMacro(Self);
  49
  50     /** Run-time type information (and related methods). */
  51     itkTypeMacro(SliceBySliceRelativePositionFilter, ImageToImageFilter);
  52     FILTERBASE_INIT;
  53
  54     /** ImageDimension constants */
  55     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, ImageType::ImageDimension);
  56     typedef itk::Image<float, ImageDimension> FloatImageType;
  57
  58     /** Some convenient typedefs. */
  59     typedef typename ImageType::ConstPointer ImageConstPointer;
  60     typedef typename ImageType::Pointer      ImagePointer;
  61     typedef typename ImageType::RegionType   RegionType;
  62     typedef typename ImageType::PixelType    PixelType;
  63     typedef typename ImageType::SpacingType  SpacingType;
  64     typedef typename ImageType::SizeType     SizeType;
  65     typedef itk::Image<PixelType, ImageDimension-1> SliceType;
  66     typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<SliceType> RelPosFilterType;
  67     typedef typename RelPosFilterType::OrientationTypeEnumeration OrientationTypeEnumeration;
  68
  69     /** Input : initial image and object */
  70     void SetInput(const ImageType * image);
  71     void SetInputObject(const ImageType * image);
  72
  73     // Options
  74     itkGetConstMacro(Direction, int);
  75     itkSetMacro(Direction, int);
  76     itkGetConstMacro(ObjectBackgroundValue, PixelType);
  77     itkSetMacro(ObjectBackgroundValue, PixelType);
  78
  79     itkSetMacro(OrientationType, OrientationTypeEnumeration);
  80     itkGetConstMacro(OrientationType, OrientationTypeEnumeration);
  81     itkGetConstMacro(ResampleBeforeRelativePositionFilter, bool);
  82     itkSetMacro(ResampleBeforeRelativePositionFilter, bool);
  83     itkBooleanMacro(ResampleBeforeRelativePositionFilter);
  84     itkGetConstMacro(IntermediateSpacing, double);
  85     itkSetMacro(IntermediateSpacing, double);
  86     itkGetConstMacro(FuzzyThreshold, double);
  87     itkSetMacro(FuzzyThreshold, double);
  88
  89   protected:
  90     SliceBySliceRelativePositionFilter();
  91     virtual ~SliceBySliceRelativePositionFilter() {}
  92
  93     int m_Direction;
  94     PixelType m_ObjectBackgroundValue;
  95     OrientationTypeEnumeration m_OrientationType;
  96     double m_IntermediateSpacing;
  97     double m_FuzzyThreshold;
  98     bool m_ResampleBeforeRelativePositionFilter;
  99
 100     virtual void GenerateOutputInformation();
 101     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 102     virtual void GenerateData();
 103
 104     ImagePointer input;
 105     ImagePointer object;
 106     ImagePointer m_working_input;
 107     ImagePointer m_working_object;
 108
 109   private:
 110     SliceBySliceRelativePositionFilter(const Self&); //purposely not implemented
 111     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 112
 113   }; // end class
 114   //--------------------------------------------------------------------
 115
 116 } // end namespace clitk
 117 //--------------------------------------------------------------------
 118
 119 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 120 #include "clitkSliceBySliceRelativePositionFilter.txx"
 121 #endif
 122
 123 #endif