itk/clitkSliceBySliceRelativePositionFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKSLICEBYSLICERELATIVEPOSITIONFILTER_H
  20 #define CLITKSLICEBYSLICERELATIVEPOSITIONFILTER_H
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkFilterBase.h"
  24 #include "clitkAddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter.h"
  25
  26 namespace clitk {
  27
  28   //--------------------------------------------------------------------
  29   /*
  30     Perform Relative Position filtering in a slice by slice manner.
  31   */
  32   //--------------------------------------------------------------------
  33
  34   template <class ImageType>
  35   class ITK_EXPORT SliceBySliceRelativePositionFilter:
  36     public clitk::FilterBase,
  37     public itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>
  38   {
  39
  40   public:
  41     /** Standard class typedefs. */
  42     typedef itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>   Superclass;
  43     typedef SliceBySliceRelativePositionFilter              Self;
  44     typedef itk::SmartPointer<Self>                         Pointer;
  45     typedef itk::SmartPointer<const Self>                   ConstPointer;
  46
  47     /** Method for creation through the object factory. */
  48     itkNewMacro(Self);
  49
  50     /** Run-time type information (and related methods). */
  51     itkTypeMacro(SliceBySliceRelativePositionFilter, ImageToImageFilter);
  52     FILTERBASE_INIT;
  53
  54     /** ImageDimension constants */
  55     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, ImageType::ImageDimension);
  56     typedef itk::Image<float, ImageDimension> FloatImageType;
  57
  58     /** Some convenient typedefs. */
  59     typedef typename ImageType::ConstPointer ImageConstPointer;
  60     typedef typename ImageType::Pointer      ImagePointer;
  61     typedef typename ImageType::RegionType   RegionType;
  62     typedef typename ImageType::PixelType    PixelType;
  63     typedef typename ImageType::SpacingType  SpacingType;
  64     typedef typename ImageType::SizeType     SizeType;
  65     typedef itk::Image<PixelType, ImageDimension-1> SliceType;
  66     typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<SliceType> RelPosFilterType;
  67     typedef typename RelPosFilterType::OrientationTypeEnumeration OrientationTypeEnumeration;
  68
  69     /** Input : initial image and object */
  70     void SetInput(const ImageType * image);
  71     void SetInputObject(const ImageType * image);
  72
  73     // Options
  74     itkGetConstMacro(Direction, int);
  75     itkSetMacro(Direction, int);
  76     itkGetConstMacro(ObjectBackgroundValue, PixelType);
  77     itkSetMacro(ObjectBackgroundValue, PixelType);
  78
  79     itkSetMacro(OrientationTypeString, std::string);
  80     itkGetConstMacro(OrientationTypeString, std::string);
  81
  82     itkGetConstMacro(ResampleBeforeRelativePositionFilter, bool);
  83     itkSetMacro(ResampleBeforeRelativePositionFilter, bool);
  84     itkBooleanMacro(ResampleBeforeRelativePositionFilter);
  85
  86     itkGetConstMacro(IntermediateSpacing, double);
  87     itkSetMacro(IntermediateSpacing, double);
  88
  89     itkGetConstMacro(FuzzyThreshold, double);
  90     itkSetMacro(FuzzyThreshold, double);
  91
  92     itkGetConstMacro(UniqueConnectedComponentBySlice, bool);
  93     itkSetMacro(UniqueConnectedComponentBySlice, bool);
  94     itkBooleanMacro(UniqueConnectedComponentBySlice);
  95
  96     itkGetConstMacro(AutoCropFlag, bool);
  97     itkSetMacro(AutoCropFlag, bool);
  98     itkBooleanMacro(AutoCropFlag);
  99
 100     itkGetConstMacro(NotFlag, bool);
 101     itkSetMacro(NotFlag, bool);
 102     itkBooleanMacro(NotFlag);
 103
 104   protected:
 105     SliceBySliceRelativePositionFilter();
 106     virtual ~SliceBySliceRelativePositionFilter() {}
 107
 108     int m_Direction;
 109     PixelType m_ObjectBackgroundValue;
 110     // OrientationTypeEnumeration m_OrientationType;
 111     std::string m_OrientationTypeString;
 112     double m_IntermediateSpacing;
 113     double m_FuzzyThreshold;
 114     bool m_ResampleBeforeRelativePositionFilter;
 115
 116     virtual void GenerateOutputInformation();
 117     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 118     virtual void GenerateData();
 119
 120     ImagePointer input;
 121     ImagePointer object;
 122     ImagePointer m_working_input;
 123     ImagePointer m_working_object;
 124     bool m_UniqueConnectedComponentBySlice;
 125     bool m_NotFlag;
 126     bool m_AutoCropFlag;
 127
 128   private:
 129     SliceBySliceRelativePositionFilter(const Self&); //purposely not implemented
 130     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 131
 132   }; // end class
 133   //--------------------------------------------------------------------
 134
 135 } // end namespace clitk
 136 //--------------------------------------------------------------------
 137
 138 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 139 #include "clitkSliceBySliceRelativePositionFilter.txx"
 140 #endif
 141
 142 #endif