itk/clitkSliceBySliceRelativePositionFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKSLICEBYSLICERELATIVEPOSITIONFILTER_H
  20 #define CLITKSLICEBYSLICERELATIVEPOSITIONFILTER_H
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkFilterBase.h"
  24 #include "clitkAddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter.h"
  25
  26 namespace clitk {
  27
  28   //--------------------------------------------------------------------
  29   /*
  30     Perform Relative Position filtering in a slice by slice manner.
  31   */
  32   //--------------------------------------------------------------------
  33
  34   template <class ImageType>
  35   class ITK_EXPORT SliceBySliceRelativePositionFilter:
  36     public AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<ImageType>
  37   {
  38
  39   public:
  40     /** Standard class typedefs. */
  41     typedef AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<ImageType>   Superclass;
  42     typedef SliceBySliceRelativePositionFilter              Self;
  43     typedef itk::SmartPointer<Self>                         Pointer;
  44     typedef itk::SmartPointer<const Self>                   ConstPointer;
  45
  46     /** Method for creation through the object factory. */
  47     itkNewMacro(Self);
  48
  49     /** Run-time type information (and related methods). */
  50     itkTypeMacro(SliceBySliceRelativePositionFilter, ImageToImageFilter);
  51     FILTERBASE_INIT;
  52
  53     /** ImageDimension constants */
  54     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, ImageType::ImageDimension);
  55     typedef itk::Image<float, ImageDimension> FloatImageType;
  56
  57     /** Some convenient typedefs. */
  58     typedef typename ImageType::ConstPointer ImageConstPointer;
  59     typedef typename ImageType::Pointer      ImagePointer;
  60     typedef typename ImageType::RegionType   RegionType;
  61     typedef typename ImageType::PixelType    PixelType;
  62     typedef typename ImageType::SpacingType  SpacingType;
  63     typedef typename ImageType::SizeType     SizeType;
  64     typedef itk::Image<PixelType, ImageDimension-1> SliceType;
  65     typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<SliceType> RelPosFilterType;
  66     typedef typename RelPosFilterType::OrientationTypeEnumeration OrientationTypeEnumeration;
  67
  68     /** Input : initial image and object */
  69     void SetInput(const ImageType * image);
  70     void SetInputObject(const ImageType * image);
  71
  72     // Options
  73     void PrintOptions();
  74     itkGetConstMacro(Direction, int);
  75     itkSetMacro(Direction, int);
  76     // itkGetConstMacro(ObjectBackgroundValue, PixelType);
  77     // itkSetMacro(ObjectBackgroundValue, PixelType);
  78
  79     // itkSetMacro(OrientationTypeString, std::string);
  80     // itkGetConstMacro(OrientationTypeString, std::string);
  81
  82     // itkGetConstMacro(ResampleBeforeRelativePositionFilter, bool);
  83     // itkSetMacro(ResampleBeforeRelativePositionFilter, bool);
  84     // itkBooleanMacro(ResampleBeforeRelativePositionFilter);
  85
  86     // itkGetConstMacro(IntermediateSpacing, double);
  87     // itkSetMacro(IntermediateSpacing, double);
  88
  89     // itkGetConstMacro(FuzzyThreshold, double);
  90     // itkSetMacro(FuzzyThreshold, double);
  91
  92     itkGetConstMacro(UniqueConnectedComponentBySlice, bool);
  93     itkSetMacro(UniqueConnectedComponentBySlice, bool);
  94     itkBooleanMacro(UniqueConnectedComponentBySlice);
  95
  96     // itkGetConstMacro(AutoCropFlag, bool);
  97     // itkSetMacro(AutoCropFlag, bool);
  98     // itkBooleanMacro(AutoCropFlag);
  99
 100     // itkGetConstMacro(InverseOrientationFlag, bool);
 101     // itkSetMacro(InverseOrientationFlag, bool);
 102     // itkBooleanMacro(InverseOrientationFlag);
 103
 104     // itkGetConstMacro(RemoveObjectFlag, bool);
 105     // itkSetMacro(RemoveObjectFlag, bool);
 106     // itkBooleanMacro(RemoveObjectFlag);
 107
 108     // itkGetConstMacro(CombineWithOrFlag, bool);
 109     // itkSetMacro(CombineWithOrFlag, bool);
 110     // itkBooleanMacro(CombineWithOrFlag);
 111
 112   protected:
 113     SliceBySliceRelativePositionFilter();
 114     virtual ~SliceBySliceRelativePositionFilter() {}
 115
 116     // PixelType m_ObjectBackgroundValue;
 117     // OrientationTypeEnumeration m_OrientationType;
 118     // std::string m_OrientationTypeString;
 119     // double m_IntermediateSpacing;
 120     // double m_FuzzyThreshold;
 121     // bool m_ResampleBeforeRelativePositionFilter;
 122
 123     virtual void GenerateOutputInformation();
 124     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 125     virtual void GenerateData();
 126
 127     ImagePointer input;
 128     ImagePointer object;
 129     ImagePointer m_working_input;
 130     ImagePointer m_working_object;
 131     bool         m_UniqueConnectedComponentBySlice;
 132     int          m_Direction;
 133     // bool m_InverseOrientationFlag;
 134     // bool m_RemoveObjectFlag;
 135     // bool m_AutoCropFlag;
 136     // bool m_CombineWithOrFlag;
 137
 138   private:
 139     SliceBySliceRelativePositionFilter(const Self&); //purposely not implemented
 140     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 141
 142   }; // end class
 143   //--------------------------------------------------------------------
 144
 145 } // end namespace clitk
 146 //--------------------------------------------------------------------
 147
 148 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 149 #include "clitkSliceBySliceRelativePositionFilter.txx"
 150 #endif
 151
 152 #endif