lib/cpPlugins/Plugins/ImageReader.cxx

   1 #include <cpPlugins/Plugins/ImageReader.h>
   2 #include <cpPlugins/Interface/Image.h>
   3
   4 #include <set>
   5
   6 #undef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
   7 #include <itkImage.h>
   8 #include <itkRGBPixel.h>
   9 #include <itkImageFileReader.h>
  10 #include <itkImageSeriesReader.h>
  11
  12 // -------------------------------------------------------------------------
  13 cpPlugins::Plugins::ImageReader::
  14 ImageReader( )
  15   : Superclass( )
  16 {
  17   this->m_ClassName = "cpPlugins::ImageReader";
  18   this->m_ClassCategory = "ImageReader";
  19
  20   this->SetNumberOfOutputs( 1 );
  21   this->_MakeOutput< cpPlugins::Interface::Image >( 0 );
  22
  23   using namespace cpPlugins::Interface;
  24   this->m_DefaultParameters.Configure( Parameters::StringList, "FileNames" );
  25   this->m_Parameters = this->m_DefaultParameters;
  26 }
  27
  28 // -------------------------------------------------------------------------
  29 cpPlugins::Plugins::ImageReader::
  30 ~ImageReader( )
  31 {
  32 }
  33
  34 // -------------------------------------------------------------------------
  35 std::string cpPlugins::Plugins::ImageReader::
  36 _GenerateData( )
  37 {
  38   // Get filenames
  39   TStringList names;
  40   this->m_Parameters.GetValueAsStringList( names, "FileNames" );
  41
  42   std::string r = "";
  43   if( names.size( ) >= 1 )
  44   {
  45     // Guess image properties
  46     itk::ImageIOBase::Pointer io =
  47       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(
  48         names[ 0 ].c_str( ),
  49         itk::ImageIOFactory::ReadMode
  50         );
  51     if( io.IsNotNull( ) )
  52     {
  53       io->SetFileName( names[ 0 ] );
  54       io->ReadImageInformation( );
  55       if( names.size( ) == 1 )
  56       {
  57         switch( io->GetNumberOfDimensions( ) )
  58         {
  59         case 1: r = this->_GD0< 1 >( io, names ); break;
  60         case 2: r = this->_GD0< 2 >( io, names ); break;
  61         case 3: r = this->_GD0< 3 >( io, names ); break;
  62         default:
  63           r = "ImageReader: Image dimension not supported.";
  64           break;
  65         } // hctiws
  66       }
  67       else if( names.size( ) > 1 )
  68       {
  69         switch( io->GetNumberOfDimensions( ) )
  70         {
  71         case 1: r = this->_GD0< 2 >( io, names ); break;
  72         case 2: r = this->_GD0< 3 >( io, names ); break;
  73         default:
  74           r = "ImageReader: Image dimension not supported.";
  75           break;
  76         } // hctiws
  77
  78       } // fi
  79     }
  80     else
  81       r = "ImageReader: Could not CreateImageIO for \"" + names[ 0 ] + "\"";
  82   }
  83   else
  84     r = "No image files given";
  85   return( r );
  86 }
  87
  88 // -------------------------------------------------------------------------
  89 template< unsigned int D >
  90 std::string cpPlugins::Plugins::ImageReader::
  91 _GD0( itk::ImageIOBase* io, const TStringList& names )
  92 {
  93   std::string r = "";
  94   switch( io->GetComponentType( ) )
  95   {
  96   case itk::ImageIOBase::UCHAR:
  97     r = this->_GD1< unsigned char, D >( io, names );
  98     break;
  99   case itk::ImageIOBase::CHAR:
 100     r = this->_GD1< char, D >( io, names );
 101     break;
 102   case itk::ImageIOBase::USHORT:
 103     r = this->_GD1< unsigned short, D >( io, names );
 104     break;
 105   case itk::ImageIOBase::SHORT:
 106     r = this->_GD1< short, D >( io, names );
 107     break;
 108   case itk::ImageIOBase::UINT:
 109     r = this->_GD1< unsigned int, D >( io, names );
 110     break;
 111   case itk::ImageIOBase::INT:
 112     r = this->_GD1< int, D >( io, names );
 113     break;
 114   case itk::ImageIOBase::ULONG:
 115     r = this->_GD1< unsigned long, D >( io, names );
 116     break;
 117   case itk::ImageIOBase::LONG:
 118     r = this->_GD1< long, D >( io, names );
 119     break;
 120   case itk::ImageIOBase::FLOAT:
 121     r = this->_GD1< float, D >( io, names );
 122     break;
 123   case itk::ImageIOBase::DOUBLE:
 124     r = this->_GD1< double, D >( io, names );
 125     break;
 126   default:
 127     r = "ImageReader: Atomic pixel type not supported.";
 128     break;
 129   } // hctiws
 130   return( r );
 131 }
 132
 133 // -------------------------------------------------------------------------
 134 template< class P, unsigned int D >
 135 std::string cpPlugins::Plugins::ImageReader::
 136 _GD1( itk::ImageIOBase* io, const TStringList& names )
 137 {
 138   std::string r = "";
 139   switch( io->GetPixelType( ) )
 140   {
 141   case itk::ImageIOBase::SCALAR:
 142     r = this->_GD2< P, D >( names );
 143     break;
 144   case itk::ImageIOBase::RGB:
 145     r = this->_GD2< itk::RGBPixel< P >, D >( names );
 146     break;
 147   case itk::ImageIOBase::RGBA:
 148     r = this->_GD2< itk::RGBAPixel< P >, D >( names );
 149     break;
 150     /* TODO
 151        case itk::ImageIOBase::OFFSET:
 152        r = this->_GD2< itk::Offset< P >, D >( names );
 153        break;
 154        case itk::ImageIOBase::VECTOR:
 155        r = this->_GD2< P, D >( names );
 156        break;
 157        case itk::ImageIOBase::POINT:
 158        r = this->_GD2< P, D >( names );
 159        break;
 160        case itk::ImageIOBase::COVARIANTVECTOR:
 161        r = this->_GD2< P, D >( names );
 162        break;
 163        case itk::ImageIOBase::SYMMETRICSECONDRANKTENSOR:
 164        r = this->_GD2< P, D >( names );
 165        break;
 166        case itk::ImageIOBase::DIFFUSIONTENSOR3D:
 167        r = this->_GD2< P, D >( names );
 168        break;
 169     */
 170     /* TODO
 171        case itk::ImageIOBase::COMPLEX:
 172        r = this->_GD2< std::complex< P >, D >( names );
 173        break;
 174        case itk::ImageIOBase::FIXEDARRAY:
 175        r = this->_GD2< P, D >( names );
 176        break;
 177        case itk::ImageIOBase::MATRIX:
 178        r = this->_GD2< P, D >( names );
 179        break;
 180     */
 181   default:
 182     r = "ImageReader: Pixel type not supported.";
 183     break;
 184   } // hctiws
 185   return( r );
 186 }
 187
 188 // -------------------------------------------------------------------------
 189 template< class P, unsigned int D >
 190 std::string cpPlugins::Plugins::ImageReader::
 191 _GD2( const TStringList& names )
 192 {
 193   typedef itk::Image< P, D > _I;
 194
 195   std::string r = "";
 196   if( names.size( ) == 1 )
 197   {
 198     // Read single image
 199     typedef itk::ImageFileReader< _I > _SR;
 200     _SR* reader =
 201       dynamic_cast< _SR* >( this->m_RealProcessObject.GetPointer( ) );
 202     if( reader == NULL )
 203     {
 204       this->m_RealProcessObject = _SR::New( );
 205       reader =
 206         dynamic_cast< _SR* >( this->m_RealProcessObject.GetPointer( ) );
 207
 208     } // fi
 209     reader->SetFileName( names[ 0 ] );
 210     try
 211     {
 212       reader->Update( );
 213       this->m_Outputs[ 0 ]->SetITKDataObject( reader->GetOutput( ) );
 214     }
 215     catch( itk::ExceptionObject& err )
 216     {
 217       r = "ImageReader: " + std::string( err.GetDescription( ) );
 218       this->m_Outputs[ 0 ]->SetITKDataObject( NULL );
 219
 220     } // yrt
 221   }
 222   else if( names.size( ) > 1 )
 223   {
 224     // Read image series
 225     std::set< std::string > ordered_names;
 226     for( unsigned int i = 0; i < names.size( ); ++i )
 227       ordered_names.insert( names[ i ] );
 228
 229     typedef itk::ImageSeriesReader< _I > _MR;
 230     _MR* reader =
 231       dynamic_cast< _MR* >( this->m_RealProcessObject.GetPointer( ) );
 232     if( reader == NULL )
 233     {
 234       this->m_RealProcessObject = _MR::New( );
 235       reader =
 236         dynamic_cast< _MR* >( this->m_RealProcessObject.GetPointer( ) );
 237
 238     } // fi
 239     std::set< std::string >::const_iterator fnIt = ordered_names.begin( );
 240     for( ; fnIt != ordered_names.end( ); ++fnIt )
 241       reader->AddFileName( *fnIt );
 242     try
 243     {
 244       reader->Update( );
 245       this->m_Outputs[ 0 ]->SetITKDataObject( reader->GetOutput( ) );
 246     }
 247     catch( itk::ExceptionObject& err )
 248     {
 249       r = "ImageReader: " + std::string( err.GetDescription( ) );
 250       this->m_Outputs[ 0 ]->SetITKDataObject( NULL );
 251
 252     } // yrt
 253   }
 254   else
 255     r = "ImageReader: No image files given";
 256   return( r );
 257 }
 258
 259 // eof - $RCSfile$