lib/cpPlugins/Plugins/ImageReader.cxx

   1 #include <cpPlugins/Plugins/ImageReader.h>
   2 #include <cpPlugins/Interface/Image.h>
   3
   4 #include <itkImageFileReader.h>
   5 #include <itkImageSeriesReader.h>
   6
   7 #define ITK_MANUAL_INSTANTIATION
   8 #include <itkImage.h>
   9 #include <itkRGBPixel.h>
  10
  11 // -------------------------------------------------------------------------
  12 std::string cpPlugins::Plugins::ImageReader::
  13 GetClassName( ) const
  14 {
  15   return( "cpPlugins::Plugins::ImageReader" );
  16 }
  17
  18 // -------------------------------------------------------------------------
  19 cpPlugins::Plugins::ImageReader::
  20 ImageReader( )
  21   : Superclass( )
  22 {
  23   this->SetNumberOfOutputs( 1 );
  24   this->_MakeOutput< cpPlugins::Interface::Image >( 0 );
  25
  26   using namespace cpPlugins::Interface;
  27   this->m_DefaultParameters.Configure( Parameters::StringList, "FileNames" );
  28   this->m_DefaultParameters.Configure( Parameters::String, "PixelType" );
  29   this->m_DefaultParameters.Configure( Parameters::Uint, "Dimension" );
  30   this->m_DefaultParameters.Configure( Parameters::Uint, "IsColorImage" );
  31   this->m_DefaultParameters.SetValueAsString( "PixelType", "uchar" );
  32   this->m_DefaultParameters.SetValueAsUint( "Dimension", 3 );
  33   this->m_DefaultParameters.SetValueAsUint( "IsColorImage", 0 );
  34   this->m_Parameters = this->m_DefaultParameters;
  35 }
  36
  37 // -------------------------------------------------------------------------
  38 cpPlugins::Plugins::ImageReader::
  39 ~ImageReader( )
  40 {
  41 }
  42
  43 // -------------------------------------------------------------------------
  44 std::string cpPlugins::Plugins::ImageReader::
  45 _GenerateData( )
  46 {
  47   using namespace cpPlugins::Interface;
  48   Parameters::TUint dim = this->m_Parameters.GetValueAsUint( "Dimension" );
  49   std::string r = "cpPlugins::Plugins::ImageReader: itk::Image dimension not supported.";
  50   if     ( dim == 1 ) r = this->_GD0< 1 >( );
  51   else if( dim == 2 ) r = this->_GD0< 2 >( );
  52   else if( dim == 3 ) r = this->_GD0< 3 >( );
  53   else if( dim == 4 ) r = this->_GD0< 4 >( );
  54
  55   return( r );
  56 }
  57
  58 // -------------------------------------------------------------------------
  59 template< unsigned int D >
  60 std::string cpPlugins::Plugins::ImageReader::
  61 _GD0( )
  62 {
  63   using namespace cpPlugins::Interface;
  64   Parameters::TString pt = this->m_Parameters.GetValueAsString( "PixelType" );
  65   Parameters::TUint ci = this->m_Parameters.GetValueAsUint( "IsColorImage" );
  66
  67   std::string r = "cpPlugins::Plugins::ImageReader: itk::Image pixel type not supported";
  68   if( ci == 0 )
  69   {
  70     if( pt == "char" )
  71       r = this->_GD1< char, D >( );
  72     else if( pt == "short" )
  73       r = this->_GD1< short, D >( );
  74     else if( pt == "int" )
  75       r = this->_GD1< int, D >( );
  76     else if( pt == "long" )
  77       r = this->_GD1< long, D >( );
  78     else if( pt == "uchar" )
  79       r = this->_GD1< unsigned char, D >( );
  80     else if( pt == "ushort" )
  81       r = this->_GD1< unsigned short, D >( );
  82     else if( pt == "uint" )
  83       r = this->_GD1< unsigned int, D >( );
  84     else if( pt == "ulong" )
  85       r = this->_GD1< unsigned long, D >( );
  86     else if( pt == "float" )
  87       r = this->_GD1< float, D >( );
  88     else if( pt == "double" )
  89       r = this->_GD1< double, D >( );
  90   }
  91   else
  92   {
  93     if( pt == "char" )
  94       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< char >, D >( );
  95     else if( pt == "short" )
  96       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< short >, D >( );
  97     else if( pt == "int" )
  98       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< int >, D >( );
  99     else if( pt == "long" )
 100       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< long >, D >( );
 101     else if( pt == "uchar" )
 102       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< unsigned char >, D >( );
 103     else if( pt == "ushort" )
 104       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< unsigned short >, D >( );
 105     else if( pt == "uint" )
 106       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< unsigned int >, D >( );
 107     else if( pt == "ulong" )
 108       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< unsigned long >, D >( );
 109     else if( pt == "float" )
 110       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< float >, D >( );
 111     else if( pt == "double" )
 112       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< double >, D >( );
 113   } // fi
 114   return( r );
 115 }
 116
 117 // -------------------------------------------------------------------------
 118 template< class P, unsigned int D >
 119 std::string cpPlugins::Plugins::ImageReader::
 120 _GD1( )
 121 {
 122   typedef itk::Image< P, D > _TImage;
 123
 124   // Get filenames
 125   using namespace cpPlugins::Interface;
 126   std::vector< Parameters::TString > unordered_names;
 127   this->m_Parameters.GetValueAsStringList( unordered_names, "FileNames" );
 128
 129   if( unordered_names.size( ) == 1 )
 130   {
 131     // Read single image
 132     typedef itk::ImageFileReader< _TImage > _TSingleReader;
 133
 134     _TSingleReader* singleReader =
 135       dynamic_cast< _TSingleReader* >(
 136         this->m_RealProcessObject.GetPointer( )
 137         );
 138     if( singleReader == NULL )
 139     {
 140       this->m_RealProcessObject = _TSingleReader::New( );
 141       singleReader =
 142         dynamic_cast< _TSingleReader* >(
 143           this->m_RealProcessObject.GetPointer( )
 144           );
 145
 146     } // fi
 147     singleReader->SetFileName( unordered_names.front( ) );
 148     try
 149     {
 150       singleReader->Update( );
 151     }
 152     catch( itk::ExceptionObject& err )
 153     {
 154       return( err.GetDescription( ) );
 155
 156     } // yrt
 157     this->_SetOutput( 0, singleReader->GetOutput( ) );
 158     return( "" );
 159   }
 160   else if( unordered_names.size( ) > 1 )
 161   {
 162     // Read image series
 163     std::set< std::string > ordered_names;
 164     for( unsigned int i = 0; i < unordered_names.size( ); ++i )
 165       ordered_names.insert( unordered_names[ i ] );
 166
 167     typedef itk::ImageSeriesReader< _TImage > _TMultiReader;
 168     _TMultiReader* multiReader =
 169       dynamic_cast< _TMultiReader* >(
 170         this->m_RealProcessObject.GetPointer( )
 171         );
 172     if( multiReader == NULL )
 173     {
 174       this->m_RealProcessObject = _TMultiReader::New( );
 175       multiReader =
 176         dynamic_cast< _TMultiReader* >(
 177           this->m_RealProcessObject.GetPointer( )
 178           );
 179
 180     } // fi
 181     std::set< std::string >::const_iterator fnIt = ordered_names.begin( );
 182     for( ; fnIt != ordered_names.end( ); ++fnIt )
 183       multiReader->AddFileName( *fnIt );
 184     try
 185     {
 186       multiReader->Update( );
 187     }
 188     catch( itk::ExceptionObject& err )
 189     {
 190       return( err.GetDescription( ) );
 191
 192     } // yrt
 193     this->_SetOutput( 0, multiReader->GetOutput( ) );
 194     return( "" );
 195   }
 196   else
 197     return( "No image filename(s) given." );
 198 }
 199
 200 // eof - $RCSfile$