lib/cpPlugins/Plugins/ImageSeriesReader.cxx

   1 #include <cpPlugins/Plugins/ImageSeriesReader.h>
   2 #include <cpPlugins/Interface/Image.h>
   3
   4 #include <set>
   5 #include <sstream>
   6
   7 #include <itkImageSeriesReader.h>
   8
   9 #define ITK_MANUAL_INSTANTIATION
  10 #include <itkImage.h>
  11 #include <itkRGBPixel.h>
  12
  13 // -------------------------------------------------------------------------
  14 std::string cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader::
  15 GetClassName( ) const
  16 {
  17   return( "cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader" );
  18 }
  19
  20 // -------------------------------------------------------------------------
  21 cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader::
  22 ImageSeriesReader( )
  23   : Superclass( )
  24 {
  25   this->SetNumberOfOutputs( 1 );
  26   this->_MakeOutput< cpPlugins::Interface::Image >( 0 );
  27
  28   using namespace cpPlugins::Interface;
  29   this->m_DefaultParameters.Configure( Parameters::StringList, "FileNames" );
  30   this->m_DefaultParameters.Configure( Parameters::String, "PixelType" );
  31   this->m_DefaultParameters.Configure( Parameters::Uint, "Dimension" );
  32   this->m_DefaultParameters.Configure( Parameters::Uint, "IsColorImage" );
  33   this->m_DefaultParameters.SetValueAsString( "PixelType", "uchar" );
  34   this->m_DefaultParameters.SetValueAsUint( "Dimension", 3 );
  35   this->m_DefaultParameters.SetValueAsUint( "IsColorImage", 0 );
  36   this->m_Parameters = this->m_DefaultParameters;
  37 }
  38
  39 // -------------------------------------------------------------------------
  40 cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader::
  41 ~ImageSeriesReader( )
  42 {
  43 }
  44
  45 // -------------------------------------------------------------------------
  46 std::string cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader::
  47 _GenerateData( )
  48 {
  49   using namespace cpPlugins::Interface;
  50   Parameters::TUint dim = this->m_Parameters.GetValueAsUint( "Dimension" );
  51
  52   std::string r = "cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader: itk::Image dimension not supported.";
  53   if     ( dim == 2 ) r = this->_GD0< 2 >( );
  54   else if( dim == 3 ) r = this->_GD0< 3 >( );
  55   else if( dim == 4 ) r = this->_GD0< 4 >( );
  56
  57   return( r );
  58 }
  59
  60 // -------------------------------------------------------------------------
  61 template< unsigned int D >
  62 std::string cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader::
  63 _GD0( )
  64 {
  65   using namespace cpPlugins::Interface;
  66   Parameters::TString pt = this->m_Parameters.GetValueAsString( "PixelType" );
  67   Parameters::TUint ci = this->m_Parameters.GetValueAsUint( "IsColorImage" );
  68
  69   std::string r = "cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader: itk::Image pixel type not supported";
  70   if( ci == 0 )
  71   {
  72     if( pt == "char" )
  73       r = this->_GD1< char, D >( );
  74     else if( pt == "short" )
  75       r = this->_GD1< short, D >( );
  76     else if( pt == "int" )
  77       r = this->_GD1< int, D >( );
  78     else if( pt == "long" )
  79       r = this->_GD1< long, D >( );
  80     else if( pt == "uchar" )
  81       r = this->_GD1< unsigned char, D >( );
  82     else if( pt == "ushort" )
  83       r = this->_GD1< unsigned short, D >( );
  84     else if( pt == "uint" )
  85       r = this->_GD1< unsigned int, D >( );
  86     else if( pt == "ulong" )
  87       r = this->_GD1< unsigned long, D >( );
  88     else if( pt == "float" )
  89       r = this->_GD1< float, D >( );
  90     else if( pt == "double" )
  91       r = this->_GD1< double, D >( );
  92   }
  93   else if( ci == 1 )
  94   {
  95     if( pt == "char" )
  96       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< char >, D >( );
  97     else if( pt == "short" )
  98       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< short >, D >( );
  99     else if( pt == "int" )
 100       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< int >, D >( );
 101     else if( pt == "long" )
 102       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< long >, D >( );
 103     else if( pt == "uchar" )
 104       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< unsigned char >, D >( );
 105     else if( pt == "ushort" )
 106       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< unsigned short >, D >( );
 107     else if( pt == "uint" )
 108       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< unsigned int >, D >( );
 109     else if( pt == "ulong" )
 110       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< unsigned long >, D >( );
 111     else if( pt == "float" )
 112       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< float >, D >( );
 113     else if( pt == "double" )
 114       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< double >, D >( );
 115   } // fi
 116   return( r );
 117 }
 118
 119 // -------------------------------------------------------------------------
 120 template< class P, unsigned int D >
 121 std::string cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader::
 122 _GD1( )
 123 {
 124   using namespace cpPlugins::Interface;
 125   std::vector< Parameters::TString > unordered_names;
 126   this->m_Parameters.GetValueAsStringList( unordered_names, "FileNames" );
 127   std::set< std::string > ordered_names;
 128   for( unsigned int i = 0; i < unordered_names.size( ); ++i )
 129     ordered_names.insert( unordered_names[ i ] );
 130
 131   // Reader
 132   typedef itk::Image< P, D > _TImage;
 133   typedef itk::ImageSeriesReader< _TImage > _TReader;
 134
 135   _TReader* reader =
 136     dynamic_cast< _TReader* >( this->m_RealProcessObject.GetPointer( ) );
 137   if( reader == NULL )
 138   {
 139     this->m_RealProcessObject = _TReader::New( );
 140     reader =
 141       dynamic_cast< _TReader* >( this->m_RealProcessObject.GetPointer( ) );
 142
 143   } // fi
 144   std::set< std::string >::const_iterator fnIt = ordered_names.begin( );
 145   for( ; fnIt != ordered_names.end( ); ++fnIt )
 146     reader->AddFileName( *fnIt );
 147   try
 148   {
 149     reader->Update( );
 150   }
 151   catch( itk::ExceptionObject& err )
 152   {
 153     return( err.GetDescription( ) );
 154
 155   } // yrt
 156   this->_SetOutput( 0, reader->GetOutput( ) );
 157   return( "" );
 158 }
 159
 160 // eof - $RCSfile$