lib/cpPlugins/Plugins/ImageSeriesReader.cxx

   1 #include <cpPlugins/Plugins/ImageSeriesReader.h>
   2 #include <cpPlugins/Interface/Image.h>
   3
   4 #include <set>
   5 #include <sstream>
   6
   7 #include <itkImageSeriesReader.h>
   8
   9 #define ITK_MANUAL_INSTANTIATION
  10 #include <itkImage.h>
  11 #include <itkRGBPixel.h>
  12
  13 // -------------------------------------------------------------------------
  14 cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader::
  15 ImageSeriesReader( )
  16   : Superclass( )
  17 {
  18   this->SetNumberOfOutputs( 1 );
  19   this->_MakeOutput< cpPlugins::Interface::Image >( 0 );
  20
  21   this->m_DefaultParameters[ "FileNames" ] =
  22     TParameter( "string", "file_name1;file_name2;file_name3;..." );
  23   this->m_DefaultParameters[ "PixelType" ] = TParameter( "type", "uchar" );
  24   this->m_DefaultParameters[ "ImageDimension" ] = TParameter( "int", "3" );
  25   this->m_DefaultParameters[ "IsColorImage" ] = TParameter( "bool", "0" );
  26 }
  27
  28 // -------------------------------------------------------------------------
  29 cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader::
  30 ~ImageSeriesReader( )
  31 {
  32 }
  33
  34 // -------------------------------------------------------------------------
  35 std::string cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader::
  36 GetClassName( ) const
  37 {
  38   return( "cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader" );
  39 }
  40
  41 // -------------------------------------------------------------------------
  42 std::string cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader::
  43 _GenerateData( )
  44 {
  45   TParameters::const_iterator dIt;
  46
  47   // Get image dimension
  48   dIt = this->m_Parameters.find( "ImageDimension" );
  49   if( dIt == this->m_Parameters.end( ) )
  50     dIt = this->m_DefaultParameters.find( "ImageDimension" );
  51
  52   std::string r = "cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader: itk::Image dimension not supported.";
  53   if( dIt->second.second == "2" ) r = this->_GD0< 2 >( );
  54   else if( dIt->second.second == "3" ) r = this->_GD0< 3 >( );
  55   else if( dIt->second.second == "4" ) r = this->_GD0< 4 >( );
  56
  57   return( r );
  58 }
  59
  60 // -------------------------------------------------------------------------
  61 template< unsigned int D >
  62 std::string cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader::
  63 _GD0( )
  64 {
  65   TParameters::const_iterator tIt, cIt;
  66
  67   // Get image pixel type
  68   tIt = this->m_Parameters.find( "PixelType" );
  69   if( tIt == this->m_Parameters.end( ) )
  70     tIt = this->m_DefaultParameters.find( "PixelType" );
  71   cIt = this->m_Parameters.find( "IsColorImage" );
  72   if( cIt == this->m_Parameters.end( ) )
  73     cIt = this->m_DefaultParameters.find( "IsColorImage" );
  74
  75   std::string r = "cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader: itk::Image pixel type not supported";
  76   if( cIt->second.second == "0" )
  77   {
  78     if( tIt->second.second == "char" )
  79       r = this->_GD1< char, D >( );
  80     else if( tIt->second.second == "short" )
  81       r = this->_GD1< short, D >( );
  82     else if( tIt->second.second == "int" )
  83       r = this->_GD1< int, D >( );
  84     else if( tIt->second.second == "long" )
  85       r = this->_GD1< long, D >( );
  86     else if( tIt->second.second == "uchar" )
  87       r = this->_GD1< unsigned char, D >( );
  88     else if( tIt->second.second == "ushort" )
  89       r = this->_GD1< unsigned short, D >( );
  90     else if( tIt->second.second == "uint" )
  91       r = this->_GD1< unsigned int, D >( );
  92     else if( tIt->second.second == "ulong" )
  93       r = this->_GD1< unsigned long, D >( );
  94     else if( tIt->second.second == "float" )
  95       r = this->_GD1< float, D >( );
  96     else if( tIt->second.second == "double" )
  97       r = this->_GD1< double, D >( );
  98   }
  99   else if( cIt->second.second == "1" )
 100   {
 101     if( tIt->second.second == "char" )
 102       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< char >, D >( );
 103     else if( tIt->second.second == "short" )
 104       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< short >, D >( );
 105     else if( tIt->second.second == "int" )
 106       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< int >, D >( );
 107     else if( tIt->second.second == "long" )
 108       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< long >, D >( );
 109     else if( tIt->second.second == "uchar" )
 110       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< unsigned char >, D >( );
 111     else if( tIt->second.second == "ushort" )
 112       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< unsigned short >, D >( );
 113     else if( tIt->second.second == "uint" )
 114       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< unsigned int >, D >( );
 115     else if( tIt->second.second == "ulong" )
 116       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< unsigned long >, D >( );
 117     else if( tIt->second.second == "float" )
 118       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< float >, D >( );
 119     else if( tIt->second.second == "double" )
 120       r = this->_GD1< itk::RGBPixel< double >, D >( );
 121   } // fi
 122   return( r );
 123 }
 124
 125 // -------------------------------------------------------------------------
 126 template< class P, unsigned int D >
 127 std::string cpPlugins::Plugins::ImageSeriesReader::
 128 _GD1( )
 129 {
 130   TParameters::const_iterator fIt;
 131
 132   // Get filenames
 133   std::set< std::string > filenames;
 134   fIt = this->m_Parameters.find( "FileNames" );
 135   if( fIt == this->m_Parameters.end( ) )
 136     fIt = this->m_DefaultParameters.find( "FileName" );
 137   std::istringstream filenames_stream( fIt->second.second );
 138   std::string filename;
 139   while( std::getline( filenames_stream, filename, ';' ) )
 140     filenames.insert( filename );
 141
 142   // Reader
 143   typedef itk::Image< P, D > _TImage;
 144   typedef itk::ImageSeriesReader< _TImage > _TReader;
 145
 146   _TReader* reader =
 147     dynamic_cast< _TReader* >( this->m_Reader.GetPointer( ) );
 148   if( reader == NULL )
 149   {
 150     this->m_Reader = _TReader::New( );
 151     reader = dynamic_cast< _TReader* >( this->m_Reader.GetPointer( ) );
 152
 153   } // fi
 154   std::set< std::string >::const_iterator fnIt = filenames.begin( );
 155   for( ; fnIt != filenames.end( ); ++fnIt )
 156     reader->AddFileName( *fnIt );
 157   try
 158   {
 159     reader->Update( );
 160   }
 161   catch( itk::ExceptionObject& err )
 162   {
 163     return( err.GetDescription( ) );
 164
 165   } // yrt
 166   this->_SetOutput( 0, reader->GetOutput( ) );
 167   return( "" );
 168 }
 169
 170 // eof - $RCSfile$