lib/fpa/Common/SliceBySliceRandomWalker.h

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5 #ifndef __fpa__Common__SliceBySliceRandomWalker__h__
   6 #define __fpa__Common__SliceBySliceRandomWalker__h__
   7
   8 #include <fpa/Config.h>
   9 #include <itkImageToImageFilter.h>
  10
  11 namespace fpa
  12 {
  13   namespace Common
  14   {
  15     /**
  16      */
  17     template< class _TImage, class _TLabels, class _TScalarImage >
  18     class SliceBySliceRandomWalker
  19       : public itk::ImageToImageFilter< _TImage, _TLabels >
  20     {
  21     public:
  22       typedef _TImage       TImage;
  23       typedef _TLabels      TLabels;
  24       typedef _TScalarImage TScalarImage;
  25
  26       typedef SliceBySliceRandomWalker                   Self;
  27       typedef itk::ImageToImageFilter< TImage, TLabels > Superclass;
  28       typedef itk::SmartPointer< Self >                  Pointer;
  29       typedef itk::SmartPointer< const Self >            ConstPointer;
  30
  31       typedef typename TImage::PixelType       TPixel;
  32       typedef typename TLabels::PixelType      TLabel;
  33       typedef typename TScalarImage::PixelType TScalar;
  34
  35     public:
  36       itkNewMacro( Self );
  37       itkTypeMacro(
  38         fpa::Common::SliceBySliceRandomWalker, itk::ImageToImageFilter
  39         );
  40
  41       itkGetConstMacro( Epsilon, TScalar );
  42       itkSetMacro( Epsilon, TScalar );
  43
  44       itkGetConstMacro( Beta, TScalar );
  45       itkSetMacro( Beta, TScalar );
  46
  47       itkGetConstMacro( VesselnessThreshold, TScalar );
  48       itkSetMacro( VesselnessThreshold, TScalar );
  49
  50       ivqITKInputMacro( InputLabels, TLabels );
  51       ivqITKInputMacro( InputVesselness, TScalarImage );
  52
  53     protected:
  54       SliceBySliceRandomWalker( );
  55       virtual ~SliceBySliceRandomWalker( );
  56
  57       virtual void GenerateData( ) override;
  58
  59       void _Composite(
  60         typename TScalarImage::Pointer& composite,
  61         const TLabels* labels,
  62         const TScalarImage* vesselness,
  63         const TScalar& maxVess
  64         );
  65
  66       template< class _TSlicePtr, class _TInput >
  67       void _Slice(
  68         _TSlicePtr& slice,
  69         const _TInput* input,
  70         typename _TInput::RegionType region
  71         );
  72
  73       template< class _TBinaryTree, class _TData3D, class _TFusion >
  74       void _RandomWalker(
  75         _TBinaryTree& binaryTree,
  76         const _TData3D& data3D,
  77         const _TFusion& fusion,
  78         bool down
  79         );
  80
  81     private:
  82       // Purposely not implemented
  83       SliceBySliceRandomWalker( const Self& other );
  84       Self& operator=( const Self& other );
  85
  86     protected:
  87       TScalar m_Epsilon;
  88       TScalar m_Beta;
  89       TScalar m_VesselnessThreshold;
  90
  91       TScalar m_VesselnessValue;
  92     };
  93
  94   } // ecapseman
  95
  96 } // ecapseman
  97
  98 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
  99 #  include <fpa/Common/SliceBySliceRandomWalker.hxx>
 100 #endif // ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 101 #endif // __fpa__Common__SliceBySliceRandomWalker__h__
 102 // eof - $RCSfile$