lib/fpa/Filters/Mori.hxx

   1 // =========================================================================
   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5 #ifndef __fpa__Filters__Mori__hxx__
   6 #define __fpa__Filters__Mori__hxx__
   7
   8 #include <limits>
   9
  10 // -------------------------------------------------------------------------
  11 template< class _TDataInterface >
  12 typename fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  13 TOutputValue fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  14 GetOutsideValue( ) const
  15 {
  16   return( this->GetInitValue( ) );
  17 }
  18
  19 // -------------------------------------------------------------------------
  20 template< class _TDataInterface >
  21 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  22 SetOutsideValue( const TOutputValue& v )
  23 {
  24   this->SetInitValue( v );
  25 }
  26
  27 // -------------------------------------------------------------------------
  28 template< class _TDataInterface >
  29 unsigned long fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  30 GetSignalKernelSize( ) const
  31 {
  32   return( this->m_PeakDetector.GetKernelSize( ) );
  33 }
  34
  35 // -------------------------------------------------------------------------
  36 template< class _TDataInterface >
  37 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  38 SetSignalKernelSize( unsigned long k )
  39 {
  40   this->m_PeakDetector.SetKernelSize( k );
  41   this->Modified( );
  42 }
  43
  44 // -------------------------------------------------------------------------
  45 template< class _TDataInterface >
  46 double fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  47 GetSignalThreshold( ) const
  48 {
  49   return( this->m_PeakDetector.GetThreshold( ) );
  50 }
  51
  52 // -------------------------------------------------------------------------
  53 template< class _TDataInterface >
  54 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  55 SetSignalThreshold( double t )
  56 {
  57   this->m_PeakDetector.SetThreshold( t );
  58   this->Modified( );
  59 }
  60
  61 // -------------------------------------------------------------------------
  62 template< class _TDataInterface >
  63 double fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  64 GetSignalInfluence( ) const
  65 {
  66   return( this->m_PeakDetector.GetInfluence( ) );
  67 }
  68
  69 // -------------------------------------------------------------------------
  70 template< class _TDataInterface >
  71 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  72 SetSignalInfluence( double i )
  73 {
  74   this->m_PeakDetector.SetInfluence( i );
  75   this->Modified( );
  76 }
  77
  78 // -------------------------------------------------------------------------
  79 template< class _TDataInterface >
  80 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  81 ClearThresholds( )
  82 {
  83   this->m_Thresholds.clear( );
  84   this->Modified( );
  85 }
  86
  87 // -------------------------------------------------------------------------
  88 template< class _TDataInterface >
  89 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  90 AddThreshold( const TInputValue& thr )
  91 {
  92   if( this->m_Thresholds.insert( thr ).second )
  93     this->Modified( );
  94 }
  95
  96 // -------------------------------------------------------------------------
  97 template< class _TDataInterface >
  98 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  99 SetThresholds(
 100   const TInputValue& lower,
 101   const TInputValue& upper,
 102   const TInputValue& delta
 103   )
 104 {
 105   for( TInputValue t = lower; t <= upper; t += delta )
 106     this->AddThreshold( t );
 107 }
 108
 109 // -------------------------------------------------------------------------
 110 template< class _TDataInterface >
 111 const typename fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 112 TThresholds& fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 113 GetThresholds( ) const
 114 {
 115   return( this->m_Thresholds );
 116 }
 117
 118 // -------------------------------------------------------------------------
 119 template< class _TDataInterface >
 120 unsigned long fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 121 GetNumberOfEvaluatedThresholds( ) const
 122 {
 123   return( this->m_PeakDetector.GetNumberOfSamples( ) );
 124 }
 125
 126 // -------------------------------------------------------------------------
 127 template< class _TDataInterface >
 128 typename fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 129 TInputValue fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 130 GetOptimumThreshold( ) const
 131 {
 132   TInputValue thr = TInputValue( 0 );
 133   unsigned long n = this->m_PeakDetector.GetNumberOfSamples( );
 134   if( n > 1 )
 135     thr = TInputValue( this->m_PeakDetector.GetXValues( )[ n - 2 ] );
 136   return( thr );
 137 }
 138
 139 // -------------------------------------------------------------------------
 140 template< class _TDataInterface >
 141 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 142 GetSignalValues( unsigned long i, double& x, double& y, TPeak& p ) const
 143 {
 144   if( i < this->m_PeakDetector.GetNumberOfSamples( ) )
 145   {
 146     x = this->m_PeakDetector.GetXValues( )[ i ];
 147     y = this->m_PeakDetector.GetYValues( )[ i ];
 148     p = this->m_PeakDetector.GetPeaks( )[ i ];
 149
 150   } // fi
 151 }
 152
 153 // -------------------------------------------------------------------------
 154 template< class _TDataInterface >
 155 fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 156 Mori( )
 157   : Superclass( true )
 158 {
 159   this->SetOutsideValue( TOutputValue( 0 ) );
 160   this->SetFillValue( TOutputValue( 0 ) );
 161   this->m_InsideValue = std::numeric_limits< TOutputValue >::max( );
 162   this->m_Predicate = TPredicate::New( );
 163   this->m_Predicate->StrictOff( );
 164   if( std::numeric_limits< TInputValue >::is_integer )
 165     this->m_MinimumThreshold = std::numeric_limits< TInputValue >::min( );
 166   else
 167     this->m_MinimumThreshold = -std::numeric_limits< TInputValue >::max( );
 168   this->m_PeakDetector.SetKernelSize( 20 );
 169   this->m_PeakDetector.SetThreshold( 500 );
 170   this->m_PeakDetector.SetInfluence( 0.5 );
 171 }
 172
 173 // -------------------------------------------------------------------------
 174 template< class _TDataInterface >
 175 fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 176 ~Mori( )
 177 {
 178 }
 179
 180 // -------------------------------------------------------------------------
 181 template< class _TDataInterface >
 182 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 183 _BeforeGenerateData( )
 184 {
 185   this->Superclass::_BeforeGenerateData( );
 186
 187   // Prepare queues
 188   this->_QueueClear( );
 189
 190   // Prepare iteration over all thresholds
 191   this->m_CurrThr = this->m_Thresholds.begin( );
 192   this->m_Predicate->SetLowerThreshold( *( this->m_CurrThr ) );
 193   this->m_CurrThr++;
 194   this->m_Predicate->SetUpperThreshold( *( this->m_CurrThr ) );
 195
 196   // Prepare counting signal
 197   this->m_CurrCount = double( 0 );
 198   this->m_PeakDetector.Clear( );
 199 }
 200
 201 // -------------------------------------------------------------------------
 202 template< class _TDataInterface >
 203 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 204 _PostComputeOutputValue( TNode& n )
 205 {
 206   TInputValue value = this->_GetInputValue( n.Vertex );
 207   bool inside = this->m_Predicate->Evaluate( value );
 208   if( !inside )
 209   {
 210     n.Value = this->m_InitValue;
 211     n.FrontId++;
 212     this->_QueueSwap( );
 213     this->_QueuePush( n );
 214     this->_QueueSwap( );
 215     n.FrontId = 0;
 216   }
 217   else
 218   {
 219     n.Value = this->m_InsideValue;
 220     this->m_CurrCount += double( 1 );
 221
 222   } // fi
 223 }
 224
 225 // -------------------------------------------------------------------------
 226 template< class _TDataInterface >
 227 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 228 _PreComputeOutputValue( TNode& n )
 229 {
 230   // Nothing to do with this algorithm
 231 }
 232
 233 // -------------------------------------------------------------------------
 234 template< class _TDataInterface >
 235 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 236 _Reinitialize( )
 237 {
 238   if( this->_QueueSize( ) == 0 )
 239   {
 240     // Update peak detector
 241     TPeak p = this->m_PeakDetector.AddValue(
 242       *this->m_CurrThr, this->m_CurrCount
 243       );
 244     this->m_CurrThr++;
 245     this->_QueueSwap( );
 246     if( this->m_CurrThr != this->m_Thresholds.end( ) )
 247     {
 248       // Update predicate and counting value
 249       this->m_Predicate->SetUpperThreshold( *( this->m_CurrThr ) );
 250       this->m_CurrCount = double( 0 );
 251
 252       // Peak detected? -> stop!
 253       if(
 254         p == TPeakDetector::PosPeak &&
 255         this->m_MinimumThreshold < *( this->m_CurrThr )
 256         )
 257         this->_QueueClear( );
 258     }
 259     else
 260       this->_QueueClear( );
 261
 262   } // fi
 263 }
 264
 265 #endif // __fpa__Filters__Mori__hxx__
 266 // eof - $RCSfile$