lib/fpa/IO/MinimumSpanningTreeReader.hxx

   1 #ifndef __FPA__IO__MINIMUMSPANNINGTREEREADER__HXX__
   2 #define __FPA__IO__MINIMUMSPANNINGTREEREADER__HXX__
   3
   4 #include <fstream>
   5 #include <sstream>
   6 #include <itkMacro.h>
   7 #include <itkOffset.h>
   8
   9 // -------------------------------------------------------------------------
  10 template< class _TTree >
  11 _TTree* fpa::IO::MinimumSpanningTreeReader< _TTree >::
  12 GetOutput( )
  13 {
  14   return(
  15     dynamic_cast< _TTree* >( this->itk::ProcessObject::GetOutput( 0 ) )
  16     );
  17 }
  18
  19 // -------------------------------------------------------------------------
  20 template< class _TTree >
  21 void fpa::IO::MinimumSpanningTreeReader< _TTree >::
  22 Update( )
  23 {
  24   this->GenerateData( );
  25 }
  26
  27 // -------------------------------------------------------------------------
  28 template< class _TTree >
  29 fpa::IO::MinimumSpanningTreeReader< _TTree >::
  30 MinimumSpanningTreeReader( )
  31   : Superclass( ),
  32     m_FileName( "" )
  33 {
  34   this->SetNumberOfRequiredInputs( 0 );
  35   this->SetNumberOfRequiredOutputs( 0 );
  36   typename _TTree::Pointer out = _TTree::New( );
  37   this->itk::ProcessObject::SetNthOutput( 0, out.GetPointer( ) );
  38 }
  39
  40 // -------------------------------------------------------------------------
  41 template< class _TTree >
  42 fpa::IO::MinimumSpanningTreeReader< _TTree >::
  43 ~MinimumSpanningTreeReader( )
  44 {
  45 }
  46
  47 // -------------------------------------------------------------------------
  48 template< class _TTree >
  49 void fpa::IO::MinimumSpanningTreeReader< _TTree >::
  50 GenerateData( )
  51 {
  52   _TTree* tree = this->GetOutput( );
  53
  54   char* buff = NULL;
  55   std::ifstream file(
  56     this->m_FileName.c_str( ),
  57     std::ios::in | std::ios::binary | std::ios::ate
  58     );
  59   if( !file )
  60   {
  61     itkExceptionMacro(
  62       << "Error opening file to read a minimum spanning tree: \""
  63       << this->m_FileName
  64       << "\""
  65       );
  66     return;
  67
  68   } // fi
  69
  70   // Put all file into a memory buffer
  71   auto size = file.tellg( );
  72   buff = new char[ size ];
  73   file.seekg( 0, std::ios::beg );
  74   file.read ( buff, size );
  75   file.close( );
  76   std::istringstream in( buff );
  77
  78   // Read basic data
  79   unsigned int dim, fill_queue;
  80   in >> dim >> fill_queue;
  81   tree->SetFillNodeQueue( fill_queue == 1 );
  82
  83   // Read regions
  84   typename _TTree::IndexType li, ri, bi;
  85   typename _TTree::SizeType ls, rs, bs;
  86   li.Fill( 0 );
  87   ri = bi = li;
  88   ls.Fill( 0 );
  89   rs = bs = ls;
  90   for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
  91     if( d < _TTree::ImageDimension )
  92       in >> li[ d ] >> ls[ d ];
  93   for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
  94     if( d < _TTree::ImageDimension )
  95       in >> ri[ d ] >> rs[ d ];
  96   for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
  97     if( d < _TTree::ImageDimension )
  98       in >> bi[ d ] >> bs[ d ];
  99   typename _TTree::RegionType lr, rr, br;
 100   lr.SetIndex( li ); lr.SetSize( ls );
 101   rr.SetIndex( ri ); rr.SetSize( rs );
 102   br.SetIndex( bi ); br.SetSize( bs );
 103
 104   // Read spatial information
 105   typename _TTree::SpacingType   spc;
 106   typename _TTree::PointType     ori;
 107   typename _TTree::DirectionType dir;
 108   for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 109     if( d < _TTree::ImageDimension )
 110       in >> ori[ d ];
 111   for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 112     if( d < _TTree::ImageDimension )
 113       in >> spc[ d ];
 114   for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 115   {
 116     if( d < _TTree::ImageDimension )
 117     {
 118       for( unsigned int e = 0; e < dim; ++e )
 119         if( e < _TTree::ImageDimension )
 120           in >> dir[ d ][ e ];
 121
 122     } // fi
 123
 124   } // rof
 125
 126   // Allocate memory and prepare it
 127   tree->SetLargestPossibleRegion( lr );
 128   tree->SetRequestedRegion( rr );
 129   tree->SetBufferedRegion( br );
 130   tree->SetOrigin( ori );
 131   tree->SetSpacing( spc );
 132   tree->SetDirection( dir );
 133   tree->Allocate( );
 134   tree->Clear( );
 135
 136   // Read collisions
 137   typedef typename _TTree::TCollision     _TCollision;
 138   typedef typename _TTree::TCollisionsRow _TCollisionsRow;
 139   typename _TTree::TCollisions coll;
 140   unsigned long coll_size;
 141   in >> coll_size;
 142   for( unsigned long i = 0; i < coll_size; ++i )
 143   {
 144     coll.push_back( _TCollisionsRow( ) );
 145
 146     unsigned long row_size;
 147     in >> row_size;
 148     for( unsigned long j = 0; j < row_size; ++j )
 149     {
 150       typename _TTree::IndexType v;
 151       for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 152         if( d < _TTree::ImageDimension )
 153           in >> v[ d ];
 154       unsigned int b;
 155       in >> b;
 156       coll[ i ].push_back( _TCollision( v, b == 1 ) );
 157
 158     } // rof
 159
 160   } // rof
 161   tree->SetCollisions( coll );
 162
 163   // Read vertices
 164   while( !in.eof( ) )
 165   {
 166     short fid;
 167     double cost;
 168     typename _TTree::IndexType v;
 169     typename _TTree::IndexType::OffsetType p;
 170     in >> fid >> cost;
 171     for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 172       if( d < _TTree::ImageDimension )
 173         in >> v[ d ];
 174     for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 175       if( d < _TTree::ImageDimension )
 176         in >> p[ d ];
 177     tree->SetNode( v, v + p, fid, cost );
 178
 179   } // elihw
 180
 181   // Free buffer
 182   delete [] buff;
 183 }
 184
 185 #endif // __FPA__IO__MINIMUMSPANNINGTREEREADER__HXX__
 186
 187 // eof - $RCSfile$