lib/ivq/ITK/ImageSkeletonWriter.hxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5 #ifndef __ivq__ITK__ImageSkeletonWriter__hxx__
   6 #define __ivq__ITK__ImageSkeletonWriter__hxx__
   7
   8 #include <fstream>
   9
  10 // -------------------------------------------------------------------------
  11 template< class _TSkeleton >
  12 void ivq::ITK::ImageSkeletonWriter< _TSkeleton >::
  13 Update( )
  14 {
  15   TSkeleton* input = const_cast< TSkeleton* >( this->GetInput( ) );
  16   if( input != NULL )
  17   {
  18     input->UpdateOutputInformation( );
  19     input->UpdateOutputData( );
  20     this->GenerateData( );
  21     this->ReleaseInputs( );
  22
  23   } // fi
  24 }
  25
  26 // -------------------------------------------------------------------------
  27 template< class _TSkeleton >
  28 ivq::ITK::ImageSkeletonWriter< _TSkeleton >::
  29 ImageSkeletonWriter( )
  30   : Superclass( ),
  31     m_FileName( "" )
  32 {
  33   ivqITKInputConfigureMacro( Input, TSkeleton );
  34 }
  35
  36 // -------------------------------------------------------------------------
  37 template< class _TSkeleton >
  38 ivq::ITK::ImageSkeletonWriter< _TSkeleton >::
  39 ~ImageSkeletonWriter( )
  40 {
  41 }
  42
  43 // -------------------------------------------------------------------------
  44 template< class _TSkeleton >
  45 void ivq::ITK::ImageSkeletonWriter< _TSkeleton >::
  46 GenerateData( )
  47 {
  48   // Write base information
  49   std::stringstream out1, out2;
  50   out1 << TSkeleton::Dimension << std::endl;
  51
  52   // Skeleton data
  53   bool ok = false;
  54   const TSkeleton* sk = this->GetInput( );
  55   typename TMatrix::const_iterator mIt = sk->BeginEdgesRows( );
  56   if( mIt != sk->EndEdgesRows( ) )
  57   {
  58     typename TMatrixRow::const_iterator rIt = mIt->second.begin( );
  59     if( rIt != mIt->second.end( ) )
  60     {
  61       typename TEdges::const_iterator eIt = rIt->second.begin( );
  62       if( eIt != rIt->second.end( ) )
  63       {
  64         const TPath* path = *eIt;
  65         if( path != NULL )
  66         {
  67           ok = true;
  68           typename TPath::TSpacing spa = path->GetSpacing( );
  69           for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  70             out1 << spa[ d ] << " ";
  71           out1 << std::endl;
  72           typename TPath::TDirection dir = path->GetDirection( );
  73           for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  74             for( unsigned int e = 0; e < TSkeleton::Dimension; ++e )
  75               out1 << dir[ d ][ e ] << " ";
  76           out1 << std::endl;
  77           typename TPath::TPoint ori = path->GetOrigin( );
  78           for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  79             out1 << ori[ d ] << " ";
  80           out1 << std::endl;
  81
  82           // End points
  83           std::vector< TVertex > end_points = sk->GetEndPoints( );
  84           out1 << end_points.size( ) << std::endl;
  85           typename std::vector< TVertex >::const_iterator epIt = end_points.begin( );
  86           for( ; epIt != end_points.end( ); ++epIt )
  87           {
  88             for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  89               out1 << ( *epIt )[ d ] << " ";
  90             out1 << std::endl;
  91
  92           } // rof
  93
  94           // Bifurcations
  95           std::vector< TVertex > bifurcations = sk->GetBifurcations( );
  96           out1 << bifurcations.size( ) << std::endl;
  97           typename std::vector< TVertex >::const_iterator bIt = bifurcations.begin( );
  98           for( ; bIt != bifurcations.end( ); ++bIt )
  99           {
 100             for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
 101               out1 << ( *bIt )[ d ] << " ";
 102             out1 << std::endl;
 103
 104           } // rof
 105
 106           // Write paths
 107           unsigned long pathCount = 0;
 108           mIt = sk->BeginEdgesRows( );
 109           for( ; mIt != sk->EndEdgesRows( ); ++mIt )
 110           {
 111             typename TMatrixRow::const_iterator rIt = mIt->second.begin( );
 112             for( ; rIt != mIt->second.end( ); ++rIt )
 113             {
 114               typename TEdges::const_iterator eIt = rIt->second.begin( );
 115               for( ; eIt != rIt->second.end( ); ++eIt )
 116               {
 117                 TPath* path = *eIt;
 118                 pathCount++;
 119                 unsigned int size = path->GetSize( );
 120                 out2 << size << std::endl;
 121                 for( unsigned int i = 0; i < path->GetSize( ); ++i )
 122                 {
 123                   TVertex v = path->GetVertex( i );
 124                   for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
 125                     out2 << v[ d ] << " ";
 126
 127                 } // rof
 128                 out2 << std::endl;
 129
 130               } // rof
 131
 132             } // rof
 133
 134           } // rof
 135           out1 << pathCount << std::endl << out2.str( );
 136
 137         } // fi
 138
 139       } // fi
 140
 141     } // fi
 142
 143   } // fi
 144
 145   if( !ok )
 146   {
 147     for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
 148       out1 << "0 ";
 149     out1 << std::endl;
 150     for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
 151       for( unsigned int e = 0; e < TSkeleton::Dimension; ++e )
 152         out1 << "0 ";
 153     out1 << std::endl;
 154     for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
 155       out1 << "0 ";
 156     out1 << std::endl;
 157     out1 << "0" << std::endl;
 158     out1 << "0" << std::endl;
 159
 160   } // fi
 161
 162   // Real write
 163   std::ofstream file_stream( this->m_FileName.c_str( ), std::ofstream::binary );
 164   if( !file_stream )
 165     itkExceptionMacro(
 166       << "Unable to write skeleton to \""
 167       << this->m_FileName
 168       << "\""
 169       );
 170   file_stream.write( out1.str( ).c_str( ), out1.str( ).size( ) );
 171 }
 172
 173 #endif // __ivq__ITK__ImageSkeletonWriter__hxx__
 174
 175 // eof - $RCSfile$