lib/ivq/ITK/IsoImageSlicer.hxx

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   2 // @author: Leonardo Florez-Valencia
   3 // @email: florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =======================================================================
   5 #ifndef __ivq__ITK__IsoImageSlicer__hxx__
   6 #define __ivq__ITK__IsoImageSlicer__hxx__
   7
   8 // -------------------------------------------------------------------------
   9 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
  10 unsigned long ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  11 GetMTime( ) const
  12 {
  13   unsigned long t = this->Superclass::GetMTime( );
  14   unsigned long sT = this->m_Slicer->GetMTime( );
  15   unsigned long cT = this->m_Collapsor->GetMTime( );
  16   unsigned long tT = this->m_Transform->GetMTime( );
  17   t = ( sT > t )? sT: t;
  18   t = ( cT > t )? cT: t;
  19   t = ( tT > t )? tT: t;
  20   return( t );
  21 }
  22
  23 // -------------------------------------------------------------------------
  24 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
  25 const typename ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  26 TInterpolateFunction*
  27 ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  28 GetInterpolator( ) const
  29 {
  30   return( this->m_Slicer->GetInterpolator( ) );
  31 }
  32
  33 // -------------------------------------------------------------------------
  34 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
  35 const typename ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  36 TMatrix& ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  37 GetRotation( ) const
  38 {
  39   return( this->m_Transform->GetMatrix( ) );
  40 }
  41
  42 // -------------------------------------------------------------------------
  43 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
  44 const typename ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  45 TVector& ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  46 GetTranslation( ) const
  47 {
  48   return( this->m_Transform->GetOffset( ) );
  49 }
  50
  51 // -------------------------------------------------------------------------
  52 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
  53 void ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  54 SetInterpolator( TInterpolateFunction* f )
  55 {
  56   this->m_Slicer->SetInterpolator( f );
  57   this->Modified( );
  58 }
  59
  60 // -------------------------------------------------------------------------
  61 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
  62 void ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  63 SetSize( TScalar s )
  64 {
  65   this->m_Size.Fill( s );
  66   this->Modified( );
  67 }
  68
  69 // -------------------------------------------------------------------------
  70 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
  71 ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  72 BaseImageSlicer( )
  73   : Superclass( ),
  74     m_SizeFromMaximum( false ),
  75     m_SizeFromMinimum( false ),
  76     m_Spacing( TSpacingValue( 1 ) ),
  77     m_SpacingFromMaximum( false ),
  78     m_SpacingFromMinimum( false )
  79 {
  80   this->m_Size.Fill( TScalar( 1 ) );
  81
  82   // Slicer
  83   this->m_Slicer = TSlicer::New( );
  84
  85   TIndex idx;
  86   idx.Fill( 0 );
  87   this->m_Slicer->SetOutputStartIndex( idx );
  88
  89   // Dimension collapsor
  90   this->m_Collapsor = TCollapsor::New( );
  91   this->m_Collapsor->SetInput( this->m_Slicer->GetOutput( ) );
  92   this->m_Collapsor->SetDirectionCollapseToIdentity( );
  93
  94   this->m_Transform = TTransform::New( );
  95   this->m_Transform->SetIdentity( );
  96 }
  97
  98 // -------------------------------------------------------------------------
  99 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
 100 ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
 101 ~BaseImageSlicer( )
 102 {
 103 }
 104
 105 // -------------------------------------------------------------------------
 106 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
 107 void ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
 108 GenerateOutputInformation( )
 109 {
 110 }
 111
 112 // -------------------------------------------------------------------------
 113 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
 114 void ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
 115 GenerateInputRequestedRegion( )
 116 {
 117   TImage* input = const_cast< TImage* >( this->GetInput( ) );
 118   if( input != NULL )
 119     input->SetRequestedRegionToLargestPossibleRegion( );
 120 }
 121
 122 // -------------------------------------------------------------------------
 123 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
 124 void ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
 125 GenerateData( )
 126 {
 127   const TImage* input = this->GetInput( );
 128
 129   // Spacing
 130   TSpacing spac;
 131   if( this->m_SpacingFromMaximum || this->m_SpacingFromMinimum )
 132   {
 133     spac = input->GetSpacing( );
 134     TSpacingValue minIso = spac[ 0 ];
 135     TSpacingValue maxIso = spac[ 0 ];
 136     for( unsigned int i = 1; i < Self::Dim; i++ )
 137     {
 138       minIso = ( spac[ i ] < minIso )? spac[ i ]: minIso;
 139       maxIso = ( spac[ i ] > maxIso )? spac[ i ]: maxIso;
 140
 141     } // rof
 142     this->m_Spacing = ( this->m_SpacingFromMinimum )? minIso: maxIso;
 143
 144   } // fi
 145   spac.Fill( this->m_Spacing );
 146
 147   // Size and origin
 148   if( this->m_SizeFromMaximum || this->m_SizeFromMinimum )
 149   {
 150     TSize iSize = input->GetRequestedRegion( ).GetSize( );
 151     TSpacing iSpac = input->GetSpacing( );
 152     TScalar minSize = TScalar( iSize[ 0 ] ) * TScalar( iSpac[ 0 ] );
 153     TScalar maxSize = minSize;
 154     for( unsigned int i = 1; i < Self::Dim; i++ )
 155     {
 156       TScalar v = TScalar( iSize[ i ] ) * TScalar( iSpac[ i ] );
 157       minSize = ( v < minSize )? v: minSize;
 158       maxSize = ( v > maxSize )? v: maxSize;
 159
 160     } // rof
 161     if( this->m_SizeFromMaximum )
 162       this->m_Size.Fill( maxSize );
 163     else
 164       this->m_Size.Fill( minSize );
 165
 166   } // fi
 167
 168   TSize size;
 169   typename TSlicer::OriginPointType origin;
 170   size[ 0 ] = 1;
 171   origin[ 0 ] = 0;
 172   for( unsigned int i = 1; i < Self::Dim; i++ )
 173   {
 174     double s = double( this->m_Size[ i ] ) / double( spac[ i ] );
 175     size[ i ] = ( unsigned int )( s );
 176     origin[ i ] = -( 0.5 * this->m_Size[ i ] );
 177
 178   } // rof
 179
 180   // Prepare slicer
 181   this->m_Slicer->SetInput( input );
 182   this->m_Slicer->SetTransform( this->m_Transform );
 183   this->m_Slicer->SetOutputSpacing( spac );
 184   this->m_Slicer->SetOutputOrigin( origin );
 185   this->m_Slicer->SetSize( size );
 186   this->m_Slicer->SetDefaultPixelValue( this->m_DefaultValue );
 187
 188   // Slice!
 189   // Note: UpdateLargestPossibleRegion( ) is used since we need the
 190   // output regions to be updated at each filter call.
 191   this->m_Slicer->UpdateLargestPossibleRegion( );
 192
 193   // Collapse result
 194   TRegion region = this->m_Slicer->GetOutput( )->GetRequestedRegion( );
 195   TSize regionSize = region.GetSize( );
 196   regionSize[ 0 ] = 0;
 197   region.SetSize( regionSize );
 198   this->m_Collapsor->SetExtractionRegion( region );
 199
 200   this->m_Collapsor->GraftOutput( this->GetOutput( ) );
 201   this->m_Collapsor->UpdateLargestPossibleRegion( );
 202   this->GraftOutput( this->m_Collapsor->GetOutput( ) );
 203 }
 204
 205 #endif // __ivq__ITK__IsoImageSlicer__hxx__
 206
 207 // eof - $RCSfile$