lib/ivq/ITK/IsoImageSlicer.hxx

   1 /* =======================================================================
   2  * @author: Leonardo Florez-Valencia
   3  * @email: florez-l@javeriana.edu.co
   4  * =======================================================================
   5  */
   6
   7 #ifndef __ivq__ITK__IsoImageSlicer__hxx__
   8 #define __ivq__ITK__IsoImageSlicer__hxx__
   9
  10 // -------------------------------------------------------------------------
  11 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
  12 unsigned long ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  13 GetMTime( ) const
  14 {
  15   unsigned long t = this->Superclass::GetMTime( );
  16   unsigned long sT = this->m_Slicer->GetMTime( );
  17   unsigned long cT = this->m_Collapsor->GetMTime( );
  18   unsigned long tT = this->m_Transform->GetMTime( );
  19   t = ( sT > t )? sT: t;
  20   t = ( cT > t )? cT: t;
  21   t = ( tT > t )? tT: t;
  22   return( t );
  23 }
  24
  25 // -------------------------------------------------------------------------
  26 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
  27 const typename ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  28 TInterpolateFunction*
  29 ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  30 GetInterpolator( ) const
  31 {
  32   return( this->m_Slicer->GetInterpolator( ) );
  33 }
  34
  35 // -------------------------------------------------------------------------
  36 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
  37 const typename ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  38 TMatrix& ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  39 GetRotation( ) const
  40 {
  41   return( this->m_Transform->GetMatrix( ) );
  42 }
  43
  44 // -------------------------------------------------------------------------
  45 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
  46 const typename ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  47 TVector& ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  48 GetTranslation( ) const
  49 {
  50   return( this->m_Transform->GetOffset( ) );
  51 }
  52
  53 // -------------------------------------------------------------------------
  54 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
  55 void ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  56 SetInterpolator( TInterpolateFunction* f )
  57 {
  58   this->m_Slicer->SetInterpolator( f );
  59   this->Modified( );
  60 }
  61
  62 // -------------------------------------------------------------------------
  63 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
  64 void ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  65 SetSize( TScalar s )
  66 {
  67   this->m_Size.Fill( s );
  68   this->Modified( );
  69 }
  70
  71 // -------------------------------------------------------------------------
  72 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
  73 ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
  74 BaseImageSlicer( )
  75   : Superclass( ),
  76     m_SizeFromMaximum( false ),
  77     m_SizeFromMinimum( false ),
  78     m_Spacing( TSpacingValue( 1 ) ),
  79     m_SpacingFromMaximum( false ),
  80     m_SpacingFromMinimum( false )
  81 {
  82   this->m_Size.Fill( TScalar( 1 ) );
  83
  84   // Slicer
  85   this->m_Slicer = TSlicer::New( );
  86
  87   TIndex idx;
  88   idx.Fill( 0 );
  89   this->m_Slicer->SetOutputStartIndex( idx );
  90
  91   // Dimension collapsor
  92   this->m_Collapsor = TCollapsor::New( );
  93   this->m_Collapsor->SetInput( this->m_Slicer->GetOutput( ) );
  94   this->m_Collapsor->SetDirectionCollapseToIdentity( );
  95
  96   this->m_Transform = TTransform::New( );
  97   this->m_Transform->SetIdentity( );
  98 }
  99
 100 // -------------------------------------------------------------------------
 101 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
 102 ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
 103 ~BaseImageSlicer( )
 104 {
 105 }
 106
 107 // -------------------------------------------------------------------------
 108 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
 109 void ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
 110 GenerateOutputInformation( )
 111 {
 112 }
 113
 114 // -------------------------------------------------------------------------
 115 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
 116 void ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
 117 GenerateInputRequestedRegion( )
 118 {
 119   TImage* input = const_cast< TImage* >( this->GetInput( ) );
 120   if( input != NULL )
 121     input->SetRequestedRegionToLargestPossibleRegion( );
 122 }
 123
 124 // -------------------------------------------------------------------------
 125 template< class _TSlicer, class _TInterpolateFunction >
 126 void ivq::ITK::BaseImageSlicer< _TSlicer, _TInterpolateFunction >::
 127 GenerateData( )
 128 {
 129   const TImage* input = this->GetInput( );
 130
 131   // Spacing
 132   TSpacing spac;
 133   if( this->m_SpacingFromMaximum || this->m_SpacingFromMinimum )
 134   {
 135     spac = input->GetSpacing( );
 136     TSpacingValue minIso = spac[ 0 ];
 137     TSpacingValue maxIso = spac[ 0 ];
 138     for( unsigned int i = 1; i < Self::Dim; i++ )
 139     {
 140       minIso = ( spac[ i ] < minIso )? spac[ i ]: minIso;
 141       maxIso = ( spac[ i ] > maxIso )? spac[ i ]: maxIso;
 142
 143     } // rof
 144     this->m_Spacing = ( this->m_SpacingFromMinimum )? minIso: maxIso;
 145
 146   } // fi
 147   spac.Fill( this->m_Spacing );
 148
 149   // Size and origin
 150   if( this->m_SizeFromMaximum || this->m_SizeFromMinimum )
 151   {
 152     TSize iSize = input->GetRequestedRegion( ).GetSize( );
 153     TSpacing iSpac = input->GetSpacing( );
 154     TScalar minSize = TScalar( iSize[ 0 ] ) * TScalar( iSpac[ 0 ] );
 155     TScalar maxSize = minSize;
 156     for( unsigned int i = 1; i < Self::Dim; i++ )
 157     {
 158       TScalar v = TScalar( iSize[ i ] ) * TScalar( iSpac[ i ] );
 159       minSize = ( v < minSize )? v: minSize;
 160       maxSize = ( v > maxSize )? v: maxSize;
 161
 162     } // rof
 163     if( this->m_SizeFromMaximum )
 164       this->m_Size.Fill( maxSize );
 165     else
 166       this->m_Size.Fill( minSize );
 167
 168   } // fi
 169
 170   TSize size;
 171   typename TSlicer::OriginPointType origin;
 172   size[ 0 ] = 1;
 173   origin[ 0 ] = 0;
 174   for( unsigned int i = 1; i < Self::Dim; i++ )
 175   {
 176     double s = double( this->m_Size[ i ] ) / double( spac[ i ] );
 177     size[ i ] = ( unsigned int )( s );
 178     origin[ i ] = -( 0.5 * this->m_Size[ i ] );
 179
 180   } // rof
 181
 182   // Prepare slicer
 183   this->m_Slicer->SetInput( input );
 184   this->m_Slicer->SetTransform( this->m_Transform );
 185   this->m_Slicer->SetOutputSpacing( spac );
 186   this->m_Slicer->SetOutputOrigin( origin );
 187   this->m_Slicer->SetSize( size );
 188   this->m_Slicer->SetDefaultPixelValue( this->m_DefaultValue );
 189
 190   // Slice!
 191   // Note: UpdateLargestPossibleRegion( ) is used since we need the
 192   // output regions to be updated at each filter call.
 193   this->m_Slicer->UpdateLargestPossibleRegion( );
 194
 195   // Collapse result
 196   TRegion region = this->m_Slicer->GetOutput( )->GetRequestedRegion( );
 197   TSize regionSize = region.GetSize( );
 198   regionSize[ 0 ] = 0;
 199   region.SetSize( regionSize );
 200   this->m_Collapsor->SetExtractionRegion( region );
 201
 202   this->m_Collapsor->GraftOutput( this->GetOutput( ) );
 203   this->m_Collapsor->UpdateLargestPossibleRegion( );
 204   this->GraftOutput( this->m_Collapsor->GetOutput( ) );
 205 }
 206
 207 #endif // __ivq__ITK__IsoImageSlicer__hxx__
 208
 209 // eof - $RCSfile$