lib/maracasVisuLib/src/kernel/include/marAxisCT.h

   1 /*# ---------------------------------------------------------------------
   2 #
   3 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   4 #                        pour la Sant�)
   5 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   6 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   7 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   8 #
   9 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  10 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  11 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  12 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  13 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  14 #  or in the file LICENSE.txt.
  15 #
  16 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  17 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  18 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  19 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  20 #  liability.
  21 #
  22 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  23 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  24 # ------------------------------------------------------------------------ */
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  26 /*=========================================================================
  27
  28   Program:   wxMaracas
  29   Module:    $RCSfile: marAxisCT.h,v $
  30   Language:  C++
  31   Date:      $Date: 2012/11/15 14:15:31 $
  32   Version:   $Revision: 1.2 $
  33
  34   Copyright: (c) 2002, 2003
  35   License:
  36
  37      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  38      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  39      PURPOSE.  See the above copyright notice for more information.
  40
  41 =========================================================================*/
  42
  43 #ifndef __MAR__KERNEL__AXISCT__HXX__
  44 #define __MAR__KERNEL__AXISCT__HXX__
  45
  46
  47
  48 #include <marAxis.h>
  49 #include <marAxisContours.h>
  50 #include <marPoint.h>
  51 #include <marIsocontour.h>
  52 #include <vector>
  53 #include <list>
  54
  55 class MAR_KERNEL_EXPORT marAxisCT : public marAxis
  56 {
  57
  58 public:
  59
  60
  61         marAxisCT(  );
  62         marContour*             getContour( int point , kVolume* vol, int index );              // DATA-MODEL-2D
  63         vtkPoints*              get3Dcontour(   int point , kVolume* vol, int index );          // VISUALISATION-VTK 3D
  64         vtkPolyData*    get2Dcontour(   int point , kVolume* vol, int index );          // VISUALISATION-VTK 2D
  65         vtkPoints*              get2DDiameterMin(       int point , kVolume* vol, int index );          // VISUALISATION-VTK 3D
  66         vtkPoints*              get2DDiameterMax(       int point , kVolume* vol, int index );          // VISUALISATION-VTK 3D
  67         int                             getSignal(int point, int index, kVolume* vol);
  68         void                    updateLumenPercentage(int point, kVolume* vol);
  69         void                    updateCalcPercentage(int point, kVolume* vol);
  70
  71         void                    replaceContour2D(int point,int size,double *vx,double *vy, int type);
  72
  73         marContourVO*   searchContour(int type, int point);
  74         int                     getNumberOfContours(int point, kVolume* vol);
  75         int                     getContourType(int point, int index, kVolume* vol  );
  76         void            createEmptyContours();
  77         void            eraseContours();
  78         void            eraseContoursPartial(int start);
  79
  80         void                    histogram(int point, kVolume* vol);
  81         void            setCalibration(bool calib);
  82         bool            getCalibration();
  83
  84         int                     getStartIndex();
  85         void            setStartIndex(int start);
  86
  87         int                     getPointSize();
  88         marPoint*       getPoint(int i);
  89         void            markUpLumen(int point, kVolume* vol);
  90         void            generateFile(int point,kVolume* vol);
  91
  92         void            cleanContours(int type, int point);
  93         double          performXOR(int type, int point, std::vector<marIsocontour *> manual, kVolume* vol);
  94         double          performAND(int type, int point, std::vector<marIsocontour *> manual, kVolume* vol);
  95         double          performUnion(int type, int point, std::vector<marIsocontour *> manual, kVolume* vol);
  96         marIsocontour*  loadMarIsocontour(int size, double *vx, double *vy);
  97
  98
  99 private:
 100
 101         void                    createContours(         int point       , kVolume* vol );
 102         void                    create3Dcontours(       int point       , kVolume* vol );
 103         void                    create2Dcontours(       int point       , kVolume* vol );
 104         void                    create2DDiametersMin(int point  , kVolume* vol );
 105         void                    create2DDiametersMax(int point  , kVolume* vol );
 106         void                    createSignals (int point, kVolume* vol);
 107         void                    generatePoints(int point, kVolume* vol, std::vector<marIsocontour*> *list);
 108         int                             getMaximumGrad(std::vector <marPoint *> list, int iniPos, int limit, double threshold);
 109         int                             getMinimumGrad(std::vector <marPoint *> list, int iniPos, int limit, double threshold);
 110         double                  interpolate(double x, double y, vtkImageData* imagedata);
 111         void                    generateVector(int dir,int *coordBase,double originX,double originY,double *x,double *y);
 112         bool                    detectNeighbor(marIsocontour* contour,int dir, int type);
 113         marIsocontour*  addPointToContour(marIsocontour* cont ,bool inside,int type,marPoint* point);
 114         void                    unifyDividedStructure(std::vector<marIsocontour*> *contList);
 115         double                  getStatistics(marIsocontour* contour, double x, double y, vtkImageData* imagedata);
 116         double                  getCalcStatistics(marIsocontour* contour, double x, double y, vtkImageData* imagedata,int i);
 117         int                             round(double num);
 118         int                             getMaxIntensity(int point);
 119         bool                    pointInPolygon(marIsocontour *c, double x, double y);
 120         marIsocontour*  parsePolyDataToMarIsocontour(marContourVO* contourVO);
 121
 122         marIsocontour*  filterContour(marIsocontour* contExt, marIsocontour* contInt, double radio);
 123
 124         double                  obtainContourArea(marIsocontour*contour);
 125         void                    adjustWall(int point, kVolume* vol);
 126         void                    adjustCalcification(int point, kVolume* vol);
 127         void                    adjustContour(int point, kVolume* vol);
 128         int                             maxValue(std::vector <double> list);
 129         int                             getDiameter(marContourVO* contourVO, double x, double y, int limInfX, int limInfY, int limSupX, int limSupY);
 130
 131         int                             searchData(std::vector<double> vec, double value);
 132
 133         void                    extractLumen(vtkImageData *lumenImage, marIsocontour *lumenContour, int point);
 134         double                  avgValue;
 135         double                  stdValue;
 136         int                             startIndex;
 137         double                  maxSignal;
 138
 139
 140
 141                                 //      Contours per slice
 142
 143         //Eliminados
 144         //      marIsocontour*  shrinkContour(marIsocontour *cont, double thresh, vtkImageData* imageData, double radio);
 145
 146 };
 147
 148 #endif // __MAR__KERNEL__AXISCT__HXX__