lib/maracasVisuLib/src/kernel/include/marExperiment.h

   1 /*# ---------------------------------------------------------------------
   2 #
   3 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   4 #                        pour la Sant�)
   5 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   6 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   7 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   8 #
   9 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  10 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  11 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  12 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  13 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  14 #  or in the file LICENSE.txt.
  15 #
  16 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  17 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  18 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  19 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  20 #  liability.
  21 #
  22 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  23 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  24 # ------------------------------------------------------------------------ */
  25
  26 /*=========================================================================
  27
  28   Program:   wxMaracas
  29   Module:    $RCSfile: marExperiment.h,v $
  30   Language:  C++
  31   Date:      $Date: 2012/11/15 14:15:31 $
  32   Version:   $Revision: 1.2 $
  33
  34   Copyright: (c) 2002, 2003
  35   License:
  36
  37      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  38      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  39      PURPOSE.  See the above copyright notice for more information.
  40
  41 =========================================================================*/
  42 #ifndef __MAR__KERNEL__EXPERIMENT__HXX__
  43 #define __MAR__KERNEL__EXPERIMENT__HXX__
  44
  45 #include <vector>
  46 #include "volume.hxx"
  47 #include "marAxis.h"
  48 #include "marDynData.h"
  49 #include "GestionBifurcations.h"
  50
  51 class MAR_KERNEL_EXPORT marExperiment : public marObject
  52 {
  53
  54 public:
  55
  56   marExperiment( marParameters* p = NULL );
  57   ~marExperiment( );
  58
  59   wxString& getDescription( ) { return( _description ); };
  60   void setDescription( wxString& d )    { _description = d; };
  61
  62   marDynData* getDynData( )     { return( _dynData ); };
  63
  64   void getVOI( int* voi ) { memcpy( voi, _voi, sizeof( int ) * 6 ); };
  65   void setVOI( int* voi ) { memcpy( _voi, voi, sizeof( int ) * 6 ); };
  66
  67   void initExperiment( kVolume* volume );
  68
  69   void setStartPoint( int* sp )
  70   {
  71     setStartPoint( sp[ 0 ], sp[ 1 ], sp[ 2 ] );
  72   }
  73
  74   void setStartPoint( int sx, int sy, int sz );
  75   void extractVascularTree( int sens = 1, double *vit=NULL, int cleanLevel=0 );
  76   void DeleteAxis ( unsigned int index );
  77
  78 //  marContour* generateContour( int slice, int x, int y, std::vector< double* >* points);
  79   vtkPolyData* generateContour( int slice, int x, int y, std::vector< double* >* points);
  80
  81   void applyChangeResolution( );
  82
  83   int getNumberOfAxes( )
  84   {
  85     return( _axes.size( ) - 1 );
  86   };
  87
  88   marAxis* getAxis( int i = -1 )
  89   {
  90     return( _axes[ i + 1 ] );
  91   };
  92
  93   void appendAxis( marAxis* ax )
  94   {
  95     _axes.push_back( ax );
  96     _axes[ 0 ] = ax;
  97   }
  98
  99   void setAxis( int i )
 100   {
 101     _axes[ 0 ] = _axes[ i + 1 ];
 102   }
 103
 104   int   getQuantStart( )  { return _axes[0]->getStartQuant( );};
 105   int   getQuantFinish( ) { return _axes[0]->getFinishQuant( );};
 106   void  backQuant( );
 107
 108   void prepareQuantification( );
 109
 110   marContour*           getContour( int i )                     { return(_axes[0]->getContour           ( i ,  _dynData->getVolume( )  ));      };
 111   vtkImageData*         getSliceImage( int i )          { return(_axes[0]->getSliceImage        ( i ,  _dynData->getVolume( )  ));      };
 112   vtkProbeFilter*       get3DSlice( int i )                     { return(_axes[0]->get3DSlice           ( i ,  _dynData->getVolume( )  ));      };
 113   vtkPoints*            get3Dcontour( int i )           { return(_axes[0]->get3Dcontour         ( i ,  _dynData->getVolume( )  ));      };
 114   vtkPolyData*          get2Dcontour( int i )           { return(_axes[0]->get2Dcontour         ( i ,  _dynData->getVolume( )  ));      };
 115   vtkPoints*            get2DDiameterMin( int i )       { return(_axes[0]->get2DDiameterMin     ( i ,  _dynData->getVolume( )  ));      };
 116   vtkPoints*            get2DDiameterMax( int i )       { return(_axes[0]->get2DDiameterMax     ( i ,  _dynData->getVolume( )  ));      };
 117   double                        getTotalLength()                        { return _axes[0]->getTotalLength() * _dynData->getActualVoxel() ;              };
 118   double                        getSubAxisLength()                      { return _axes[0]->getSubAxisLength() * _dynData->getActualVoxel();             };
 119   double                        getReferenceArea()                      { return _axes[0]->getReferenceArea( _dynData->getVolume( ));                   };
 120   double                        getReferenceAverDiam()          { return _axes[0]->getReferenceAverDiam( _dynData->getVolume( ));               };
 121
 122   double                        getAverageArea(int pIni, int pEnd) {return _axes[0]->getAverageArea(pIni,pEnd, _dynData->getVolume( ) );                };
 123   int                           getNumberOfSlices( )            { return _axes[0]->getNumberOfContours();                                                               };
 124
 125   void calculateAxesSignal( );
 126   void prepareContourImages( );
 127
 128   void ClearContours();
 129   void RegenerateAxis();
 130   void RegenerateSignal();
 131   void RecalculateAxis();
 132
 133   //General methods.
 134   void reset( );
 135   void copyFrom( const marObject& from );
 136
 137   //Persistence methods.
 138   bool save( std::ofstream& os );
 139   bool load( std::ifstream& is );
 140
 141 private:
 142
 143   wxString _description;
 144   marDynData* _dynData;
 145   int _voi[ 6 ];
 146   int _startPoint[ 3 ];
 147
 148   std::vector< marAxis* > _axes;
 149 };
 150
 151 #endif // __MAR__KERNEL__EXPERIMENT__HXX__