lib/maracasVisuLib/src/kernel/include/marInterfaceCT.h

   1 /*# ---------------------------------------------------------------------
   2 #
   3 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   4 #                        pour la Sant�)
   5 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   6 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   7 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   8 #
   9 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  10 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  11 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  12 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  13 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  14 #  or in the file LICENSE.txt.
  15 #
  16 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  17 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  18 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  19 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  20 #  liability.
  21 #
  22 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  23 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  24 # ------------------------------------------------------------------------ */
  25
  26 /*# ---------------------------------------------------------------------
  27 #
  28 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
  29 #                        pour la Sant�)
  30 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
  31 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
  32 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
  33 #
  34 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  35 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  36 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  37 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  38 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  39 #  or in the file LICENSE.txt.
  40 #
  41 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  42 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  43 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  44 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  45 #  liability.
  46 #
  47 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  48 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  49 # ------------------------------------------------------------------------ */
  50
  51 /*=========================================================================
  52
  53   Program:   wxMaracas
  54   Module:    $RCSfile: marInterfaceCT.h,v $
  55   Language:  C++
  56   Date:      $Date: 2012/11/15 14:15:31 $
  57   Version:   $Revision: 1.2 $
  58
  59   Copyright: (c) 2002, 2003
  60   License:
  61
  62      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  63      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  64      PURPOSE.  See the above copyright notice for more information.
  65
  66 =========================================================================*/
  67 #ifndef __MAR__KERNEL__INTERFACECT__HXX__
  68 #define __MAR__KERNEL__INTERFACECT__HXX__
  69
  70 //#include "marDicom.h"
  71 #include "marDicomBase.h"
  72 #include "marKVolume.h"
  73 #include "marExperimentCT.h"
  74 #include "marAxisCT.h"
  75 #include "marDynData.h"
  76
  77
  78
  79
  80 class MAR_KERNEL_EXPORT marInterfaceCT
  81 {
  82   public:
  83
  84     marInterfaceCT( );
  85     ~marInterfaceCT( );
  86
  87     bool loadParameters( std::string pFile );
  88     bool saveParameters( std::string pFile );
  89
  90     bool loadParameters( ) {return loadParameters(m_paramFileName);}
  91     bool saveParameters( ) {return saveParameters(m_paramFileName);}
  92
  93     bool initExperiment( );
  94
  95     bool saveExperiment( std::string nFile );
  96 //    bool loadExperiment( wxString nFile );
  97     bool loadExperiment( std::string nFile );
  98
  99     void reset( );
 100
 101         void            SetParamFileName(std::string pFileName);
 102         std::string GetParamFileName();
 103         void            SetDicom(marFilesBase *dicom);
 104
 105         void appendAxis( marAxis* ax );
 106         marAxisCT* getAxis( int i = -1 ) ;
 107         void setAxis( int i );
 108
 109         int   getQuantStart( );
 110         int   getQuantFinish( );
 111
 112
 113         void prepareQuantification( );
 114
 115
 116         vtkImageData*           getSliceImage( int i );
 117         vtkProbeFilter* get3DSlice( int i );
 118         double                  getTotalLength();
 119         double                  getSubAxisLength();
 120         double                  getReferenceArea();
 121         double                  getReferenceAverDiam();
 122         double                  getAverageArea(int pIni, int pEnd);
 123         int                             getNumberOfSlices( );
 124
 125         marContour*             getContour( int point, int contour );
 126     vtkPoints*          get3Dcontour( int point, int contour );
 127     vtkPolyData*        get2Dcontour( int point, int contour );
 128     vtkPoints*          get2DDiameterMin( int point, int contour );
 129     vtkPoints*          get2DDiameterMax( int point, int contour );
 130
 131         marParameters*  getParameters();
 132         marDynData*             getDynData();
 133
 134         void getVOI( int* voi ) { _experiment->getVOI(voi); };
 135         void setVOI( int* voi ) { _experiment->setVOI(voi); };
 136         int getActualQuant( );
 137         int getHealthySlice( );
 138         int getHealthySliceStart( );
 139         int getHealthySliceEnd( );
 140         void setHealthySlice( int hsS, int hs, int hsE );
 141         void setActualQuant(int act);
 142
 143         void replaceContour2D(int i,int size,double *vx,double *vy);
 144         void replaceContour2D(int size,double *vx,double *vy, int type);
 145         void cleanContours(int type);
 146         void EraseContour(int i);
 147
 148         void ClearContours();
 149     void RegenerateAxis();
 150     void RegenerateSignal();
 151     void RecalculateAxis();
 152         void ClearContoursPartial(int start);
 153
 154         void getMinMax( double& min, double& max );
 155
 156         int getNumberOfContours(int point);
 157
 158         void updateLumenPercentage(int percentage);
 159         void updateCalcPercentage(int percentage);
 160         void updateDiscontinuityThreshold(int percentage);
 161
 162         marIsocontour* loadMarIsocontour(int size, double *vx, double *vy);
 163         double performXOR(int type, std::vector<marIsocontour*> manual);
 164         double performAND(int type, std::vector<marIsocontour*> manual);
 165         double performUnion(int type, std::vector<marIsocontour*> manual);
 166
 167         void histogram(int point) ;
 168
 169
 170
 171
 172         int     getContourType(int point, int index);
 173         void                            setCalibration(bool calib);
 174         bool                            getCalibration();
 175         void                            setStartIndex(int start);
 176
 177         int                                     getPointSize();
 178         marPoint*                       getPoint(int i);
 179         void                            markUpLumen(int point);
 180         void                            generateFile();
 181
 182         marExperimentCT* GetExperiment();
 183
 184     marFilesBase*               _dicom;
 185         marParameters*          _parameters;
 186
 187
 188 protected:
 189         std::string m_paramFileName;
 190
 191 private:
 192         marExperimentCT*        _experiment;
 193 };
 194
 195 #endif // __MAR__KERNEL__INTERFACECT__HXX__