lib/maracasVisuLib/src/kernel/include/marSimpleDicom.cpp

   1 /*# ---------------------------------------------------------------------
   2 #
   3 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   4 #                        pour la Sant�)
   5 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   6 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   7 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   8 #
   9 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  10 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  11 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  12 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  13 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  14 #  or in the file LICENSE.txt.
  15 #
  16 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  17 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  18 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  19 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  20 #  liability.
  21 #
  22 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  23 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  24 # ------------------------------------------------------------------------ */
  25
  26 /*=========================================================================
  27
  28  Program:   wxMaracas
  29  Module:    $RCSfile: marSimpleDicom.cpp,v $
  30  Language:  C++
  31  Date:      $Date: 2012/11/15 14:15:31 $
  32  Version:   $Revision: 1.2 $
  33
  34   Copyright: (c) 2002, 2003
  35   License:
  36
  37    This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  38    the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  39    PURPOSE.  See the above copyright notice for more information.
  40
  41 =========================================================================*/
  42
  43 #ifdef _MSC_VER
  44 #pragma warning ( disable : 4786 )
  45 #pragma warning ( disable : 4251 )
  46 #endif //_MSC_VER
  47
  48 // PS -> #include "gdcm.h"
  49 #include "marSimpleDicom.h"
  50 #include <wx/file.h>
  51 #include <wx/filename.h>
  52 #include <wx/dir.h>
  53 #include <vector>
  54 #include <string>
  55 // PS -> #include "vtkGdcmReader.h"
  56 #include <vtkImageChangeInformation.h>
  57 #include <vtkImageCast.h>
  58 #include <vtkImageResample.h>
  59 #include <vtkImageShiftScale.h>
  60 // PS -> #include <gdcmHeaderHelper.h>
  61 #include <vtkCommand.h>
  62 #include <vtkUnsignedShortArray.h>
  63 #include <vtkPointData.h>
  64
  65 #include <wx/gauge.h>
  66 #include <wx/app.h>
  67
  68
  69
  70 //----------------------------------------------------------------------------
  71 // Callback for the interaction
  72 class marProgressObserver : public vtkCommand
  73 {
  74 public:
  75         static marProgressObserver *New()
  76     { return new marProgressObserver; }
  77     marProgressObserver()
  78     {
  79                 this->FrameGauge = NULL;
  80     }
  81         virtual void Execute(vtkObject *wdg, unsigned long event, void* calldata)
  82     {
  83                 if ( this->FrameGauge )
  84         {
  85                         int val = this->FrameGauge->GetValue();
  86                         this->FrameGauge->SetValue( val + 1);
  87                         //wxYield();
  88                         //wxSafeYield();
  89                         //wxYieldIfNeeded();
  90                         //wxWakeUpIdle();
  91                         //wxSafeYield( this->FrameGauge, FALSE);
  92         }
  93     }
  94         wxGauge *FrameGauge;
  95 };
  96 //----------------------------------------------------------------------------
  97
  98
  99 static char* DicomTagsNames[] = {
 100     "ID_File_Name",
 101                 "ID_SOP_Class_UID",                     //!0008 0016 UI ID SOP Class UID
 102                 "ID_SOP_Instance_UID",                  //!0008 0018 UI ID SOP Instance UID
 103                 "ID_Study_Date",                        //!0008 0020 DA ID Study Date
 104                 "ID_Series_Date",                       //!0008 0021 DA ID Series Date
 105                 "ID_Acquisition_Date",                  //!0008 0022 DA ID Acquisition Date
 106                 "ID_Image_Date",                        //!0008 0023 DA ID Image Date
 107                 "ID_Study_Time",                        //!0008 0030 TM ID Study Time
 108                 "ID_Series_Time",                       //!0008 0031 TM ID Series Time
 109                 "ID_Acquisition_Time",                  //!0008 0032 TM ID Acquisition Time
 110                 "ID_Image_Time",                        //!0008 0033 TM ID Image Time
 111                 "ID_Modality",                          //!0008 0060 CS ID Modality
 112                 "ID_Manufacturer",                      //!0008 0070 LO ID Manufacturer
 113                 "ID_Institution_Name",                  //!0008 0080 LO ID Institution Name
 114                 "ID_Study_Description",                 //!0008 1030 LO ID Study Description
 115                 "ID_Series_Description",                //!0008 103e LO ID Series Description
 116                 "ID_Admitting_Diagnoses_Description",   //!0008 1080 LO ID Admitting Diagnoses Description
 117                 "ID_Patient_Name",                      //!0010 0010 PN PAT Patient Name
 118                 "ID_Patient_ID",                        //!0010 0020 LO PAT Patient ID
 119                 "ID_Body_Part_Examined",                //!0018 0015 CS ACQ Body Part Examined
 120                 "ID_Scanning_Sequence",                 //!0018 0020 CS ACQ Scanning Sequence
 121                 "ID_Sequence_Variant",                  //!0018 0021 CS ACQ Sequence Variant
 122                 "ID_Scan_Options",                      //!0018 0022 CS ACQ Scan Options
 123                 "ID_MR_Acquisition_Type",               //!0018 0023 CS ACQ MR Acquisition Type
 124                 "ID_Sequence_Name",                     //!0018 0024 SH ACQ Sequence Name
 125                 "ID_Slice_Thickness",                   //!0018 0050 DS ACQ Slice Thickness
 126                 "ID_Repetition_Time",                   //!0018 0080 DS ACQ Repetition Time
 127                 "ID_Echo_Time",                         //!0018 0081 DS ACQ Echo Time
 128                 "ID_Inversion_Time",                    //!0018 0082 DS ACQ Inversion Time
 129                 "ID_Number_of_Averages",                //!0018 0083 DS ACQ Number of Averages
 130                 "ID_Imaging_Frequency",                 //!0018 0084 DS ACQ Imaging Frequency
 131                 "ID_Imaged_Nucleus",                    //!0018 0085 SH ACQ Imaged Nucleus
 132                 "ID_Echo_Number",                       //!0018 0086 IS ACQ Echo Number
 133                 "ID_Magnetic_Field_Strength",           //!0018 0087 DS ACQ Magnetic Field Strength
 134                 "ID_Spacing_Between_Slices",            //!0018 0088 DS ACQ Spacing Between Slices
 135                 "ID_Echo_Train_Length",                 //!0018 0091 IS ACQ Echo Train Length
 136                 "ID_Percent_Sampling",                  //!0018 0093 DS ACQ Percent Sampling
 137                 "ID_Percent_Phase_Field_of_View",       //!0018 0094 DS ACQ Percent Phase Field of View
 138                 "ID_Receiving_Coil",                    //!0018 1250 SH ACQ Receiving Coil
 139                 "ID_Patient_Position",                  //!0018 5100 CS ACQ Patient Position
 140                 "ID_Study_Instance_UID",                //!0020 000d UI REL Study Instance UID
 141                 "ID_Series_Instance_UID",               //!0020 000e UI REL Series Instance UID
 142                 "ID_Study_ID",                          //!0020 0010 SH REL Study ID
 143                 "ID_Series_Number",                     //!0020 0011 IS REL Series Number
 144                 "ID_Acquisition_Number",                //!0020 0012 IS REL Acquisition Number
 145                 "ID_Image_Number",                      //!0020 0013 IS REL Image Number
 146                 "ID_Patient_Orientation",               //!0020 0020 CS REL Patient Orientation
 147                 "ID_Image_Position",                    //!0020 0030 RET REL Image Position
 148                 "ID_Image_Position_Patient",            //!0020 0032 DS REL Image Position Patient
 149                 "ID_Image_Orientation",                 //!0020 0035 RET REL Image Orientation
 150                 "ID_Image_Orientation_Patient",         //!0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
 151                 "ID_Location",                          //!0020 0050 RET REL Location
 152                 "ID_Frame_of_Reference_UID",            //!0020 0052 UI REL Frame of Reference UID
 153                 "ID_Slice_Location",                    //!0020 1041 DS REL Slice Location
 154                 "ID_Image_Comments",                    //!0020 4000 LT REL Image Comments
 155                 "ID_Pixel_Spacing",                     //!0028 0030 DS IMG Pixel Spacing
 156                 "ID_Window_Center",                     //!0028 1050 DS IMG Window Center
 157                 "ID_Window_Width",                      //!0028 1051 DS IMG Window Width
 158 };
 159
 160 // -------------------------------------------------------------------------
 161 marSimpleDicom::marSimpleDicom( marParameters* p )
 162 : marFilesBase( p ), m_pSlicesPixels(NULL),
 163 m_ActualStudy(0), m_ActualSerie(0)
 164 // PS -> ,helper(NULL)
 165 {
 166         // FillDicomInfo( );
 167 }
 168
 169 // -------------------------------------------------------------------------
 170 marSimpleDicom::~marSimpleDicom(){
 171         reset( );
 172 }
 173
 174
 175
 176 /** Conversion de wxString en string. */
 177 //#define ws2s(as) (string(as.GetData()))
 178 /** Conversion de string en wxString. */
 179 #define s2ws(s) (wxString((s).c_str()))
 180 /** Conversion de C-string en wxString. */
 181 //#define cs2ws(s) (wxString(s))
 182
 183 // -------------------------------------------------------------------------
 184 // PS -> wxArrayString marGdcmDicom::gdcmGetExamInfo( wxString directoryname )
 185 // PS -> {
 186 // PS ->        wxArrayString temparray;
 187 // PS ->        temparray.Alloc( 58 );
 188 // PS ->
 189 // PS ->        wxDir dir(directoryname);
 190 // PS ->        wxString filename;
 191 // PS ->        bool cont = dir.GetFirst( &filename, "*", wxDIR_FILES );
 192 // PS ->        filename = directoryname + "/" + filename;
 193 // PS ->
 194 // PS ->        std::string val;
 195 // PS ->
 196 // PS ->        gdcmHeader GdcmHeader( filename.c_str() );
 197 // PS ->        temparray.Add( filename );                                             //    "ID_File_Name",
 198 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0008,0x0016).c_str() );//    "ID_SOP_Class_UID",         //0008 0016 UI ID SOP Class UID
 199 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0008,0x0018).c_str() );//    "ID_SOP_Instance_UID",      //0008 0018 UI ID SOP Instance UID
 200 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0008,0x0020).c_str() );//    "ID_Study_Date",            //0008 0020 DA ID Study Date
 201 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0008,0x0021).c_str() );//    "ID_Series_Date",           //0008 0021 DA ID Series Date
 202 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0008,0x0022).c_str() );//    "ID_Acquisition_Date",      //0008 0022 DA ID Acquisition Date
 203 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0008,0x0023).c_str() );//    "ID_Image_Date",            //0008 0023 DA ID Image Date
 204 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0008,0x0030).c_str() );//    "ID_Study_Time",            //0008 0030 TM ID Study Time
 205 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0008,0x0031).c_str() );//    "ID_Series_Time",           //0008 0031 TM ID Series Time
 206 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0008,0x0032).c_str() );//    "ID_Acquisition_Time",      //0008 0032 TM ID Acquisition Time
 207 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0008,0x0033).c_str() );//    "ID_Image_Time",            //0008 0033 TM ID Image Time
 208 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0008,0x0060).c_str() );//    "ID_Modality",              //0008 0060 CS ID Modality
 209 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0008,0x0070).c_str() );//    "ID_Manufacturer",          //0008 0070 LO ID Manufacturer
 210 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0008,0x0080).c_str() );//    "ID_Institution_Name",      //0008 0080 LO ID Institution Name
 211 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0008,0x1030).c_str() );//    "ID_Study_Description",     //0008 1030 LO ID Study Description
 212 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0008,0x103e).c_str() );//    "ID_Series_Description",    //0008 103e LO ID Series Description
 213 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0008,0x1080).c_str() );//    "ID_Admitting_Diagnoses_Description", //0008 1080 LO ID Admitting Diagnoses Description
 214 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0010,0x0010).c_str() );//    "ID_Patient_Name",          //0010 0010 PN PAT Patient Name
 215 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0010,0x0020).c_str() );//    "ID_Patient_ID",            //0010 0020 LO PAT Patient ID
 216 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0015).c_str() );//    "ID_Body_Part_Examined",    //0018 0015 CS ACQ Body Part Examined
 217 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0020).c_str() );//    "ID_Scanning_Sequence",     //0018 0020 CS ACQ Scanning Sequence
 218 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0021).c_str() );//    "ID_Sequence_Variant",      //0018 0021 CS ACQ Sequence Variant
 219 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0022).c_str() );//    "ID_Scan_Options",          //0018 0022 CS ACQ Scan Options
 220 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0023).c_str() );//    "ID_MR_Acquisition_Type",   //0018 0023 CS ACQ MR Acquisition Type
 221 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0024).c_str() );//    "ID_Sequence_Name",         //0018 0024 SH ACQ Sequence Name
 222 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0050).c_str() );//    "ID_Slice_Thickness",       //0018 0050 DS ACQ Slice Thickness
 223 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0080).c_str() );//    "ID_Repetition_Time",       //0018 0080 DS ACQ Repetition Time
 224 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0081).c_str() );//    "ID_Echo_Time",             //0018 0081 DS ACQ Echo Time
 225 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0082).c_str() );//    "ID_Inversion_Time",        //0018 0082 DS ACQ Inversion Time
 226 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0083).c_str() );//    "ID_Number_of_Averages",    //0018 0083 DS ACQ Number of Averages
 227 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0084).c_str() );//    "ID_Imaging_Frequency",     //0018 0084 DS ACQ Imaging Frequency
 228 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0085).c_str() );//    "ID_Imaged_Nucleus",        //0018 0085 SH ACQ Imaged Nucleus
 229 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0086).c_str() );//    "ID_Echo_Number",           //0018 0086 IS ACQ Echo Number
 230 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0087).c_str() );//    "ID_Magnetic_Field_Strength", //0018 0087 DS ACQ Magnetic Field Strength
 231 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0088).c_str() );//    "ID_Spacing_Between_Slices",  //0018 0088 DS ACQ Spacing Between Slices
 232 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0091).c_str() );//    "ID_Echo_Train_Length",     //0018 0091 IS ACQ Echo Train Length
 233 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0093).c_str() );//    "ID_Percent_Sampling",      //0018 0093 DS ACQ Percent Sampling
 234 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x0094).c_str() );//    "ID_Percent_Phase_Field_of_View", //0018 0094 DS ACQ Percent Phase Field of View
 235 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x1250).c_str() );//    "ID_Receiving_Coil",        //0018 1250 SH ACQ Receiving Coil
 236 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0018,0x5100).c_str() );//    "ID_Patient_Position",      //0018 5100 CS ACQ Patient Position
 237 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0020,0x000d).c_str() );//    "ID_Study_Instance_UID",    //0020 000d UI REL Study Instance UID
 238 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0020,0x000e).c_str() );//    "ID_Series_Instance_UID",   //0020 000e UI REL Series Instance UID
 239 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0020,0x0010).c_str() );//    "ID_Study_ID",              //0020 0010 SH REL Study ID
 240 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0020,0x0011).c_str() );//    "ID_Series_Number",         //0020 0011 IS REL Series Number
 241 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0020,0x0012).c_str() );//    "ID_Acquisition_Number",    //0020 0012 IS REL Acquisition Number
 242 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0020,0x0013).c_str() );//    "ID_Image_Number",          //0020 0013 IS REL Image Number
 243 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0020,0x0020).c_str() );//    "ID_Patient_Orientation",   //0020 0020 CS REL Patient Orientation
 244 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0020,0x0030).c_str() );//    "ID_Image_Position",        //0020 0030 RET REL Image Position
 245 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0020,0x0032).c_str() );//    "ID_Image_Position_Patient",  //0020 0032 DS REL Image Position Patient
 246 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0020,0x0035).c_str() );//    "ID_Image_Orientation",     //0020 0035 RET REL Image Orientation
 247 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0020,0x0037).c_str() );//    "ID_Image_Orientation_Patient", //0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
 248 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0020,0x0050).c_str() );//    "ID_Location",              //0020 0050 RET REL Location
 249 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0020,0x0052).c_str() );//    "ID_Frame_of_Reference_UID",  //0020 0052 UI REL Frame of Reference UID
 250 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0020,0x1041).c_str() );//    "ID_Slice_Location",        //0020 1041 DS REL Slice Location
 251 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0020,0x4000).c_str() );//    "ID_Image_Comments",        //0020 4000 LT REL Image Comments
 252 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0028,0x0030).c_str() );//    "ID_Pixel_Spacing",         //0028 0030 DS IMG Pixel Spacing
 253 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0028,0x1050).c_str() );//    "ID_Window_Center",         //0028 1050 DS IMG Window Center
 254 // PS ->        temparray.Add( GdcmHeader.GetPubElValByNumber(0x0028,0x1051).c_str() );//    "ID_Window_Width",          //0028 1051 DS IMG Window Width
 255 // PS ->
 256 // PS ->        return temparray;
 257 // PS ->
 258 // PS -> }
 259 #undef s2ws
 260 // ----------------------------------------------------------------------------
 261 // PS -> void marGdcmDicom::FillDicomInfo()
 262 // PS -> {
 263 // PS ->        reset();
 264 // PS ->
 265 // PS ->        //!\todo FIXME : m_DicomInfo.size() == 0
 266 // PS ->        //if( m_DicomInfo.size() == 0 )
 267 // PS ->        {
 268 // PS ->                wxString file,subsubdir, subdir, rootdir = getParameters( )->getStringParam( marParameters::e_dicom_images_directory );
 269 // PS ->                wxDir dir(rootdir);
 270 // PS ->                bool cont = dir.GetFirst( &subdir, "*", wxDIR_DIRS );
 271 // PS ->                while ( cont )
 272 // PS ->                {
 273 // PS ->                        subdir = rootdir + "/" + subdir;
 274 // PS ->
 275 // PS ->                        SerieInfo tempserie;
 276 // PS ->                        wxDir dir2( subdir );
 277 // PS ->                        bool cont2 = dir2.GetFirst( &subsubdir, "*", wxDIR_DIRS );
 278 // PS ->                        while ( cont2 )
 279 // PS ->                        {
 280 // PS ->                                subsubdir = subdir + "/" + subsubdir;
 281 // PS ->                                wxArrayString temptemp(gdcmGetExamInfo(subsubdir));
 282 // PS ->                                tempserie.push_back(temptemp);
 283 // PS ->                                cont2 = dir2.GetNext(&subsubdir);
 284 // PS ->                        }
 285 // PS ->
 286 // PS ->                        m_DicomInfo.push_back( tempserie );
 287 // PS ->                        cont = dir.GetNext(&subdir);
 288 // PS ->                }
 289 // PS ->        }
 290 // PS -> }
 291 //-------------------------------------------------------------------------
 292 void marSimpleDicom::loadActualSerie( wxGauge* gauge)
 293 {
 294         // PS ->   #ifdef DXMM
 295         loadVolumeDXMM( true , gauge);
 296         // PS ->   #else
 297         // PS ->   loadVolume( true , gauge);
 298         // PS ->   #endif
 299 }
 300
 301 // -------------------------------------------------------------------------
 302 // PS -> void marGdcmDicom::loadVolume( bool force , wxGauge *gauge)
 303 // PS -> {
 304 // PS ->   float spacing[3];
 305 // PS ->   vtkGdcmReader *gdcmReader = NULL;
 306 // PS ->
 307 // PS ->   if( force || !_volume )
 308 // PS ->   {
 309 // PS ->     freeVolume( );
 310 // PS ->
 311 // PS ->     wxFileName temp(m_DicomInfo[m_ActualStudy][m_ActualSerie][ID_File_Name]);
 312 // PS ->
 313 // PS ->     helper = new gdcmSerieHeaderHelper();
 314 // PS ->     helper->SetDirectory( temp.GetPath(wxPATH_GET_VOLUME | wxPATH_GET_SEPARATOR ).c_str() );
 315 // PS ->     helper->OrderGdcmFileList();
 316 // PS ->
 317 // PS ->     std::list<gdcmHeaderHelper*> flist = helper->GetGdcmFileList();
 318 // PS ->     if( flist.size() > 0)
 319 // PS ->     {
 320 // PS ->       gdcmReader = vtkGdcmReader::New();
 321 // PS ->       for(std::list<gdcmHeaderHelper*>::iterator it = flist.begin(); it != flist.end(); it++ )
 322 // PS ->       {
 323 // PS ->         gdcmReader->AddFileName( (*it)->GetFileName().c_str() );
 324 // PS ->       }
 325 // PS ->     } // fi
 326 // PS ->   } // fi
 327 // PS ->
 328 // PS ->   marProgressObserver *progressEvent = marProgressObserver::New();
 329 // PS ->   progressEvent->FrameGauge = gauge;
 330 // PS ->   //gdcmReader->AddObserver( vtkCommand::ProgressEvent, progressEvent);
 331 // PS ->   progressEvent->Delete();
 332 // PS ->
 333 // PS ->   //To simplyfy calculation later I turn Origin to (0, 0, 0)
 334 // PS ->   //this shouldn't be 'trop grave'
 335 // PS ->   vtkImageChangeInformation *change = vtkImageChangeInformation::New();
 336 // PS ->   change->SetInput( gdcmReader->GetOutput() );
 337 // PS ->   change->SetOutputOrigin( 0, 0, 0);
 338 // PS ->   change->Update();
 339 // PS ->
 340 // PS ->   float *range = change->GetOutput()->GetScalarRange();
 341 // PS ->
 342 // PS ->   //Our algorithm are made based on unsigned short pixel/voxel:
 343 // PS ->   //We need to cast our imagedata
 344 // PS ->   vtkImageCast *cast = vtkImageCast::New();
 345 // PS ->   cast->SetInput( change->GetOutput() );
 346 // PS ->   cast->SetOutputScalarTypeToUnsignedShort();
 347 // PS ->   cast->Update(); //important
 348 // PS ->
 349 // PS ->   //As I need to shift & scale I don't need anymore vtkImageCast:
 350 // PS -> /*  vtkImageShiftScale *shift = vtkImageShiftScale::New();
 351 // PS ->   shift->SetInput( change->GetOutput() );
 352 // PS ->   shift->SetShift( -range[0] );
 353 // PS ->   shift->SetScale( VTK_UNSIGNED_SHORT_MAX / (range[1] - range[0]) );
 354 // PS ->   shift->SetOutputScalarTypeToUnsignedShort();
 355 // PS ->   shift->Update();*/
 356 // PS ->
 357 // PS ->   cast->GetOutput()->GetSpacing( spacing );
 358 // PS ->   getParameters( )->setDoubleParam( marParameters::e_voxel_x_dimension, spacing[0] );
 359 // PS ->   getParameters( )->setDoubleParam( marParameters::e_voxel_y_dimension, spacing[1] );
 360 // PS ->   getParameters( )->setDoubleParam( marParameters::e_voxel_z_dimension, spacing[2] );
 361 // PS ->
 362 // PS ->   //FIXME: kVolume doesn't need to be -again- matrix rotated (done in vtkGdcmReader)!!
 363 // PS ->   _volume = new kVolume( cast->GetOutput() );
 364 // PS ->
 365 // PS ->   //!\todo thanks
 366 // PS ->   if(gdcmReader) gdcmReader->Delete();
 367 // PS ->   cast->Delete();
 368 // PS ->   change->Delete();
 369 // PS -> }
 370
 371 void marSimpleDicom::loadVolumeDXMM( bool force , wxGauge *gauge)
 372 {
 373 // PS ->
 374 // PS ->  FILE *stream;
 375 // PS ->  char string[20];
 376 // PS ->  wxString prefix, fileParam, fileVol, rootdir;
 377 // PS ->  rootdir=wxString("c:/temp");
 378 // PS ->  wxDir dir(rootdir);
 379 // PS ->  int dimX, dimY, dimZ;
 380 // PS ->  float spacing[3];
 381 // PS ->  vtkImageReader *volVTK = NULL;
 382 // PS ->
 383 // PS ->  fileParam = rootdir + "/" + "paramDxMM.txt";
 384 // PS ->  stream = fopen(fileParam.c_str(),"r");
 385 // PS ->
 386 // PS ->  wxString errorMsg;
 387 // PS ->  errorMsg= "Cannot open file "+fileParam;
 388 // PS ->  wxASSERT_MSG(stream!=NULL,errorMsg);
 389 // PS ->
 390 // PS ->  fscanf(stream,"%s", string);
 391 // PS ->  dimX = atoi(string);
 392 // PS ->  fscanf(stream,"%s", string);
 393 // PS ->  dimY = atoi(string);
 394 // PS ->  fscanf(stream,"%s", string);
 395 // PS ->  dimZ = atoi(string);
 396 // PS ->  fscanf(stream,"%s", string);
 397 // PS ->  spacing[0] = atof(string);
 398 // PS ->  fscanf(stream,"%s", string);
 399 // PS ->  spacing[1] = atof(string);
 400 // PS ->  fscanf(stream,"%s", string);
 401 // PS ->  spacing[2] = atof(string);
 402 // PS ->  fclose(stream);
 403 // PS ->
 404 // PS ->  getParameters( )->setDoubleParam( marParameters::e_voxel_x_dimension, spacing[0] );
 405 // PS ->  getParameters( )->setDoubleParam( marParameters::e_voxel_y_dimension, spacing[1] );
 406 // PS ->  getParameters( )->setDoubleParam( marParameters::e_voxel_z_dimension, spacing[2] );
 407 // PS ->
 408 // PS ->  if( force || !_volume )
 409 // PS ->  {
 410 // PS ->        freeVolume( );
 411 // PS ->  } // fi
 412 // PS ->
 413 // PS ->  marProgressObserver *progressEvent = marProgressObserver::New();
 414 // PS ->  progressEvent->FrameGauge = gauge;
 415 // PS ->  progressEvent->Delete();
 416 // PS ->
 417 // PS ->  prefix = rootdir + "/" + "imaDxMM";
 418 // PS ->  volVTK = vtkImageReader::New();
 419 // PS ->  volVTK->SetDataByteOrderToLittleEndian();
 420 // PS ->  volVTK->SetDataScalarTypeToUnsignedShort();
 421 // PS ->  volVTK->SetDataExtent(0, dimX-1, 0, dimY-1, 0, dimZ-1);
 422 // PS ->  volVTK->SetFilePrefix( prefix.c_str() );
 423 // PS ->  volVTK->SetFilePattern( "%s%d.raw");
 424 // PS ->  volVTK->SetDataSpacing(spacing[0],spacing[1],spacing[2]);
 425 // PS ->  volVTK->Update();
 426 // PS ->  vtkImageResample* ir = vtkImageResample::New( );
 427 // PS ->  ir->SetInput(volVTK->GetOutput());
 428 // PS ->  ir->SetDimensionality( 3 );
 429 // PS ->  ir->SetAxisOutputSpacing( 0, getParameters( )->getVoxelSize( ) );
 430 // PS ->  ir->SetAxisOutputSpacing( 1, getParameters( )->getVoxelSize( ) );
 431 // PS ->  ir->SetAxisOutputSpacing( 2, getParameters( )->getVoxelSize( ) );
 432 // PS ->  ir->InterpolateOn( );
 433 // PS ->  ir->Update( );    //important
 434 // PS ->
 435 // PS ->  _volume = new kVolume( ir->GetOutput( ) );
 436 // PS ->
 437 // PS ->  //!\todo thanks
 438 // PS ->  if (ir) ir->Delete( );
 439 // PS ->  if(volVTK) volVTK->Delete();
 440
 441         if (m_pSlicesPixels!=NULL)
 442         {
 443                 vtkUnsignedShortArray * dataArray=vtkUnsignedShortArray::New();
 444
 445                 int iRow,iColumn,iSlice,iPixel;
 446
 447                 int iiSlice;
 448                 for (iiSlice=0;iiSlice<m_nSlices;iiSlice++)
 449                 {
 450                         if (_investSliceOrder==false) {
 451                                 iSlice=iiSlice;
 452                         } else {
 453                                 iSlice=(iiSlice*(-1)) + m_nSlices - 1;
 454                         }
 455
 456                         for (iRow=0;iRow<m_nY;iRow++)
 457                         {
 458                                 for (iColumn=0;iColumn<m_nX;iColumn++)
 459                                 {
 460                                         iPixel=(m_nSlices-1-iSlice)*m_nX*m_nY + (m_nY-1-iRow)*m_nX + iColumn;
 461                                         dataArray->InsertNextValue(m_pSlicesPixels[iPixel]);
 462                                 }
 463                         }
 464                 }
 465                 vtkImageData*imgData=vtkImageData::New();
 466                 imgData->SetDimensions(m_nX,m_nY,m_nSlices);
 467                 imgData->SetSpacing(m_PixelSpacingRow,m_PixelSpacingColumn,m_PixelSpacingSlice);
 468                 imgData->SetOrigin(0,0,0);
 469                 imgData->SetScalarTypeToUnsignedShort();
 470                 imgData->GetPointData()->SetScalars(dataArray);
 471
 472
 473                 // TO DO : remplir le vtkImageResample
 474                 vtkImageResample* ir = vtkImageResample::New();
 475                 ir->SetInput(imgData);
 476                 ir->SetDimensionality( 3 );
 477                 ir->SetAxisOutputSpacing( 0, getParameters()->getVoxelSize() );
 478                 ir->SetAxisOutputSpacing( 1, getParameters()->getVoxelSize() );
 479                 ir->SetAxisOutputSpacing( 2, getParameters()->getVoxelSize() );
 480                 ir->InterpolateOn( );
 481                 ir->Update( );    //important
 482
 483 // EED
 484 //              _volume = new kVolume( ir->GetOutput( ) );
 485                 SetVolume( new kVolume( ir->GetOutput()  )  );
 486
 487                 //!\todo thanks
 488                 if (ir) ir->Delete();
 489                 if(imgData) imgData->Delete();
 490                 if(dataArray) dataArray->Delete();
 491         getParameters( )->setDoubleParam( marParameters::e_RescaleSlope    , m_RescaleSlope     );
 492         getParameters( )->setDoubleParam( marParameters::e_RescaleIntercept, m_RescaleIntercept );
 493         }
 494
 495 }
 496
 497
 498 // -------------------------------------------------------------------------
 499 void marSimpleDicom::copyFrom( const marObject& from )
 500 { //!\todo TODO
 501 }
 502
 503 // -------------------------------------------------------------------------
 504 bool marSimpleDicom::save( std::ofstream& os )
 505 {
 506 /*  int s = _actualStudy.length( );
 507
 508  os.write( ( const char* )&s, sizeof( int ) );
 509  os.write( ( char* )_actualStudy.c_str( ), s * sizeof( char ) );
 510
 511   s = _actualSerie.length( );
 512
 513    os.write( ( const char* )&s, sizeof( int ) );
 514         os.write( ( char* )_actualSerie.c_str( ), s * sizeof( char ) );*/
 515
 516         for(std::vector<SerieInfo>::iterator it1 = m_DicomInfo.begin();
 517         it1 != m_DicomInfo.end(); it1++ )
 518     {
 519                 for(std::vector<wxArrayString>::iterator it2 = it1->begin();
 520                 it2 != it1->end(); it2++ )
 521         {
 522             for(int i=0; i<it2->GetCount(); i++)
 523                         {
 524                 //wxString temp( it2->Item(i) );
 525                 os << it2->Item(i); //temp;
 526                         }
 527         }
 528     }
 529
 530
 531
 532         return( true );
 533 }
 534
 535 // -------------------------------------------------------------------------
 536 bool marSimpleDicom::load( std::ifstream& is )
 537 {
 538 /*  int s;
 539
 540  reset( );
 541
 542   is.read( ( char* )&s, sizeof( int ) );
 543   _actualStudy.resize( s );
 544   is.read( ( char* )_actualStudy.c_str( ), s * sizeof( char ) );
 545   is.read( ( char* )&s, sizeof( int ) );
 546   _actualSerie.resize( s );
 547         is.read( ( char* )_actualSerie.c_str( ), s * sizeof( char ) );*/
 548
 549         for(std::vector<SerieInfo>::iterator it1 = m_DicomInfo.begin();
 550         it1 != m_DicomInfo.end(); it1++ )
 551     {
 552                 for(std::vector<wxArrayString>::iterator it2 = it1->begin();
 553                 it2 != it1->end(); it2++ )
 554         {
 555             for(int i=0; i<it2->GetCount(); i++)
 556                         {
 557                 std::string temp;
 558                 is >> temp ;
 559                 it2->Add( temp.c_str() );
 560                         }
 561         }
 562     }
 563
 564
 565         return( true );
 566 }
 567
 568 // -------------------------------------------------------------------------
 569 void marSimpleDicom::SetVolumeData( int dimX,
 570                                                                     int dimY,
 571                                                                         int dimZ,
 572                                                                         float spacingX,
 573                                                                         float spacingY,
 574                                                                         float spacingZ,
 575                                                                         float rescaleSlope,
 576                                                                         float rescaleIntercept,
 577                                                                         unsigned short *pixels)
 578 {
 579         m_pSlicesPixels         = pixels;
 580         m_nX                            = dimX;
 581         m_nY                            = dimY;
 582         m_nSlices                       = dimZ;
 583         m_PixelSpacingColumn= spacingX;
 584         m_PixelSpacingRow       = spacingY;
 585         m_PixelSpacingSlice     = spacingZ;
 586         m_RescaleSlope          = rescaleSlope;
 587         m_RescaleIntercept      = rescaleIntercept;
 588 }
 589
 590 // -------------------------------------------------------------------------
 591 void marSimpleDicom::reset( ){
 592 //              freeVolume( );
 593                 //_imageFileNames.Clear( );
 594
 595                 int n = m_DicomInfo.size();
 596                 ///\todo does this clear evrythg ?
 597                 for(int i=0; i<n; i++) {
 598                         m_DicomInfo[i].clear();
 599                 }
 600                 m_DicomInfo.clear();
 601
 602 // PS ->                if(helper)
 603 // PS ->                        delete helper;
 604 // PS ->                helper = NULL;
 605                 m_pSlicesPixels         =       NULL;
 606                 m_nX                            =       0;
 607                 m_nY                            =       0;
 608                 m_nSlices                       =       0;
 609                 m_PixelSpacingColumn=   0;
 610                 m_PixelSpacingRow       =       0;
 611                 m_PixelSpacingSlice     =       0;
 612                 m_RescaleSlope          =       1;
 613                 m_RescaleIntercept      =       0;
 614     }
 615
 616 // -------------------------------------------------------------------------
 617 void marSimpleDicom::SetInvestSliceOrder(bool investSliceOrder){
 618         _investSliceOrder=investSliceOrder;
 619 }
 620 // -------------------------------------------------------------------------
 621