lib/maracasVisuLib/src/kernel/marDicom.cpp

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   wxMaracas
   4   Module:    $RCSfile: marDicom.cpp,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2008/10/31 16:32:54 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright: (c) 2002, 2003
  10   License:
  11
  12      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  13      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14      PURPOSE.  See the above copyright notice for more information.
  15
  16 =========================================================================*/
  17
  18 extern "C"
  19 {
  20 #include <idacr.h>
  21 #include <idacr-restricted.h>
  22 }
  23 #include "marDicom.h"
  24 #include <wx/file.h>
  25
  26 static char* DicomTagsNames[] = {
  27     "ID_File_Name",
  28     "ID_SOP_Class_UID",
  29     "ID_SOP_Instance_UID",
  30     "ID_Study_Date",
  31     "ID_Series_Date",
  32     "ID_Acquisition_Date",
  33     "ID_Image_Date",
  34     "ID_Study_Time",
  35     "ID_Series_Time",
  36     "ID_Acquisition_Time",
  37     "ID_Image_Time",
  38     "ID_Modality",
  39     "ID_Manufacturer",
  40     "ID_Institution_Name",
  41     "ID_Study_Description",
  42     "ID_Series_Description",
  43     "ID_Admitting_Diagnoses_Description",
  44     "ID_Patient_Name",
  45     "ID_Patient_ID",
  46     "ID_Body_Part_Examined",
  47     "ID_Scanning_Sequence",
  48     "ID_Sequence_Variant",
  49     "ID_Scan_Options",
  50     "ID_MR_Acquisition_Type",
  51     "ID_Sequence_Name",
  52     "ID_Slice_Thickness",
  53     "ID_Repetition_Time",
  54     "ID_Echo_Time",
  55     "ID_Inversion_Time",
  56     "ID_Number_of_Averages",
  57     "ID_Imaging_Frequency",
  58     "ID_Imaged_Nucleus",
  59     "ID_Echo_Number",
  60     "ID_Magnetic_Field_Strength",
  61     "ID_Spacing_Between_Slices",
  62     "ID_Echo_Train_Length",
  63     "ID_Percent_Sampling",
  64     "ID_Percent_Phase_Field_of_View",
  65     "ID_Receiving_Coil",
  66     "ID_Patient_Position",
  67     "ID_Study_Instance_UID",
  68     "ID_Series_Instance_UID",
  69     "ID_Study_ID",
  70     "ID_Series_Number",
  71     "ID_Acquisition_Number",
  72     "ID_Image_Number",
  73     "ID_Patient_Orientation",
  74     "ID_Image_Position",
  75     "ID_Image_Position_Patient",
  76     "ID_Image_Orientation",
  77     "ID_Image_Orientation_Patient",
  78     "ID_Location",
  79     "ID_Frame_of_Reference_UID",
  80     "ID_Slice_Location",
  81     "ID_Image_Comments",
  82     "ID_Pixel_Spacing",
  83     "ID_Window_Center",
  84     "ID_Window_Width",
  85 };
  86
  87 // -------------------------------------------------------------------------
  88 marDicom::marDicom( marParameters* p )
  89     : marObject( p ),
  90       _actualStudy( "" ), _actualSerie( "" ),
  91       _volume( NULL )
  92 {
  93 }
  94
  95 // ----------------------------------------------------------------------------
  96 wxArrayString marDicom_SelectDirs( wxString& root )
  97 {
  98     wxArrayString ret;
  99     wxString it, tmp;
 100
 101     tmp = root.c_str( );
 102     tmp += "/*";
 103     it = wxFindFirstFile( tmp, wxDIR );
 104     while( !it.IsEmpty( ) )
 105     {
 106       if( wxFileNameFromPath( it ).Cmp( "." ) != 0 && wxFileNameFromPath( it ).Cmp( ".." ) != 0 )
 107         ret.Add( wxFileNameFromPath( it ) );
 108
 109       it = wxFindNextFile( );
 110     } // fwhile
 111
 112     ret.Sort( );
 113     return( ret );
 114 }
 115
 116 // -------------------------------------------------------------------------
 117 wxArrayString marDicom::getStudies( )
 118 {
 119     return( marDicom_SelectDirs( getParameters( )->getStringParam( marParameters::e_dicom_images_directory ) ) );
 120 }
 121
 122 // -------------------------------------------------------------------------
 123 wxArrayString marDicom::getSeries( )
 124 {
 125     wxString tmp;
 126
 127     tmp = getParameters( )->getStringParam( marParameters::e_dicom_images_directory );
 128     tmp += '/';
 129     tmp += _actualStudy;
 130     return( marDicom_SelectDirs( tmp ) );
 131 }
 132
 133 // -------------------------------------------------------------------------
 134 wxArrayString marDicom::getStudyData( )
 135 {
 136   int i;
 137   char** res;
 138   wxArrayString ret;
 139   wxString cad;
 140
 141   if( _actualStudy != "" ) {
 142     cad = getParameters( )->getStringParam( marParameters::e_dicom_images_directory );
 143     cad += '/';
 144     cad += _actualStudy;
 145
 146     // WARNING : Use of LibIDO to get the information.
 147     res = IdStrGetExamInfo( ( char* )cad.c_str( ), "*" );
 148     for( i = 0; i < ID_dicom_tags_count; i++ )
 149     {
 150       ret.Add( copystring( res[ i ] ) );
 151       delete res[ i ];
 152     } // rof
 153
 154     ret[ID_File_Name] = _actualStudy;
 155     delete res;
 156
 157   } // fi
 158   return( ret );
 159 }
 160
 161 // -------------------------------------------------------------------------
 162 wxArrayString marDicom::getSerieData( )
 163 {
 164     int i;
 165     char** res;
 166     wxArrayString ret;
 167     wxString cad;
 168
 169     if( _actualSerie != "" )
 170     {
 171       // WARNING : Use of LibIDO to get the information.
 172       cad = getParameters( )->getStringParam( marParameters::e_dicom_images_directory );
 173       cad += '/';
 174       cad += _actualStudy;
 175       cad += '/';
 176       cad += _actualSerie;
 177
 178       res = IdStrGetSerieInfo( ( char* )cad.c_str( ), "*" );
 179       for( i = 0; i < ID_dicom_tags_count; i++ )
 180       {
 181         ret.Add( copystring( res[ i ] ) );
 182         delete res[ i ];
 183       } // rof
 184
 185       ret[ ID_File_Name ] = _actualSerie;
 186       delete res;
 187
 188     } // fi
 189     return( ret );
 190 }
 191
 192 // -------------------------------------------------------------------------
 193 wxArrayString marDicom_SelectFiles( wxString& root )
 194 {
 195     wxString it, tmp;
 196     wxArrayString ret;
 197
 198     tmp = root.c_str( );
 199     tmp += "/*";
 200     it = wxFindFirstFile( tmp, wxFILE );
 201     while( !it.IsEmpty( ) )
 202     {
 203       if( IdAcrIsAcrReadable( ( char* )it.c_str( ) ) ) // Check if DICOM
 204         ret.Add( it );
 205
 206       it = wxFindNextFile( );
 207     } // fwhile
 208
 209     ret.Sort( );
 210     return( ret );
 211 }
 212
 213 // -------------------------------------------------------------------------
 214 void marDicom::loadActualSerie( )
 215 {
 216     wxString tmp;
 217
 218     reset( );
 219
 220     tmp = getParameters( )->getStringParam( marParameters::e_dicom_images_directory );
 221     tmp += '/';
 222     tmp += _actualStudy;
 223     tmp += '/';
 224     tmp += _actualSerie;
 225     _imageFileNames = marDicom_SelectFiles( tmp );
 226     loadVolume( true );
 227 }
 228
 229 // -------------------------------------------------------------------------
 230 bool marDicom_ReadAllImageData( wxString& fn,
 231                                 PPIMAGE_USHORT& ima,
 232                                 wxString& number,
 233                                 int& dX, int& dY,
 234                                 double& vX, double& vY, double& vZ )
 235 {
 236     char** tmp;
 237 //    char*  stmp;
 238 //    char*  end;
 239
 240     ima = ( PPIMAGE_USHORT )IdAcrReadFile( ( char* )fn.c_str( ), IMA_USHORT );
 241     dX = IdImaDimX( ima );
 242     dY = IdImaDimY( ima );
 243
 244     tmp = IdAcrInquireIRMInfo( ( char* )fn.c_str( ) );
 245     number = tmp[ 16 ];
 246 //    printf("%s\n", tmp[20]);
 247
 248     //stmp = strtok( tmp[ 20 ], "\\" );
 249     //vX = strtod( stmp, &end );
 250     //stmp = strtok( NULL, "\\" );
 251     //vY = strtod( stmp, &end );
 252
 253     sscanf( tmp[ 20 ], "%lf\\%lf", &vX, &vY);
 254     //vZ = strtod( tmp[ 6 ], &end );
 255     vZ = strtod( tmp[ 6 ], NULL );
 256
 257 //    printf("Vx = %lf  Vy = %lf  Vz = %lf\n", vX, vY, vZ);
 258
 259     //for( int i = 0; i < marDicom::ID_dicom_tags_count; i++ )
 260     //delete tmp[ i ];
 261     //delete tmp;
 262     return( true );
 263
 264 }
 265
 266 // -------------------------------------------------------------------------
 267 void marDicom::loadVolume( bool force )
 268 {
 269 /*
 270 TODO: this function calls 11 534 336 to kVolume::setPixel !!!!
 271 */
 272     wxString number, tmp;
 273     int size, i, j, k, dx, dy, dz, loc;
 274     double vX, vY, vZ;
 275     PPIMAGE_USHORT ima_t;
 276
 277     if( force || !_volume )
 278     {
 279       freeVolume( );
 280       _imageNumbers.Clear( );
 281       dz = _imageFileNames.GetCount( );
 282
 283       if( dz > 0 )
 284       {
 285         tmp = _imageFileNames[0 ];
 286         marDicom_ReadAllImageData( tmp, ima_t, number, dx, dy, vX, vY, vZ );
 287         getParameters( )->setDoubleParam( marParameters::e_voxel_x_dimension, vX );
 288         getParameters( )->setDoubleParam( marParameters::e_voxel_y_dimension, vY );
 289         getParameters( )->setDoubleParam( marParameters::e_voxel_z_dimension, vZ );
 290
 291         printf("dx = %i dy = %i dz = %i vX = %lf vY = %lf vZ = %lf\n", dx, dy, dz, vX, vY, vZ );
 292         _volume = new kVolume( kVolume::USHORT, dx, dy, dz, vX, vY, vZ );
 293         IdImaFree( ima_t );
 294
 295         // Loads real data
 296         for( k = 0; k < dz; k++ )
 297         {
 298           tmp = _imageFileNames[ k ];
 299           marDicom_ReadAllImageData( tmp, ima_t, number, dx, dy, vX, vY, vZ );
 300           _imageNumbers.Add( number.c_str( ) );
 301
 302           for( j = 0; j < dy; j++ )
 303             for( i = 0; i < dx; i++ )
 304               _volume->setPixel( ima_t[ j ][ i ], i, j, k );
 305
 306           IdImaFree( ima_t );
 307
 308         } // rof
 309       } // fi
 310     } // fi
 311 }
 312
 313 // -------------------------------------------------------------------------
 314 void marDicom::freeVolume( )
 315 {
 316     if( _volume ) delete _volume;
 317     _volume = NULL;
 318 }
 319
 320 // -------------------------------------------------------------------------
 321 bool marDicom::setActualStudy( wxString& s )
 322 {
 323     wxString cad;
 324
 325     if( _actualStudy != s )
 326     {
 327       cad = getParameters( )->getStringParam( marParameters::e_dicom_images_directory );
 328       cad += '/';
 329       cad += s;
 330       if( wxDirExists( cad.c_str( ) ) )
 331       {
 332         _actualStudy = s;
 333         _actualSerie = "";
 334         return( true );
 335       }
 336       else
 337         return( false );
 338     }
 339     else
 340       return( true );
 341 }
 342
 343 // -------------------------------------------------------------------------
 344 bool marDicom::setActualSerie( wxString& s )
 345 {
 346     wxString cad;
 347
 348     if( _actualSerie != s  )
 349     {
 350       cad = getParameters( )->getStringParam( marParameters::e_dicom_images_directory );
 351       cad += '/';
 352       cad += _actualStudy;
 353       cad += '/';
 354       cad += s;
 355       if( wxDirExists( cad.c_str( ) ) )
 356       {
 357         _actualSerie = s;
 358         return( true );
 359       }
 360       else
 361         return( false );
 362     }
 363     else
 364       return( true );
 365 }
 366
 367 // -------------------------------------------------------------------------
 368 void marDicom::copyFrom( const marObject& from )
 369 { // TODO
 370 }
 371
 372 // -------------------------------------------------------------------------
 373 bool marDicom::save( std::ofstream& os )
 374 {
 375     int s;
 376
 377     s = _actualStudy.length( );
 378     os.write( ( const char* )&s, sizeof( int ) );
 379     os.write( ( char* )_actualStudy.c_str( ), s * sizeof( char ) );
 380     s = _actualSerie.length( );
 381     os.write( ( const char* )&s, sizeof( int ) );
 382     os.write( ( char* )_actualSerie.c_str( ), s * sizeof( char ) );
 383     return( true );
 384 }
 385
 386 // -------------------------------------------------------------------------
 387 bool marDicom::load( std::ifstream& is )
 388 {
 389     int s;
 390
 391     reset( );
 392
 393     is.read( ( char* )&s, sizeof( int ) );
 394     _actualStudy.resize( s );
 395     is.read( ( char* )_actualStudy.c_str( ), s * sizeof( char ) );
 396     is.read( ( char* )&s, sizeof( int ) );
 397     _actualSerie.resize( s );
 398     is.read( ( char* )_actualSerie.c_str( ), s * sizeof( char ) );
 399     return( true );
 400 }
 401
 402 // ----------------------------------------------------------------------------
 403 wxArrayString marDicom::getRelationalArrayStudyData( )
 404 {
 405     wxArrayString ret;
 406     wxArrayString inf = getStudyData( );
 407     unsigned int i;
 408
 409     for( i = 0; i < inf.GetCount( ); i++ )
 410     {
 411         ret.Add( wxString( DicomTagsNames[ i ] ) );
 412         ret.Add( wxString( inf[ i ] ) );
 413
 414     } // rof
 415     return( ret );
 416
 417 }
 418
 419 // ----------------------------------------------------------------------------
 420 wxArrayString marDicom::getRelationalArraySerieData( )
 421 {
 422     wxArrayString ret;
 423     wxArrayString inf = getSerieData( );
 424     unsigned int i;
 425
 426     for( i = 0; i < inf.GetCount( ); i++ ) {
 427
 428         ret.Add( wxString( DicomTagsNames[ i ] ) );
 429         ret.Add( wxString( inf[ i ] ) );
 430
 431     } // rof
 432     return( ret );
 433
 434 }
 435
 436 // eof - dicom.cxx